一、马克思主义基础理论面临“科学革命”和“范式转换”的创新任务
我国以马克思主义作为指导思想的理论基础。马克思主义产生于19世纪40年代的西欧，以后又经过列宁等人的发展，由俄国和前苏联传到中国。随着社会实践和当代科学的不断发展，提出了越来越多的、越来越尖锐的传统马克思主义解释不了的问题，马克思主义面临着越来越严峻的挑战（甚至多次出现过危机）。马克思主义的地位已经在很多地方和方面，被现代西方哲学社会科学学说所代替。特别是，资本主义在现代的发展过程中，并没有如列宁所指出的那样，表现出垂死的特征，而是又获得了生机和活力；马恩所预见的社会主义革命也一直未能在资本主义发达国家发生，而却在俄国和中国等落后国家首先取得成功，成功后出现了许多问题，不得不进行改革。前苏联和东欧的社会主义国家，在改革过程中放弃了原来的社会主义道路；中国等坚持社会主义道路的国家，在改革开放的过程中，也改变了原来的计划经济模式，转向市场经济模式，非公有制经济占有了越来越多的成分。
马克思主义遇到的这些挑战和危机，并不意味着马克思主义只能被抛弃。科学学（或者说科学哲学）通过总结科学发展的历史及其规律，指出具体的科学“范式”往往只具有有限的解释力，随着新事实的不断出现，原有的“范式”会遇到越来越多的解释不了的现象和问题，当这些问题积累到一定的程度时，就会发生科学危机。解决危机的办法，就是进行“科学革命”，用更有解释力的新范式代替旧范式。这并不意味着这门科学被抛弃，而是意味着范式的变换。作为哲学社会科学学说的马克思主义，在当代面临的是“科学革命”、范式变换的任务，需要与时俱进、完成马克思主义基础理论的创新，建立起新的范式。
在理论界，过去曾经有过以下几种解决这个问题的方式：一是把新的实践和新的事实硬塞进原有理论的框架内，对基本理论的观点、体系不做任何大的变动，这样做只能使人有牵强附会的感觉。二是在局部对一些观点进行新的探讨，但害怕担上“修正”、“篡改”的罪名，不敢解放思想，实事求是，完成基础理论的创新。三是把基础理论创新看成是党和国家领导人的事，用应用理论创新来代替基础理论创新。这样做的结果，一方面使现代西方哲学社会科学乘虚而入，在很大程度上成了高校教学和科研的理论基础，甚至成了指导改革的理论基础，马克思主义基础理论取被动应对和退缩的守势,在课堂上学生不愿学，老师不好教；另一方面，基础理论失去指导实践发展的作用，有时甚至成为解放思想的对象。
二、基础理论创新任务未能完成的深层原因
中国的改革开放，在很大程度上是采用“摸着石头过河”的方式推进的，理论研究和理论探索也紧紧围绕着当前实践，许多基础理论问题都是绕过去（不争论）的，有些采用了实用主义的方法加以解决，所以形成了“哲学贫困”、“政治经济学无法解释现实”、“社会主义说不清”等社会呼声。广大干部和群众只能“跟着感觉走”，“跟着政策走”，信心完全依赖于改革开放的成就。传统理论思想与现实（特别是改革开放的负面效应）的巨大反差导致许多人丧失了理想和信念，出现了社会性的信念危机。
改革开放之所以采用“摸着石头过河”的方式逐渐推进，是因为没有一个整体的设计方案；没有整体设计方案的原因，是没有一套完整的科学理论；没有完整科学理论的原因，是没有完成马克思主义基础理论的创新；没有完成马克思主义基础理论创新任务的原因，是由于由党和国家领导人发展马克思主义基础理论的传统观念不符合实际。
