土壤是人类的生存的基本资源，也是农业发展的基础。过量的使用化肥会造成在土壤和水体中残留，尤其是不利于农作物健康生长的各种“有害”元素，可以直接导致土壤发生污染，还可以间接污染水体，破坏大气层组织，特别是与人们生活息息相关的农产品品质严重恶化，都将对人体健康产生危害。
化肥对土壤的影响
1.增加重金属和有毒元素
化肥原料的开采到加工生产，会混进一些重金属元素或有毒物质。例如磷肥的生产原料为磷矿石，它含有大量有害元素F和As，同时磷矿石的加工过程还会带进其它重金属Cd、Cr、Hg、As、F，特别是Cd。另外，利用废酸生产的磷肥中还会带有三氯乙醛，对作物造成毒害。研究表明，无论是酸性土壤、微酸性土壤还是石灰性土壤，长期施用化肥还会造成土壤中重金属元素的富集。
2.微生物活性降低，物质难以转化及降解
施用不同的肥料对微生物的活性有很大的影响，土壤微生物数量、活性大小的顺序为：有机肥配施无机肥>单施有机肥>单施无机肥。中国施用的化肥中以氮肥为主，而磷肥、钾肥和有机肥的施用量低，这会降低土壤微生物的数量和活性。
3.土壤退化
引起土壤酸度变化，过磷酸钙、硫酸铵、氯化铵等都属生物酸性肥料，即植物吸收肥料中的养分离子后，土壤中氢离子增多，易造成土壤酸化。长期大量施用一种化肥，可以在短期内酸化土壤。土壤酸化后会导致有毒物质的释放，或使有毒物质毒性增强，对生物体产生不良影响。土壤酸化还能溶解土壤中的一些营养物质，在降雨和灌溉的作用下，向下渗透补给地下水，使得营养成分流失，造成土壤贫瘠化，影响作物的生长。
4.养分失调，硝酸盐累积
长期施用化肥造成土壤营养失调，加剧土壤P、K的耗竭，导致NO3-N累积。NO3-N摄入人体后被微生物还原为NO2-，使血液的载氧能力下降;还可以在体内转变成强致癌物质亚硝胺，诱发各种消化系统癌变，危害人体健康。
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