秸杆还田除了可以保护环境，更主要是增加土壤有机质，改良土壤的板结和增加土增的通透性，但随着小麦和玉米秸杆的连年还田，使土壤中的病虫害越发的严重。
小麦秸杆滋生的锈病、白粉病、全蚀病、赤霉病等病菌随秸杆还田进行越夏和越冬为下年小麦病害造成危胁，而玉米秸杆浸染的大小班病、锈病、褐班病、瘤黑粉以及玉米瞑都会趁机越冬，针对以上情况，要及时观察病虫害的发生程度，做到预防和治疗相结合，如在旋地时撒毒死蜱，对种子进行拌种，玉米出苗后要及时喷施杀虫剂防粗缩病，结合化控配三唑酮悬浮剂或已唑醇、戌唑醇防治玉米班病，锈病和瘤黑粉病，兼治褐班病，还有主要一条，玉米出苗后，用甲维盐顺垄喷施防治二点委夜蛾。
小麦除拌种外要在播种时增加氮肥用量，因为秸秆在沤制发醇时与麦苗争肥，氮肥用量小易死麦苗，在小麦出穗70%左右时预防小麦收浆虫，扬花初期如果空气湿度大，或有连阴雨，要抢在雨前喷施氰稀菌脂或优质多菌灵预防赤霉病，一亩地至少两桶水，总之秸杆还田要尽量把预防放在前面，做到一防多治。
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