男孩毛克利从小生活在森林里，和动物朋友们一起长大。后来，他跟着小女孩香缇回到人类的村庄，在村长的家里住了下来。他常常怀念起那些在森林里自由自在的日子，有时候他还用木偶戏给香缇和小弟弟华真表森林里的故事。
这天深夜，和毛克利玩了一天的香缇要跟妈妈回家去了，毛克利唬她说：“当心老虎啊！”香缇撇了撇嘴：“谁都知道老虎是不会到村子里来的。”
“嗷！”华真模仿着老虎的叫突然蹿到香缇身后。可是香缇一点儿也没表现出害怕的样子。华真有些失望。
第二天一早，淘气的男孩儿华真蹑手蹑脚地走进毛克利的房间，毛克利正趴在房梁上熟睡。“嗨！”华真猛地一踩吊床，吊床高高弹起，冲向房梁。“啊！”毛克利大叫一声，摔落到地上。两个男孩哈哈大笑着溜出家门，跑到河岸边。华真看到远远走来的香缇，立刻悄悄藏进了路边的树丛。不一会儿，香缇走过来了，毛克利一本正经地告诉她：“昨天我在这儿发现了老虎的脚印。你听—一”
“嗷！”华真大吼着跳出来，吓得香缇尖叫一声，水罐都掉到了地上。毛克利和华真笑得直不起腰来。
香缇拉着华真去摘芒果。毛克利赶过来，随手拿起一个剥了皮的香蕉一扔，正好落到华真的嘴里。香缇不甘示弱，她将芒果高高扔起，芒果擦过树枝，落下来的时候自动剥开了皮。“哇！这招更绝！”华真兴奋地喊道。
风轻轻拂过树梢，伴随着这美妙的节奏，毛克利带着华真跳起舞来。村里的孩子们纷纷加入，随着他们边走边跳，香缇也情不自禁加入其中。队伍朝着河边舞去。香缇突然高喊：“快停下，大人不让去河那边的森林！”
“其实……”毛克利正想告诉他们。森林并没那么可怕。村长爸爸赶过来打断了他：“森林是个危险地方！”他挽起袖管，露出胳膊上一道道的伤疤，那是老虎的爪印。毛克利被村长爸爸关进了房间。他忧伤地朝窗外轻声呼唤：“哦，巴鲁……”大熊巴鲁是毛克利在森林里最好的朋友。
与此同时，在森林深处，巴鲁也正想着毛克利，它用树枝和椰子搭成毛克利的样子，可模型无法代替真的毛克利，巴鲁摇了摇头，忧地走开了。过了一会儿，老虎谢利来了，他伸出爪子，一下子就抓玻了“毛克利”的头。谢利恨毛克利，因为毛克利曾将烧着的树枝绑在他的尾巴上。
巴鲁不顾黑豹巴希拉的劝告，决意去村庄找毛克利。大象哈蒂的儿子悄悄指给他一条秘密的小路。气势汹汹的老虎谢利也从另一条路，向村庄进发。
见到巴鲁，毛克利真是喜出望外。“熊爸爸，见到你太高兴了！毛克利兴奋地喊道。巴鲁笑了：“孩子，让我看看，你还能像小熊似的摔跤吗？”说着，他把毛克利高举起来，抛向空中。香缇恰好看到了这一幕，吓得尖叫起来：“野兽进村了！”
村民们奔出家门，一眼看到了正要进村的老虎谢利，人们紧紧追赶着把它赶跑了。香缇只好拿起火把，独自一人去追毛克利和巴鲁，一直追到了河边。她喃喃自语着：“坚持住，毛克利！”然后深深地吸了口气，勇敢地渡过了小河。这是香缇平生第一次走进森林，但她顾；；上害怕，因为她必须救她的好朋友毛克利！就连华真在身后高喊：“等等我！”香缇都没有听到。
巴鲁和毛克利回到了森林里，有说有笑，边走边唱。巴鲁捡一块石头从上面舔起几只蚂蚁，把石头扔给毛克利。“谢谢，巴鲁!”毛克利照着样子吃掉了剩下的几只蚂蚁。毛克利把石块往身后一扔，石块不偏不倚，正好砸晕了森林里的危险分子——巨蛇卡奥，等他苏醒过来，恰好香缇从他面前经过，卡奥不由得大声咂了咂嘴。你别过来！“香缇的声音颤抖着。卡奥正要朝香缇发起攻击，一个小拳头打了过来。是华真！他打倒巨蛇，拉着香缇跑开了。毛克利可不知道这些，他无忧无虑地玩着芒果剥皮的把戏，巴鲁看了非常惊奇：“不错嘛，跟谁学的？”
“香缇教的。”
“香缇？”巴鲁有点嫉妒。