马克思和恩格斯主要是理论家和思想家；列宁、斯大林、毛泽东主要是党和国家领导人，而不是顶尖的马克思主义理论家和思想家。认为党和国家最高领导人与马克思主义顶尖理论家是合二为一的观念，既影响了马克思主义理论的发展，也造成了实践上的重大失误。以毛泽东为例，在哲学理论方面，他存在着把矛盾扩大化、把实践和认识的关系简单化等偏向和问题，他的这种偏向一方面影响和限制了中国当代哲学的发展，是造成“哲学贫困”的重要原因；另一方面，这种理论上的偏向又导致了他自己在这种理论观念的支配和制约下，建国后把阶级斗争扩大化，在人口和计划生育、“大跃进”、“文化大革命”等问题上违背科学原理盲目实践。
实事求是地看，马克思主义基础理论的发展，要靠专业理论工作者，而不能靠党和国家领导人。即使在专制社会，中国的指导思想——儒家学说也是由思想家和教育家创立、创新和传承的，而不是由皇帝创立和传承的。在西方更是这样。统治者可以选择合适的理论和学说（不一定是一种），但不一定要自己创立理论和学说。这样既束缚理论的发展，也束缚实践的发展。邓小平以后的几代领导人，实际上已经逐渐放弃了对马克思主义基础理论的研究和发展，专注于执政纲领和发展战略的考虑，这是符合实际的转变。但由党和国家最高领导人发展马克思主义基础理论的传统观念还没有转变。
党和国家领导人由于知识结构和日常事务忙等原因，不可能完成马克思主义基础理论时代化、中国化的创新任务。专业理论工作者做惯了“注释”的学问，缺乏马克思主义基础理论时代化、中国化的意识和勇气；现有的理论教育、理论研究的计划体制很难培养和造就出一大批完成马克思主义基础理论创新的人才和成果。理论创新不是计划出来的，而是出现以后要受到理论界的重视和跟进，受到党和国家的支持和推广。由于种种原因，近些年来，理论界逐渐放弃了对真理的追求，形成了唯上、趋利（“理论联系实惠”）、被动应对实践（就事论事）等不正之风，基础理论创新更难形成共识和合力。
实行市场化改革和对外开放，本来已经突破了传统社会主义的理论，突破了“五种社会形态说”，但是，理论上的探讨没有深入到对“五种社会形态说”的创新，没有想到用一个更有解释力的新范式来代替“五种社会形态说”。在社会主义市场经济形成后，也没有完成对传统政治经济学的创新,构建起与社会主义市场经济相适应的新政治经济学。应该设立马克思主义基础理论时代化、中国化创新工程，结果变成了继续注释和维护的工程。
在中国文化传统中，有一种忽视基础理论（科学）的短视文化意识。这种意识只重视与当前实践有密切关系的理论问题，重视理论目前的有用性，忽视理论长久的科学性；宁可不断付出巨大的“学费”盲目实践，也不愿意创建和创新科学（包括社会科学）；接受了一种学说就把它绝对化、教条化、神圣化，不敢发展和创新；喜欢“开药方”的应用理论，不喜欢“病理学”、“药理学”、“生理学”等基础理论。结果导致在中国古代，只产生和传承下来政治伦理的“治论”，而没有形成认识社会的社会科学。到了近现代，陷入落后挨打的境地，不得不到西方去寻找救国救民的真理。如果以实践为限制，不形成和发展认识性理论（科学），就会使民族和国家的理论思维逐渐萎缩，完成不了大的突破和创新；反过来使实践也受到限制，完成不了大的突破和创新。
三、不能把中国化的马克思主义降低为应用理论
要区分基础理论与应用理论（只针对某一时期或某一国家的实践）。马克思主义哲学、政治经济学、科学社会主义属于基础理论，而马恩的多国革命同时胜利论、列宁的一国革命首先胜利论、毛泽东的新民主主义革命理论及中国特色社会主义理论则属于应用理论。基础理论与应用理论有如下区别：第一，基础理论是认识性理论；而应用理论是实践性理论，只关心和解决与当前实践密切有关的认识问题，有时会避开认识问题而推进实践；第二，理论的适用范围不同，应用理论的适用范围有限，只适用于某一时期或某一国家；第三，在理论的深度、广度和严密程度方面，应用理论的要求没有基础理论高，例如，应用理论可以使用一些内涵或外延不太明确、严密的概念，如中国特色社会主义、“两个基本点”等。应用理论的创新（中国特色社会主义理论的创立和发展）不能代替基础理论的创新。
