“带着理念的改革，代表着未来，是大势所趋，是人心所向，我们个人不过是顺应历史发展，克服一些困难、妥善处理一些矛盾，和大家共同前进。”
饶毅或许没料到，自己管辖的北大生命科学学院学科发展的问题，竟会在博客这一公众平台上引来讨论。
10月11日，北大生科院退休教师崔克明在自己的博客上发表了《饶毅院长，刀下留人，请勿将基础学科赶尽杀绝》的文章，内容涉及饶毅对生科院学科改革的建议。10月17日，饶毅也相应地在自己的博客上作了回复。
自2007年9月任北大生科院院长以来，饶毅采取的一系列改革措施便深受公众关注。当《科学时报》记者问及“在改革过程中，您是否是个‘孤独’的人”时，饶毅说：“学校有明确的规章制度支持学院的改革。校内、校外，院内、院外，都有人支持，所以并不孤独。”
但饶毅也坦言，改革过程中最难的事情，很不好说，至少不好现在说，要等几十年后回顾。
回答崔克明老师，并不是饶毅上任后第一次公开承担责任。2007年12月，美国耶鲁大学老师在北大上课后，在媒体上公开批评北大学生舞弊。饶毅一改国内单位对批评置之不理和百般否认的常规处理方法，在第一时间公开回应，一边承认北大学生的错误、欢迎外界批评，并和校领导直接征求耶鲁教授的意见；一边和学院老师仔细做学生工作，使学生能从失误中总结经验教训，重新站起来。
致力于革新
在美国留学至工作，饶毅就因为研究神经发育的分子生物学而闻名于科学界。但对于中国公众来说，对饶毅的认识或许更多的是因为他对科学文化有许多自己的见解。
饶毅发表过多篇有关科学、文化和社会的文章。他对中国科技体制改革、研究生教育的精辟分析，引起了海内外学者、公众的广泛注意。
2007年9月，饶毅正式担任北大生科院院长。饶毅当时提出，希望再经过几代人的努力，能使北大生物学成为世界一流。他强调，生科院新的领导班子的中心任务是为学生、教师提供支持和服务。他很快组成几个委员会，调动全学院教授的积极性，参与学院管理。对于教授资源分配，他要求先制定合理的制度，再根据发展需要来支持教授们的工作。
新上任不久，饶毅就在北大发起了“展望事业，探讨人生”的系列讲座，并亲自邀请部分演讲者。2007年10月19日，受饶毅邀请，美国得州大学西南医学中心终身讲席教授、美国科学院最年轻的院士之一王晓东首先开讲。
而在饶毅的设计中，今后数年，北大生科院还将陆续邀请多位国内外著名科学家和专业人士前来讲座。已经演讲的人中，不乏“两弹元勋”周光召，少年班最成功的科学家、斯坦福大学教授骆利群，百度共同创办者徐勇等有影响力的科学家、企业家。
打开北大生科院的网站主页，最多的内容是各种学术报告信息、讲座信息以及生命科学学界的名人小传。这种全新的局面无疑受到饶毅革新思想的影响。
新老碰撞
精神层面的改革，一时不会引起利益冲突。有些人受益匪浅，欢欣雀跃。有些人不积极参与，但是也不反对。而饶毅在学科发展、实验室PI（实验室负责人）聘请、资源分配等方面的举措，立即触及北大生科院师生神经。
崔克明在自己的博客中说，北大生科院的木本植物发育生物学实验室是创建于上世纪30年代的一个基础学科，而且有很好的积累。但饶毅要撤销这个学科。崔克明请求饶毅不要把北大生科院的基础学科“赶尽杀绝”。
在饶毅看来，崔克明的看法显然是片面的。北大生科院绝大多数实验室都作基础研究，都是基础学科，所以谈不上对基础学科“赶尽杀绝”。饶毅表示，他在学院资源有限的情况下选择支持的学科不是以热门、冷门为标准，而是支持确实有前景、有意义的学科，而且要求北大的教授有能力在国内、国际建立相当水平的实验室。如果北大的教授没有优势，就难以得到支持。
而在生科院新聘PI问题上，崔克明在博客中提出，北大生科院是否在培养PI？饶毅的回答是：“我们当然培养研究生、培养博士后。他们如果有竞争力能成为PI，那就是培养了PI。”
就是说他不赞成“大教授培养小教授”的方式。他向记者解释，“国外诺贝尔奖得主都不被学校允许经常将自己的属下留在本校做教授。中国本来就没有多少真正很有特色而且高水平的实验室，如果常规允许老教授带小教授，会出现很多问题。年轻人真培养出来，就要到其他学校去竞争，不要受老教授的荫庇。这种荫庇其实常常还造成老教授和小教授的矛盾，一个老教授形成的派和另一派的矛盾，是国际上已经证明了的不利于学科发展的方式。”
饶毅同时认为，聘PI时必须从国际范围获得最佳人选，这才是国家经费的最佳应用。国家的经费是为了学校的学科发展，不是为了照顾利益。用平分利益来使用学科发展经费，是对国家的不负责任。
对于人事安排，饶毅也给出了自己的原则。在接受《科学时报》采访时，他介绍说，北大生科院原有人员，给予高于原来的支持；新聘人员，支持加强，要求也更高。而原有的人要进入新体系，如果评审通过，可以得到支持，但是也承担同样的风险。原有人员常常是铁饭碗，而新聘的不是，几年后如果不能通过国际同行的评审，有失去工作的危险。在饶毅设计的用人原则中，支持和风险同在。
道路漫长
在生科院的改革中，饶毅无疑是主要的策划人和发起人。在改革的过程中，获得学院师生、学校领导的支持，是饶毅为推行改革举措所做工作的重要内容。
为推动北大生科院的发展，饶毅鼓励学院的在职老师、退休老师为学院发展献计献策。学院的副院长们分担了很多工作，包括空间、资源等棘手的工作。本科生、研究生教育工作量很大。“多亏了分管的委员会和副院长们。”他说。
学生暑期实践就是饶毅在听取白书农老师的提议后才执行的。他亲自联系国内外实验室，2008年夏天，几十个人到国内外实验室和公司工作，其中到美国和欧洲诸国的有约30个人，绝大多数是饶毅联系对方资助的。
为提高研究生待遇，饶毅一方面用自身的影响力，联合海内外57位科学家向国家建议提高对研究生的支持；另一方面在学院内，他以学院的支持匹配作激励，得到研究生导师的支持，很快提高了研究生待遇。
同样，也不乏有人反对。饶毅说，反对的声音中，有些是误解，有些需要讨论，有些是不懂，有些是自身利益受损。
“这些都有道理。”饶毅说，“最没有道理的，是知道我做得对而希望我失败的人。这种人很少，但是很积极，也最有迷惑性，因为别人想不到他们为什么这样做。”
在推行改革的过程中，饶毅也不忘兼顾指导学生。在饶毅的实验室，他让学生们忘掉自己是院长的学生，同时给他们最大的自由，在提供各种支持的情况下，让学生们发挥自己的潜力。他首先告诉他们，不是为我做什么，是他们自己要做什么。要有自己的知识追求。
