作为食材的金针菇挑选是有讲究的，并不是所有的金针菇都是合格的正规产品，如果选错了食材，不仅对身体无益，反而可能会有危害。
专家介绍称，金针菇有白色和黄色两个品种，分冷库和自然栽培两种方式。黄色品种的优质金针菇颜色，应为淡黄至黄褐色，菌盖中央较边缘稍深，菌柄上浅下深；而白色品种的优质金针菇，则应是白色或乳白色。
无论是哪个品种，都应挑选颜色特别均匀、鲜亮，具有清香味没有异味的金针菇，否则很可能是经过熏、漂、染或用添加剂处理过的。至于市面上销售的金针菇罐头，则应挑选正规厂家生产的，如果颜色鲜亮，有刺鼻气味，汤汁混浊且有悬浮物，则可能经过特殊处理，不可选购。
盐渍对柠檬酸的含量是有要求的，含量符合标准的，对人体没有危害；如果使用过量，不仅金针菇的质量会大打折扣，甚至不能食用。药剂学专家称，长期过量食用含有柠檬酸的食品，会导致体内钙质流失，导致低钙血症。而使用工业柠檬酸浸泡，化学残留会损害神经系统，诱发过敏性疾病，甚至致癌。
正规厂家生产的金针菇原料为米糠，玉米芯，木屑，碳酸钙等，将原料根据做菌量的多少，按时间安排进行配料，混合装瓶杀菌一天。接菌及培养菌丝28天，去皮入栽培室1天，出芽8天，抑制6天，生长10天，采收4天，由工作人员按照菇的等级进行分类为大A级，削A级，B级，和C级进行包装。一个生产流程约60天。