不能把中国化的马克思主义从基础理论的高度降低到应用理论的水平。马克思主义本来就是最深刻的理论，我们现在搞中国特色社会主义和社会主义市场经济，比马克思所研究的资本主义市场经济和设想的社会主义又复杂了一层，所以需要用更深刻的理论才能解释透彻，解释全面，用更加完善和严密的科学体系（哲学社会科学学科体系）来指导，才能实现科学发展。可是我们却在用简单的、形象化的语言作为最高理论，用警察指挥交通式的方法来推动和控制发展——这样怎么能不形成各方面的“粗放式”发展呢？
基础理论创新滞后，首先造成了认识上的模糊不清和混乱。例如，尽管中国在实践上“摸着石头过河”，已经突破了“五种社会形态说”的局限性，但是由于没有在理论上完成创新，人们仍然沿用这一学说来看中国特色社会主义，结果就形成了对中国特色社会主义的混乱认识。如有的认为中国特色社会主义是不伦不类的社会形态：“若隐若现的封建主义、羞羞答答的资本主义、真真假假的社会主义”；有的认为“有中国特色的社会主义也就是有中国特色的资本主义”；还有的认为中国特色社会主义是“封建的社会主义”，等等。
马克思主义基础理论创新滞后，现代西方经济学在很大程度上成了经济改革的指导理论。由于我国的国情和社会制度与西方不同，这样就产生了理论指导上的偏差。从理论上来说，我们是按中国的社会结构（坚持“四项基本原则”）保留了国家掌握的经济资源和权力，又按西方的社会结构（按现代西方经济学的要求）承担了对广大人民群众的责任和义务，这样从国家党政机关、国有企事业单位的领导方面来说，就出现了资源剩余和权力剩余。这些剩余的资源和权力，成了腐败产生的物质基础和社会条件，成了腐败分子与寻租商人官商勾结谋取暴利或黑色收入的对象。从普通民众来说，在无形中损失了应有的权益。这就造成了严重的分配不公，加快了贫富分化。贫富分化过快产生的一个重要后果，就是广大民众无法随着经济增长而相应地增加收入和消费，暴富起来的少数人有钱但消费已经趋于饱和，这样就导致消费（相对于生产）严重不足，反过来制约着经济的发展。
马克思主义作为“四项基本原则”中的一项重要内容，不仅本身要适应时代完成创新，而且要与时俱进，完成对其他三项的创新。在坚持社会主义道路方面，要为中国特色社会主义重新“定位”(不是定位在比资本主义高一个历史阶段的历史地位上，而是定位在于与资本主义处于同一历史阶段但又不在同一条道路上)；重新定性(不是定性为代替西方资本主义的理想社会制度，而是定性为代替中国专制主义的现代社会制度)。在坚持党的领导方面，要研究论述清楚中国共产党面临的两个转变：由以无产阶级为主要成员的革命党转变为以无私奉献的政治志愿者为主要成员的改革党；由一元化领导体制下的全权党转变为社会主义民主政治体制中权力有限的执政党。在坚持人民民主专政方面，更要完成以人为本、依法治国的观点转变，将人民民主专政的内容统一到依法治国、保障人权（宪政）中。基础理论没有完成创新，对其他三项基本原则的创新也没有完成，就阻碍了改革的进一步深化和发展。
在放弃“以阶级斗争为纲”、实行改革开放以后，无论是传统的马克思主义理论，还是西方的自由民主理论，发挥作用的空间和程度都很有限，在广大农村、基层和人们思想的深层，真正起作用的是恢复了的传统思想和观念，如宗法思想、专制思想、宗教迷信等。名义上的“马导”、实际上的“西导”、潜在的“传导”，造成了思想观念上的混乱、倒退和分裂。
建立社会主义和谐社会，维护社会稳定，必须以人们对现有社会制度和未来社会发展趋势的共同认识为基础。如果人们对社会的认识混乱，甚至分裂为对立的派别，将会对社会的和谐和稳定形成潜在的威胁。
