胡萝卜没有生理上的休眠期。它的肉质根主要由薄壁细胞组织构成。性喜冷凉多湿的环境条件，在贮藏中遇到适宜条件便萌芽抽薹，从而促使薄壁细胞组织中的水分和养分向生长点(顶芽)转移，造成萌芽和糠心。它不仅使肉质根失重，糖分减少，而且组织绵软，风味变淡，降低食用品质。所以防止萌芽和糠心是胡萝卜冬季贮藏的首要问题。
胡萝卜表皮缺乏角质，蜡质等保护层，保水能力差。若贮藏温度高，气温低，不仅因萌芽和蒸腾脱水导致糠心，而且也增大自然损耗;若贮温过低，则肉质根易受冻害。所以胡萝卜的贮藏环境必须保持低温高湿的条件。通常适宜贮藏温度为0℃—3℃，相对湿度为90%～95%。又因为胡萝卜肉质根细胞和细胞间隙较大，具有高度的通气性，并能忍受较高浓度的CO2，CO2浓度达8%～10%也无伤害，因此胡萝卜也适宜密闭贮藏。
适时收获对胡萝卜的贮藏很重要。胡萝卜的采收一般在霜降前后，采收过早因土温、气温尚高不能及时下窖，或下窖后不能使菜堆温度迅速下降，都易促使萌芽和变质;采收过晚则直根生长期过长，贮藏中容易糠心，还可能使直根在田间受冻，而贮藏受冻的直根常会大量腐烂。为了能适时采收并使产品达到适宜的成熟度，就要掌握播种收获时期。
采后最好当即下窖贮藏。如外温尚高，可在窖旁或田间进行短期预贮，堆积在地面或浅坑中，上覆薄土，设通风道以便通风散热，待地面开始结冻时下窖。
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