这是美国南北战争以前的事了。在圣彼得堡小镇上，有个孩子，名叫汤姆·索亚。汤姆·索亚正在上小学。学校里课程枯燥，还硬让背出《圣经》里的段落，小镇上的生活又庸俗又呆板。对这些，汤姆厌烦透了。他真想来点儿新花样，冒冒险。汤姆有个好朋友，叫哈克。哈克不上学，因为他爸爸是流浪汉、醉鬼，不照管他，他从小就过着流浪儿的生活。
汤姆从小就跟波青姨妈和席德表弟在一起生活。
暑假中的一天夜里，汤姆趁波蕾姨妈和席德表弟熟睡着。偷偷爬出窗户，跟约好的哈克碰头，跑到坟场上去。这是个旧坟场。坟墓高高低低，长满杂树杂草，静悄悄，阴森森。微风吹来，令人毛骨悚然。这样的恐怖气氛，使两个孩子又兴奋又害怕。汤姆已经想回家了，忽然发现一盏老式灯笼发出微光，三个人影晃晃悠悠。哎哟，碰上鬼了？！哈克眼尖，压低嗓门说：“别慌。是人，至少有一个是人——老单身汉波特。哦，另外两个也是人——流氓乔埃和医生鲁宾逊。”两个孩子躲在树后瞧着，不吭声，不眨眼。
来的正是这三个。鲁宾逊坐下，波特和乔埃用铲子挖掘，抛出泥上、石子，哦，是盗墓！过了好久，传来铲子碰着木头的声音。又过了一会儿，两个人抬起一口棺材，放到平地上。棺盖被撬开，尸体搬上小车，盖上毯子，用绳子捆住。单身汉波特取出一把大折刀，割掉多余的一节绳子。接着，三个人轻声讲着什么，争吵不休，直至厮打起来。流氓乔埃一拳打去，医生头一偏，让过，挥拳反把乔埃击倒在地。波特扔掉大折刀，扭住医生，双方你一拳我一脚，互不相让。乔块站起来，拾起波特扔下的大折刀，弯着腰，围着两个扭成一团的人转来转去，想找机会下手。突然，医生摔开对方，抓起坟头上的一块木牌狠砸，把波特击昏在地。说时迟那时快，乔埃冷不防一刀插进医生的胸脯，再一使劲，插得只露出刀把，医生晃了两下，往后便倒。
二半身子压在波特身上，鲜血流出，弄得波特满身都是。两个孩子目睹这种场面，都吓瘫了，只能继续看着。
那边，乔埃拔出行凶的大折刀，放到波特的右手里，自己坐在撬开的棺材上，满不在乎地等着。几分钟过去，波特渐渐苏醒，动弹起来，哼叫起来。
他感觉出自己的右手握着刀，不由举起，瞟了一眼。顿时，他吓得浑身一抖，手一松，刀落地。他推开尸体，坐起身子，惊恐地问：“乔埃，这……是怎么回事？”乔埃说：“真糟糕，你怎么下得了手的？”波特说：“我？我没杀鲁宾逊哪！”乔埃说：“这样说一句，谁信？你呀，酒后失手杀了人……”波特说：“我酒后……唉，一点也想不起来了。”乔埃一本正经地说：“鲁宾逊用木板把你击倒，你摇摇晃晃站起来，把大折刀插进他的胸膛。他狂喊一声揍你。你倒在地上，人事不省，一直躺到这会儿。”波特听了，耷拉着脑袋说：“千怪万怪，怪我喝多了，气头上杀……乔埃，你可别讲出去，我求你了。”可怜的单身汉冲着凶手下了跪。乔埃回答道：“嗨，好朋友嘛，我保证守口如瓶！”波特感激地说：“哦，够朋友，我一辈子感激你！”乔埃说：“咱俩是谁跟谁，别讲这种话。走吧。你在那边，我往这边，小心别留下脚印。”波特心乱如麻，转身走去，越走越快。乔埃望着他的背影自言自语：“窝囊废！不但信了我的话，而且没想到把大折刀带走。物证！”于是，他朝另一边走去。
