土壤中的锡污染主要来源于锡矿开采产生的废水、废气、废渣中。锡矿山场地废石、废渣的堆存不仅占用了大量的土地资源，而且由于选矿回收能力有限，使大量重金属复合污染物进入尾矿中。重金属复合污染物在土壤中滞留时间长，难以被植物或微生物降解，严重污染土壤和地下水。
还有一部分土壤中的锡污染来源于使用的农药。锡的有机化合物毒性非常大，从20世纪50年代首次发现有机锡的杀虫性能后，有机锡杀虫剂便被广泛用于工农业。如三环己基锡和苯基锡被用于生产农药和杀虫剂，其中三苯基醋酸锡是一种重要的有机锡农药，主要用于防治甜菜褐斑病、马铃薯晚疫病、大豆炭疽病、水稻稻瘟病等。这些有机锡化合物能够导致性畸变，干扰钙代谢等，毒性非常大。喷洒的有机锡农药会在作物和土壤中残留，对人体健康和环境造成严重危害。
锡对大气的污染自然风化过程和锡冶炼加工等都向大气输送锡，使大气特别是城市上空的大气受到锡污染。
海洋中有机锡污染主要是丁基锡和苯基锡的污染。在海上航行的轮船和海上建筑物的防污漆中加入三丁基锡和三苯基锡，杀死附着在船只上的真菌、藻类和软体动物，这是海洋环境中有机锡的主要来源。有机锡化合物不可避免地对海洋生态系统造成不可逆转的破坏。
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