化学性污染主要是指农用化学物质、食品添加剂、食品包装容器和工业废弃物的污染，汞、镉、铅、氰化物、有机磷及其他有机或无机化合物等所造成的污染。
食品化学性污染有：
(1)食物农药、兽药、鱼药残留.
(2)有害金属(汞、铅、镉等)污染.
(3)食品加工不当产生的有毒化学物质,如多环芳烃类(苯并芘)、N亚硝基化合物等.
(4)滥用食品添加剂、生长促进剂和违法使用有毒化学物质(如苏丹红、孔雀石绿)等造成的食品污染.
(5)放射性核素污染.食品的化学性污染主要来自环境污染.近年来由于工业三废治理滞后于工业发展,环境污染问题突出,加上新技术、新材料、新原料的应用致使食品的化学污染呈现出多样化和复杂化,如违规使用呋喃丹、甲胺磷、酰胺磷、氧化乐果、敌敌畏等剧毒农药,超量使用食品添加剂和防腐剂都会使食品中有害化学物质残留.水体污染、土壤污染、大气污染导致汞、铅、铬等重金属、有毒气体等有害化学物质沉积或固着在食品中.食品的包装物如金属包装物、塑料包装物及其它包装物都可能含有有害的化学成分污染食品.食品化学污染不容忽视。
它的危害很多干扰雌雄激素、影响男女性别比例、损害哺乳期婴儿 。甲醛可诱发鼻癌、血癌;挥发性有机物，如苯、甲苯和二甲苯等，会导致再生障碍性贫血和胎儿畸形。氨无色具强烈刺激性臭味，它主要来源于混凝土防冻剂，严重者可致肺水肿及呼吸道症等。
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