生物性污染主要指病原体的污染。细菌、霉菌以及寄生虫卵侵染蔬菜、肉类等食物后，都会造成食品污染。衡量指标主要有大肠菌类指数、细菌总数等。由生物有机体对人类或环境造成的不良影响。例如，SARS病毒、禽流感病毒造成的污染。在受潮霉变的食物上，能生长一种真菌——黄曲霉。黄曲霉能产生一种剧毒物质——黄曲霉毒素，这是一种强烈的致癌物质。霉菌毒素的污染，可能是世界上某些湿热地区肝癌高发的重要原因。
生物性污染包括
①微生物(细菌与细菌毒素、霉菌与霉菌毒素)
②寄生虫(包括虫卵，指病人或病畜的粪便间接或直接污染食品)
③昆虫(甲虫、螨类、蛾、蝇、蛆)
④病毒(肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒、口蹄疫病毒)食品污染
生物性污染特点
①预测难，人们对外来生物在什么时候、什么地方入侵难以作出预测。
②潜伏期长，一种外来生物侵入之后，其潜伏期长达数年，甚至数十年，因此，难以被发现，难以跟踪观察。
③破坏性大，外来生物的侵入，在破坏了当地生态环境的同时，也破坏了该生态系统中各类生物的相互依存关系，可能造成严重的后果。
④生物性污染与其它污染的不同之处:它的污染物是活的生物，能够逐步适应新的环境，不断增殖并占据优势，从而危害其他生物的生存和人类的生活。
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