这时，黑豹巴希拉走了过来，巴鲁赶忙把毛克利拉到身后。巴希拉严肃地说：“有人进了森林，他们在找毛克利，你见过他吧？”巴鲁掩饰道：“我？没见过！”巴希拉走后，毛克利担心地说：“不知道是不是香缇他们在找我。”在森林的另一边，香缇和华真迷了路，他们非常着急，香缇用木棍和石头在走过的路上做着标记。这时，华真发现地上有一卷芒果皮，香缇激动得大声说：“是毛克利！他一定在附近。”
老虎谢利在森林里转来转去，却没找到毛克利的踪影。一只叫来福的鹰奚落他：“你在干吗？我听说那个小孩就在你屁股后面，和大熊在一起。”
巴鲁把毛克利带到一间喧闹的古庙里。狒狒乐队正在演奏，他们拽着巴鲁和毛克利一起纵情地跳舞。一只狒狒蹭到毛克利身前问：“人类不能这样随意摇摆，是吗？”巴鲁插嘴道：“没错，他跟我说过，人类有数不清的规定，”听到这些，毛克利心里很别扭。毛克利从庙里溜出来，爬上大树，惆怅地看着远处的村庄。不知道自己究竟属于哪里……
香缇和华真恰好来到大树下，突然听到头顶传来伤心的哭泣声。“毛克利！”华真高兴地大声喊道。毛克利也是又惊又喜，他“唰”地一下从树上滑下来，这时，不明所以的巴鲁来了，他“嗷嗷”地叫着向香缇和华真示威，华真吓得尖叫起来。可是巴鲁不小心被藤条缠住香缇又怕又急，冲上去一拳打在巴鲁的鼻子上。毛克利冲上前去，向他们解释了一切，同时他也感到很不安，觉得都是他不好，让朋友之间相互误解。
香缇质问毛克利：“他是你的朋友？”毛克利有口难言。香缇拉着华真，转身就走。毛克利紧紧跟。随着他们，把巴鲁抛在了身后。然，香缇惊恐地瞪大了眼睛——谢利追来了！三个孩子一口气跑到茂密的灌木丛中。
“你们快点藏好！”毛克利说着，自己却跑开了，他想把老虎引开。香缇不放心，她嘱咐华真：“你在这儿等着，我得去帮毛克利！”华真也想去帮忙，可他不敢动，为巴鲁就在眼前呢。“不用怕我！”巴鲁把华真扛在肩上，友好地说：“毛克利的朋友也就是我的朋友。们去找他吧。”华真轻轻地说：“谢谢！”
毛克利匆匆跑进古城废墟，藏一个大剧场里。谢利环视四周，吼着：“不管你跑多快，不管你藏哪儿，我都会抓到你！”巴鲁也到了古城，累得气喘吁吁。他把华真交给碰巧赶到的黑豹巴希拉，就义无反顾地冲进了剧场。他躲避着谢利的攻击，慢慢地转过墙角。突然传来一个声音——是香缇！她也赶来了。
巴鲁、香缇和毛克利分别藏在大铜锣的后面，大家你一下我—下地敲着铜锣。逗引谢利。谢利扑过来又扑过去，不一会儿就被弄得晕转向。不料，香缇前面的铜锣倒了！毛克利奋不顾身地跳出来，拉着她向高处跑去。
毛克利和香缇爬到高高的石像上，谢利在后面紧追不舍。没想到化的石像坍塌了，他们朝着熔岩坑直坠下去！幸好，巴鲁及时赶过来，接住了香缇和毛克利。三个好朋友俯身看去，石像的底座堵住了熔岩坑，谢利被困在那里，气得狂吼不止。
香缇和华真回到了村庄。那一刻，毛克利想起了朝夕相处的村长一家，他真想跟他们回去。“巴鲁……”毛克利难过得说不下去。巴鲁猜到了他要说什么：“我明白，你去吧。”毛克利扑到巴鲁怀中，把脸埋在他溫暖柔软的毛里，动情地说：“我会想你的。”
“我也会想你。”巴鲁难过地流下了眼泪。
毛克利又回到人类的村庄，生活又恢复了原样。“快点，毛克利，”香缇喊道，“我们要晚了！”毛克利拎着个大水罐，“我就在你身后嘛。”一天，他们假装去河边提水，却悄悄踩着石头过了河，来到森林里。水罐里还藏着华真呢。三个孩子在林中空地上敲响了空水罐，不一会儿，巴鲁和巴希拉就来了。华真跳到巴希拉的背上，巴鲁一手托着毛克利，一手抱着香缇，人类和动物朋友们欢聚在一起，随着林中的风声尽情地欢呼。
