苹果存放时间长了或者存放条件不合适，会发生腐烂变质的情况。若苹果发霉腐烂就不能食用了，因为其中的碳水化合物、维生素、无机盐等营养素受到大量的分解破坏和流失，使其营养价值严重降低;再者由于微生物污染严重，增加了致病菌和产毒菌存在的机会，并可使一些致病力弱的细菌得以大量生长繁殖，以致于人食用后而引起食源性疾病。因此，苹果腐烂了就不能吃了。
有人会把腐烂的部分挖掉继续食用，其实这样的做法是不正确的。因为只要水果发生霉变腐烂，各种微生物特别是各种真菌都会在腐烂水果中不断加快繁殖，并在繁殖过程中产生大量有毒物质。这些有毒物质又不断从腐烂部分，通过水果汁液向未腐烂部分渗透、扩散，导致未腐烂部分同样含有微生物的代谢物。据测定，在距离腐烂部分1厘米处的正常果肉中，仍可检出毒素。人吃了烂水果中的真菌毒素，可能会发生头晕、头痛、恶心、呕吐、腹胀等，严重的还会发生抽风、昏迷，危及生命。其中对人体健康威胁最大的有毒物质是展青霉菌的毒素。吃入后除了会对神经、呼吸、泌尿等系统造成伤害外，还有较强的致癌作用。此外，水果腐烂后其所含的硝酸盐，还会变成有毒的亚硝酸盐。
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