这一切，汤姆和哈克看得清清楚楚。半晌，他们才敢动弹，才敢往镇上跑。跑了一阵，气喘吁吁，在一幢空屋前站住，边休息边商量。哈克说：“我看波特会被处绞刑。”汤姆说：“乔埃耍了花招。咱们是亲眼目睹，马上出头告发吧！”哈克说：“你疯了？万一乔埃不是处绞刑，或者干脆逃走了，那他准会我咱们算帐的！”汤姆想了想说：“这倒也是。那怎么办呢？”哈克说：“一块儿发誓，绝对保守秘密。”汤姆说：“行。”于是，按照传统的规矩，汤姆找来一块松木，从口袋里掏出红赭石，借着月光，在松木上划出这样几个字：“汤姆和哈克发誓保守秘密。如有泄露，情愿当场倒地而死，尸体腐烂发臭。”他们把松木埋进墙根的土里，这才稍稍放心。
第二天，可怕的消息传遍全镇。有人发现了大折刀，还有一个居民说，深夜两三点钟，看见波特在小河里洗澡。执法官下令逮捕波特，将他关进了“地牢”。那只不过是镇边一个砖砌的地下室，也没人看守，因为这儿难得关人。两个孩子很同情波特。他爱喝酒，可心眼儿并不坏，挺喜欢孩子。他钓到鱼，有时候会送给孤苦的哈克，还帮汤姆修补过风筝。这么个人要当替死鬼，太可怜了。汤姆和哈克不敢说出真相，但又觉得良心上很不安，简直要生病了。
后来他们想出一个办法。这天，他们带着一些咸肉呀、玉米面哪什么的，乘上一只没主的木筏，顺流划了三里左右，爬上人迹罕至的杰克逊岛，过起了隐居生活。可才几天，东西快吃完，汤姆想家了，哈克也觉得这样不是长久之计，所以又爬上经过附近的轮船，悄俏返回镇上。他们不敢回家，钻进了教堂的楼座。嗨，在这儿意外地看到了奇特的场面。
镇上的许多男女老少都坐在这儿。汤姆的姨妈和表弟身穿黑衣，低着头进来。顿时全场起立，肃静无声。啊，原来人们以为失踪的孩子已经死去，在沉痛悼念呢。牧师做祷告，把两个淘气包讲得比天使还可爱，列举出他们的种种优点、美德。人们开始低声叹息，掉泪，最后是全场一片痛哭声。两个孩子乐不可支，得意非凡，神气地露面了。大家楞了好一阵，然后全拥过去，不住地搂抱、亲吻。
这天汤姆回到家里，波蕾姨妈对他又是吻不够，又是骂不够，把他给搅糊涂了。
三天后，法庭要审理杀人案件。这成了小镇居民的热门话题。汤姆去找哈克商量，说很想讲出真情，搭救无罪的人。哈克说：“可乔埃是好惹的吗？咱们揭发了他，只怕自己两天也活不成！”汤姆说：“那就别作声吧。”哈克说：“对了。再一次发誓，决不往外讲。” 虽然如此，汤姆和哈克心里都觉得对不起波特。他们去给波特送吃的。
老单身汉非常感激，说：“你们待我真好。唉，我喝醉了酒，昏头昏脑，动手杀人。你们可千万别喝醉呵……”两个孩子听了这话，越发感到不好受，第二天，汤姆不知不觉，走到法院外面；转来转去，想进去，又胆怯。他忽然发现哈克也在附近打转。两人互相瞥一眼，各自扭头走开。唉，他们陷入了同样的痛昔和矛盾当中。
正式开庭了，本镇的居民纷纷来到。陪审团就座。波特被押了进来。乔埃无耻地当庭作证。另外两名证人也相继证明，波特下半夜在河里洗过澡，那把大折刀确实是波特经常带在身边的。被告的律师对他们不提任何问题，直到关键时刻，才站起来说：“法官，请让证人汤姆到庭！”所有的人都异常惊讶。汤姆走到证人席那儿，宣了誓，接受讯问。法官问：“汤姆，6月17日半夜，你在哪儿？”汤姆说：“在坟场上。”法官问：“有谁和你一道吗？”汤姆说：“有的，是……”律师忙说：“等一等。暂时别说出同伴的名字。以后我们会把他也传来的。你先详细讲讲看到的一切。” 汤姆打消了所有的顾虑，讲得绘影绘声：“……就这样，波特晕倒在地上，乔埃乘机一刀刺进鲁宾逊的胸膛……” 孩子正说到这儿，乔埃猛地闪电一般冲过去，跳出窗户，逃得没了影儿。
执法官只得宣布暂停审理，立即派人四出搜捕凶犯乔埃，甚至悬赏捉拿。但是许多日子过去了，毫无结果。
