晚清年间浙江海宁有一个巧匠擅长微雕，能在枣核上雕刻米粒大小的人物、山水、文字，当地人叹为绝艺，尊称为巧手宋。凭借着高超的手艺，巧手宋家道渐渐殷实，不但娶了媳妇，还陆续生下了两男一女三个孩子，一家五口其乐融融。
光阴似箭，一晃十八年过去了，两个儿子长大成人，小女儿也出落成亭亭玉立的少女。巧手宋年纪渐老，想把微雕绝艺传授给儿女，既能让他们凭此技谋生，也可以让微雕这门艺术一路流传下去。
谁料这个时候爆发了太平天国起义运动，大儿子就读于清军水师学堂，自然随军前往镇压，打仗十分危险，随时都有丧命的可能。宋老汉整夜忧叹，担心大儿子出事，偏偏这个时候二儿子也在外求学未归，膝下只有小女儿若兰，宋老汉更是愁上加愁。为了排遣愁绪，巧手宋每天只有靠回忆儿女们成长的历程来打发时间。女儿若兰看出父亲的心事，留下一张字条，说是出门找两个哥哥，半夜出走了。
一个月转眼过去，清军节节败退，伤亡惨重。宋老汉更是心急如焚，这时若兰回来了，她没有带回两个哥哥，却带回一个惊人的消息：老大因为作战勇敢，已经被提升为清军统领;但老二很早就加入了太平军，现在也是一个带兵的头领，而两兄弟所属的军队已经大大小小交战不下十余次，他们迟早要在战场上碰面，手足相残。
若兰曾拼命劝过两个哥哥，要他们弃官退让。可两兄弟各执一词，谁也不肯让步。大哥说二弟跟随太平军是谋反，大逆不道，应趁早回头是岸;二哥则说太平军是为了推翻腐朽反动的封建统治，是正义无私的百姓军队，不可为官禄而忘记父老乡亲。两个人各有各的想法，又都年少气盛，争吵得也越来越激烈，还差点拔刀相向。
听完女儿的讲述，巧手宋老泪纵横，自己二十年辛辛苦苦养大的孩子，到头来竟然要自相残杀吗?从此以后巧手宋整天把自己一个人关在房间里，也不说话，但每次走出房间时，人明显瘦了一圈，也衰老了好几岁。
若兰为替老父分忧，偷偷模仿父亲的笔迹，写了家信给两个哥哥寄去。可是信写了一封又一封，如同石沉大海，没有一点回音。清军与太平军的战况愈演愈烈，双方阵亡的将士人数每天都在激增。
两兄弟第一次在战场上兵戎相见的那一天，巧手宋病倒了，而且病势渐渐沉重，眼看着就要到病入膏肓的地步了。若兰每天在父亲的病榻旁以泪洗面，她对两个哥哥又恨又愁，恨他们不顾及父亲的感受，忧愁他们中某一个被自己兄弟击杀。
终于宋老汉到了弥留的那一天，他颤巍巍地从贴身衣袋里取出两个枣核，嘱咐女儿一定要把它们交给两个儿子。若兰看着手里两个一模一样的枣核，整个人怔住了。
战场上，两兄弟率领麾下士卒已经交手数次。大哥把弟弟一条胳膊卸了下来，弟弟也刺伤了大哥的一片肺叶。两个人都在疯狂地诅咒对方，准备再来一次殊死拼杀的时候，妹妹若兰出现在兄弟俩的面前，她带来了父亲去世的噩耗，也把父亲的枣核一人一个给了两个哥哥。
两兄弟看见枣核也怔住了，他们足足对着枣核看了一个时辰，突然不约而同放下手里的长刀抱头痛哭。
在小小的枣核上，巧手宋用米粒大小的微雕雕刻了三个子女从婴孩到幼童，从幼童到少年，从少年到青年成长过程中的点点滴滴，一共有三百个画面。这些栩栩如生、惟妙惟肖的微雕记录着巧手宋对孩子们的宝贵回忆，也寄托着巧手宋深深的思念、忧愁和无言的父爱。这一对融合了巧手宋巅峰技艺和真挚感情，呕心沥血耗费大量时间才制作出来的枣核微雕，令巧手宋油尽灯枯而死，却感动和唤醒了两个儿子内心的手足之情。
三兄妹从此告别了战场，回到故里过起了隐居的生活。他们继承了巧手宋的微雕手艺，并且让这一门杰出的艺术一路流传下来。两个枣核历经战火洗礼，几度漂泊易主，辗转海外，最后终于被一位爱国侨胞高价请回，捐赠给了故宫博物院。
时至今日，两个价值连城的枣核依然静静地躺在那里。巧手宋虽然逝去，可是当人们看到枣核时，总是会想起这位无私而伟大的父亲，想起枣核家信的故事。
