要控制或消除微生物对食品的污染，必须做好以下几个方面的工作。
1.控制原料污染 食品原料在栽培、捕捞、屠宰、运输等过程中都有可能被微生物污染，造成原材料的腐败变质，造成加工工艺、消毒灭菌的困难，影响产品的卫生质量。因此，首先要注意原材料的选择与处理，减少微生物的来源。被选用的食品材料应是无病和无寄生虫的物料，同时，应及时洗涤，清洗泥沙、杂质、腐烂变质部分及表面附着的部分微生物，食品生产的水源、用水必须符合国家饮用水的卫生标准;而人口密集和工矿业发达区、医院附近等的水域中，微生物的种类和数量都很多，均必须严格地经过人工净化和消毒处理，而且使用方法也必须得当。
2.加强环境卫生管理 食品工厂应建在远离重工业区，周围不应有农药厂、化肥工厂、垃圾场、粪场、污水坑及大医院等。以免受到废水、废气、废渣和病原微生物及其它污染物的污染，对食品加工厂本身的污染物也必须进行无害化处理。垃圾和粪便可制成堆肥，通过微生物的发酵作用，产生高温而杀灭病原微生物和寄生虫卵蛹等。生活污水或工业污水应集中通过污水净化设备进行处理，可用化学或生物的方法净化，分解污水中的有机毒物，杀灭病原微生物。
3.抓好食品生产的卫生管理 首先是食品生产的场所，应符合卫生要求，易于清洗消毒，空间可采用空气过滤器，造成洁净的生产环境。第二，保持生产车间四周墙壁、天花板和地面等六面清洁。生产设备应该经常清洗消毒，以减少微生物孳生的场所。第三，严格执行各项生产卫生制度。生产中应注意简化工艺，缩短生产流程，做到生产自动化、密闭化和连续化，尽量减少食品在空间暴露的时间，做到不接触或少接触人手和其他未经消毒的物品，这是降低微生物污染食品，提高食品质量的有效措施。第四，加强用水的管理和处理。第五，食品从业人员必须身体健康，并经常对从业人员进行有针对性的体检，以便及时排除患者及病原菌携带者对消费者健康的威胁。从业人员应勤理发、剪指甲、洗手、洗澡，保持个人卫生;工作衣帽、口罩等要经常清洗，保持清洁，特别是操作前双手的清洗和消毒更为重要.
4.加强食品贮运、销售等过程中的卫生管理 食品在制造过程中，只要认真贯彻卫生管理的有关规定，杜绝微生物污染，生产出符合卫生质量的标准的食品是不太困难的。但食品在储运、销售等环节中，如何保证食品不受或不受微生物的污染，显得非常重要。
今天小编对防止食品微生物污染的措施进行了简单的介绍，对于什么是食品微生物污染以及其他食品污染小知识还请了解更多本站上的食品安全知识，希望对您有所帮助。
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