在这些日子里，汤姆成了金光闪闪的英雄。大人夸赞，青少年羡慕。自然，得救的波特把他当成救命恩人了。不过汤姆出风头是在白天，一到天黑可受罪了。他睡不安稳，老是梦见乔埃要杀他。哈克也是在担惊受怕中过日子。虽然律师答应为他保密，可那管什么用？汤姆明明和他一块儿发过誓，还不是出头揭发了吗？ 这天，两个孩子决定把心思移开，一块儿去寻找财宝。据说在野地里、枯树下、破屋中，都可能有强盗埋着的金银珠宝，谁运气好就会发现。汤姆和哈克弄来十字镐和大铁锹，接连几天，专找僻静所在挖挖掘掘。可除了土块就是石头，一无所获。汤姆忽然想起，山谷里有座破败不堪的楼房，听说闹鬼，因此没人敢进去。强盗最愿意找这种处所藏匿财宝。对，就上那儿。
第二天，两人带着工具，来到破楼房前，打着哆嗦往里窥探，只见地板朽烂，泥地上野草丛生，窗户只剩框架；屋内空空，只有老式的壁炉；楼梯也残破了。到处挂着蛛网。他们壮壮胆进去，察看一番，又把十字镐和铁锹往墙角了扔，踩着咯吱咯吱响的楼梯上了楼。楼上一间是空空荡荡的屋子。
他们正想下去，忽听传来脚步声，两人不由吓得伏倒在楼板上，不敢稍动一下。他俩透过楼板上的窟窿，看到有两个人走进屋来。一个不认识，另一个是捡破烂老头，最近到镇上来过几次的。这老头又聋又哑，长头发、络腮胡子，还戴副绿色眼镜。老头对同伙说：“歇会儿吧，这儿没人来的。”哑巴开口啦，听嗓音，明明是化了装的杀人凶犯乔埃呀！这时，乔埃和同伙坐在乱草丛中继续交谈着。乔埃说：“伙计，等我干完那件事，咱们就跑得远远的。”他的同伙劝道：“其实，你不如立刻远走高飞。”乔俟鼻子一哼，说：“此仇不报，我死不瞑目！”他的同伙说：“好吧，我等着你。哦，咱们看看金币，可别出什么意外。”乔埃说：“行哪。”两人便站起来，走到壁炉旁边，搬开些砖头，伸手进去取出大口袋，往地上哗啦一倒。嘿，全是金币，有好几百块呢。两个孩子暗暗高兴。这能使镇上一大半孩子顷刻间变成小富翁！！乔埃的腰刀碰在草丛中的什么东西上。啊，一口箱子！锁得挺牢的。
他的同伙说：“乔埃，墙角那边有十字镐和铁锹，咱们正好拿来用用。”乔埃接过铁锹，打量着咕哝了一句，就急着和同伙一道对付那箱子。他们又砸又撬，终于将箱子弄开了。楼上楼下四个人都惊异得目瞪口呆。啊，一箱子金币！至少有好几千块。准是哪个绿林好汉藏在这儿的。乔埃转着眼珠说：“铁锹上沾着湿土，还有十字镐，怎么会出现的？莫不是刚有人来过，现在还藏在楼上吧？”说着，他走过去，一步步走上楼来。“咯吱咯吱”……两个孩子只觉得浑身瘫坎，快断气了。咔嚓！扑通！朽烂的梯级断裂，乔埃直摔下去。同伙说：“干吗疑神疑鬼？谁会藏在楼上？纵然有人来过，见咱们走近，也早就溜啦！”乔埃说：那也得小心为妙。这样吧，金币立即转移到2号十字底下！等我报了仇，咱们就上别处去当大财主！”两个家伙说罢，带上所有的金币走了。楼上，两个孩子松了口气，同时又因眼看金币到不了手而懊丧。汤姆陡然打个冷战，惊叫起来：“不好！乔埃口口声声要报仇，准是冲着我来的！”哈克说：“八成儿还有我！”他也吓白了脸。
从破楼房出来，两个孩子晃晃悠悠。各自回家了。汤姆有个实实在在的家，而哈克那酒鬼爸爸不知流浪到哪儿去了，他回去也是独自一人。他们既心惊肉跳，又怕跟乔埃狭路相逢，丢了小命，却又跃跃欲试，想找到神秘的“2号十字底下”，获得满箱金币。
这时候，汤姆遇上了高兴事情。同班女主贝奇是新任法官一的女儿。贝奇征得爸爸妈妈的同意，邀请全班同学和小镇上的一些少男少女进山野餐，玩它一天。汤姆还带了风筝，想到山上去放呢。
