现代学术的最具决定意义的特点就是其制度化，即随着现代的劳动分工和职业分化，学术是以职业化、专业化、制度化的形态存在的，包括知识生产的专业化、学科化、职业化以及专业化的学术成果发表（出版）机构、资助评估机构等等。这是现代学术和前现代学术的一个根本区别。现在的大学、研究机构、专业化的学术评价制度、发表制度、基金制度等等，都是学术研究制度化的重要标志。按照西方社会学家的研究，现代西方学术就是借助于这些制度化（现代性的重要维度）才得以独立、获得自己的自主性（尽管不是绝对的）。
中国现代学术制度的建立比西方要晚一些，大约开始于十九世纪末二十世纪初。大致而言，中国现代学术研究的制度化进程大致经过了这样三个阶段：一、二十世纪初到建国前，这是中国学术体制的形成期。在西方学术制度和教育制度的影响下，中国现代学术体制（与高等教育体制一起）初步建立并逐步完善；二、建国以后，学术体制化进程受挫，特别是“文革”期间，学术体制和教育体制一样受到极大冲击，甚至各种反体制的运动接连不断发生，其最明显、最严重的结果是学术领域的自主性受到严重损害。之所以说这个时期的“学术研究”是反体制化的，是因为它完全摧毁了学术场域的起码的自主性，所以也就不是真正的学术了（当然有个别例外的情况存在，我们这里说的是学术研究的总体情况）。三、从八十年代开始，学术体制化的进程开始恢复，这个过程是和思想解放运动、尊重知识尊重人才以及给知识分子恢复名誉等一系列活动同时发生，在很大程度上恢复了学术的自主和尊严。
历史证明，没有自主性的学术不可能有尊严，不管它曾经多么不可一世。以文学研究为例。这点在“文革”时期的文史哲研究中表现得可能比其他领域更加明显。我们应该都记得解放后的文学、史学的地位是多么显赫！评《红楼梦》、评《海瑞罢官》、批判“右派文学”，一直到评《水浒》、批林批孔等等，哪一次不是发生在文史哲领域，而哪一次不是这些领域的灾难。
进入九十年代（特别是九十年代后期的高校体制改革阶段），中国的学术体制化进入了一个非常特殊的、快速而又畸形的发展时期。其特殊性主要表现在：这次的学术体制化特别凸现出政府行政的主导作用和浓重的利益驱动性。可以说政府与市场，而不是知识界才是这次体制化进程的真正推动者。本来，在一个学术体制很不健全、政府办高等教育和科研机构的国家，学术体制的建立需要借助政府的直接推动具有必然性。但是我们也必须看到，以行政力量推进学术体制化只是在中国特殊语境中采用的过渡手段，其最终目的仍然是培育学术场域的独立和自治。这是一种采用非自治的手段达到学术自治目的的特殊途径。这个原则其实早在改革开放初期的第四次文代会中就已经由中央明确了，不再提文学为政治服务，代之以为人民服务和为社会主义服务，并提出要尊重文学创作和评论的自身规律。
遗憾的是，现在进行的学术体制化好像不完全是向着这个方向发展。就高校而言，一方面各个高校都制定了非常复杂、看似“科学”“客观”的量化学术评估、学术奖励、学术资助体制（以及与此相关的教师职称晋升制度、福利待遇制度等等），资金投入的力度也不可谓不大；但另一方面，这套评估、奖励和资助体制又在很大程度上违背了学术研究的自身规律，它体现的是通过学术“大跃进”来创造所谓“政绩”、跻身所谓“强校”“名校”行列的思路。
问题恰恰在于，这样的学术“大跃进”运动完全违背了学术的自身原则，它只有体制化之名而无体制化之实，最多只能说是被权力和金钱严重扭曲的体制化：把量化的标准推进到了非常荒唐的程度，并完全根据刊物的行政级别来判定所谓学术论文质量；制定了非常繁复的表格让学者们（特别是那些正在学术研究黄金时期的中青年学术带头人）一天到晚忙于表格大战；学术评估和科研考核的周期过短（长则三年短则一年一考核），使得研究人员无法潜心进行需要长时间积累的重大学术课题的研究，等等。更加荒唐的是：越是适应这个所谓学术体制的人就越是名利双收，成为“填表教授”（整天忙于填表）、“跑点教授”（整天忙于跑学位点）、“ 项目教授”（一个人同时作几个甚至几十个项目甚至重大项目）、“行走教授”（整天在全国各地飞来飞去讲学），并导致抄袭成风。
这些弊端已经被许多有识之士反复撰文批评，但效果却并不明显。现在一个非常普遍的现象是：人文科学领域的学者被数字霸权压得喘不过气来，他们几乎完全没有时间从事人文科学研究所需要的沉思默想——我喜欢称之为“发呆”——的时间。我这里说的“发呆”并不是非生产性的白白浪费时间，而是一个真正的人文学者在孕育重大的创造性思想时必不可少的“冥思”状态，是最富于生产性的时刻。此时学者绝对不能为一些急功近利的杂念（比如一篇核心刊物的文章可以记几分、拿到多少奖金等等）所缠绕，以便面对一些真正永恒的问题。我们难以想像：如果海德格尔没有那个远离尘嚣的小木屋，如果康德整天想着发表多少文章以便完成考核，他们还能够成为一代哲学伟人。
就人文研究领域而言，目前的学术体制化还存在自然科学、特别是实用性技术科学的霸权。现在各个高校的科研管理体制在很大程度上是照搬自然科学的模式，追求量化，强调实用性（能否直接为经济建设服务，是否能够直接转化为生产力等等，片面强调应用性、强调与经济发展的关系）。但是人文科学的性质决定了它和自然科学的根本区别。简言之，人文科学的研究对象是意义和价值问题，这个问题本身就是非数字化甚至反数字化的，没有见过深刻的人生哲理是通过数字公式表达的。
