厄尔尼诺现象虽发生在距离我国比较遥远的东太平洋，并不对我国的天气气候产生强烈的直接影响，但它仍然会通过大气环流的变化来影响中国，所以不少气象学家认为，厄尔尼诺的出现与否是影响中国天气气候异常的一个强信号。就我国而言，厄尔尼诺为什么导致我国南方洪涝呢？
我国是典型的大陆性季风气候国家，降水主要集中在西南和东南季风盛行的夏季。来自海洋的暖湿气流可以深入到内陆地区，产生丰沛的降水。我国东部的雨带具有明显的季节性和向北推移的特点。厄尔尼诺年的夏季，由于赤道东太平洋海温升高、哈得来环流加强，导至太平洋副热带高压强度增强;但西太平洋海温降低，大气对流活动减弱，却使副高位置偏南。研究表明，西太平洋副高对厄尔尼诺的响应要落后几个月，因而往往厄尔尼诺发生第二年这种相关关系更加显著一些。另外，受环流形势的影响，冷空气活动比较偏南，加之夏季风偏弱，暖湿气流北上势力不强，因此冷暖空气交汇产生的季风雨带也随之偏南，从而使长江中下游地区多雨以至发生洪涝，
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