上午，几十个儿童和少年乘上旧渡轮出发，顺着密西西比河驶出三里远才上岸，在树林里唱啊跳哇，做各种游戏。接着，大家胃口大开，吃光了带来的美味食品。下午，大家嘻嘻哈哈地推开笨重的橡木大门，到山洞里去玩。
这是个大溶洞，里面到处是千姿百态的钟乳石。洞中有洞，洞旁有洞，洞下有洞，洞洞相通。据说最底下直通地狱。当然谁也不想下地狱。这一带的人都只熟悉大溶洞的一小部分，进到洞里，谁也不敢越过熟悉的范围，以免迷了路，摸不出来。此刻，孩子们点亮蜡烛，三三两两，追来追去，你叫我喊，打趣逗乐。过了个把小时，大家陆陆续续返回洞口，奔到河边，抢着上渡轮。
他们都累极了，有的竟倒在甲板上就睡着了。渡轮驶回小镇，靠了岸，大家才发觉不见了东道主贝奇和淘气包汤姆。贝奇的妈妈萨契尔夫人急得差点几晕过去，汤姆的姨妈波蕾太太急得快要发疯了。多少人进入大溶洞寻找，火光闪闪烁烁，喊声此起彼伏。闹腾了三天三夜，也没找到，唉，看来没希望了。
那么汤姆和贝奇哪儿去了呢？这两个同学说笑取乐，互相追逐，不知不觉离开了伙伴们。两人心里发慌，在迷宫似的大溶洞里越走越远。迎面扑来一群蝙蝠，险些使他们两个也分开。他们相互鼓励，不断地走。贝奇说：“怎么都是陌生地方？恐怕出不去了，要死在这儿了。”汤姆安慰她：“别担心。
我会想办法的。不错，蜡烛得节省些用，要不然……”贝奇点点头，吹灭了自己手里的一根。汤姆口袋里还有三根蜡烛，却这样提出，是因为也预感到情况不妙。他把一根蜡烛用粘土粘在石壁上，和贝奇一起，就着泉水吃些带着的糕饼。贝奇又疲乏又焦虑，蒙蒙胧胧睡着了。汤姆也昏昏入睡。两人醒来，也不知道是什么时候。汤姆让泪汪汪的贝奇别离开泉水边，自己去找出口。不过这回是先摸出一卷放风筝的绳子，拴在突出的岩石上，然后边放绳子边住前走。他已经不抱多大希望了。咦，前面岩石背后伸出一只拿着蜡烛的手。汤姆欢叫起来。不料借着对方的烛光，他看清了从岩石后面爬出的竟是乔埃！这把他吓得魂不附体。怪了，乔埃连看也没看一眼，拔腿就逃，刹时没了踪影。汤姆想了想，明白了。他的欢叫激起回声，完全变了样儿，这才吓跑了乔埃。汤姆蹑头蹑脚摸过去，发现岩石上刻着：2号，还有个大大的十字。哦，汤姆恍然大悟。可惜他手里的绳子只剩短短一截了。他惦记着贝奇，只好赶紧回去，找到了贝奇。汤姆又累又饿，他和贝奇分着吃掉最后一块蛋糕，又睡着了。当他们再次醒来时，汤姆不愿意坐着等死，怀着最后一线希望，换了方向摸索过去。啊，一个发光点！没错，是照射进来的日光，这下他找到出口啦！贝奇听到他的欢呼声，也精神大振。两人搀扶着来到出口处：原来外面就是大河。
后来，一艘驶过的轮船救了他俩。人们给吃给喝，送他们返回小镇。亲人相见，好不欢喜。
汤姆回家睡了三天三夜才恢复过来。贝奇的爸爸告诉他： “为了防止再发生这类事件，三天前就用锅炉铁板把洞口的大门钉死了。”汤姆一听，忙说：“啊呀，里面还有人……”接着，他把在洞里发现乔埃的事，告诉了法官。法官听了，立即组织人进洞寻找，当人们来到洞口时，只见洞门大开，杀人犯乔埃已经死在洞门里面。他是饿死、渴死的！大家决定，再次封住洞门。
几天后，汤姆拉着哈克，带着把钢锯，借了条小艇，驶到那个秘密洞口。
他们锯开门上的铁板，悄悄走进洞里，找到刻着2号和十字的岩石，发现了大量金币，便分几次搬上小艇，得意洋洋地回到镇上。他们总共得到1.2万块金币，每人6000块。萨契尔法官负责代管汤姆的钱。前任法官的遗孀——道格拉斯寡妇收养了哈克。他们都成了富翁。
