中国特色社会主义理论体系的内在逻辑证明，需要着重深入回答相互关联的三大基本问题。
首先，改革开放将什么是社会主义、怎样建设社会主义这一根本问题首当其冲地提到我们党的面前。中国特色社会主义理论体系，正是以探索和回答这一根本问题为逻辑起点的。30多年前党的十一届三中全会所以要提出改革开放的历史任务，我们党所以要带领人民义无反顾地走上改革开放之路，从根本性的历史原因来说，是由于对什么是社会主义、怎样建设社会主义这一根本问题长期“没有搞清楚”。在国际共产主义运动史上，包括在我国社会主义建设过程中，很长一段时间，由于脱离时代新变化和实践新发展，抽象地谈论马克思主义，从而使社会主义陷入了严重的本本主义和“乌托邦”空想。正是引导党和人民摒弃了从“本本”出发来理解和坚持社会主义的思想方法和思维定势，着眼于时代变化和现实国情来理解和坚持社会主义，邓小平明确提出了“把马克思主义的普遍真理同我国的具体实际结合起来，走自己的道路，建设有中国特色的社会主义”的重大科学命题，在改革开放实践中系统形成了关于中国特色社会主义的新理念、新论断、新思想，标志着中国特色社会主义理论体系的开始。
其次，改革开放的不断深入，经济社会的不断发展，推动着我们党在运用马克思主义基本原理回答现实问题的道路上不断前进。三大重大课题——什么是社会主义、怎样建设社会主义，建设什么样的党、怎样建设党，实现什么样的发展、怎样发展；三大基本规律——共产党执政的规律、社会主义建设的规律、人类社会发展的规律；三大阶段性成果——邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观，相互联系，融为一体，共同构成马克思主义中国化新飞跃的伟大成果——中国特色社会主义理论体系。中国特色社会主义理论体系形成于和发展于改革开放伟大实践，又极其深刻地指导着和推动着改革开放伟大实践。
以改革开放的视角认识和把握中国特色社会主义理论体系，必然提出如何认识毛泽东以及毛泽东思想同中国特色社会主义理论体系的关系问题。而深入地回答这个问题，需要深入地研究马克思主义中国化的内在逻辑。依据不同的时代主题和时代需要，研究不同时代条件下社会主义运动的实践经验和特殊规律，回答和解决时代变化和实践发展提出的特殊的历史任务和现实问题，从而形成既一脉相承又与时俱进的马克思主义发展的不同历史阶段，这就是马克思主义中国化的本质与规律。马克思主义中国化第一次历史性飞跃，主要是在帝国主义战争和无产阶级革命深入发展的时代条件下与社会实践中进行的。这次飞跃所解决的核心问题，是在半殖民地半封建的中国进行什么样的革命、怎样进行革命这一根本问题，成功地开辟了一条中国特色新民主主义革命道路，并初步探索了社会主义建设道路。这次历史性飞跃，形成了毛泽东思想这一伟大成果。马克思主义中国化第二次历史性飞跃，是在世界格局发生重大变化，和平与发展的时代主题日渐形成并深入发展的时代条件下和社会实践中进行的。这次飞跃所解决的核心问题，是在社会主义初级阶段的重大理论和实际问题，成功地开辟了一条中国特色社会主义道路。这次历史性飞跃，形成了包括邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观在内的中国特色社会主义理论体系。由两次历史性飞跃相互之间的逻辑关系，我们不难得出这样的结论，毛泽东思想为中国特色社会主义道路的开拓和中国特色社会主义理论体系的形成奠定了思想理论基础。
邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观，构成迄今为止中国特色社会主义理论体系的主体内容。这三大阶段性理论成果，既是一脉相承的，又是与时俱进的，承前启后、继往开来，形成了完整的中国特色社会主义理论体系。这就是理论创新与发展的普遍性。而在不同的时代特征条件下和不同发展阶段的社会实践中，这三大阶段性理论成果，在同一主题下又具有不尽相同的历史地位，呈现出不尽相同的理论特色和时代价值。这就是理论创新和发展的特殊性。只有准确地把握各个发展阶段理论成果的特殊性，才能更深刻地把握中国特色社会主义理论体系的科学内涵和时代价值。
邓小平理论，是中国特色社会主义理论体系的基础性、架构性组成部分。主要表现在：奠定了中国特色社会主义发展的理论基石，这就是创造性地提出了和平与发展时代主题论和社会主义初级阶段论；揭示了中国特色社会主义发展的基本规律，这就是明确形成了社会主义本质论、社会主义发展战略论、社会主义改革动力论、社会主义市场经济论、社会主义民主法制论、社会主义精神文明论等一系列重大思想理论；确立了中国特色社会主义发展的科学方法，主要包括，把一切从实际出发作为实现马克思主义基本原理同中国实际相结合的逻辑起点，把解放思想与实事求是有机统一起来作为中国特色社会主义的重要法宝，把人民满意、人民答应、人民放心作为制定一切路线方针政策的根本出发点和根本标准。邓小平理论的丰富内涵和创造性贡献，对于中国特色社会主义理论体系的形成、完善和拓展，具有根本性、长远性的奠基作用与支撑作用，我们必须毫不动摇地长期坚持。
“三个代表”重要思想，是中国特色社会主义理论体系的开创性组成部分。这一重大战略思想，面向新的世纪，尤其面向逐步形成的全球化世界新格局，着眼世界新变化和中国新发展，在邓小平理论的基础上，进一步探索和回答了什么是社会主义、怎样建设社会主义这一根本问题，创造性地探索和回答了建设什么样的党、怎样建设党这一重大课题，启发和引导人们在更加适应共产党执政规律、社会主义建设规律和人类社会发展规律的基础上进一步推进中国特色社会主义伟大事业。
科学发展观，是中国特色社会主义理论体系的重要组成部分，是对邓小平理论、“三个代表”重要思想的进一步坚持、丰富和发展。科学发展观的理论创新意义突出表现在，既积极借鉴当今世界各国科学的发展理念，顺应了时代发展潮流，又从中国实际出发，对中国特色社会主义发展规律作出了进一步科学揭示；既继承了邓小平理论、“三个代表”重要思想关于发展的基本思想，又结合新的时代特点和实践要求，进一步揭示了我国现代化发展的本质核心、价值目标和基本要求，进一步回答了为谁发展、靠谁发展、怎样发展等重大问题。
以上逻辑关系表明，中国特色社会主义理论体系，是一个既一脉相承又与时俱进的有机整体，是一种探索真理、把握规律的认识深化和理论创新过程。迄今为止三大阶段性科学理论，在中国特色社会主义理论体系中占有各自特殊的地位，体现着各自特殊的时代价值。
