大量的、不合理的使用化肥，会使土壤团粒结构破坏严重，透气性降低，需氧性的微生物活性下降，土壤熟化慢，从而造成土壤板结，导致各种农作物的根系不易生长，且由于土壤含氧量过低，出现沤根现象。长期过量施用化肥后，土壤中盐离子增多，妨碍农作物的根系正常吸水，从而影响植株生长，甚至烂根死亡。还会出现土壤菌群失调，随着种植时间的延长，土壤中有害菌的数量越来越多，而有益菌得不到补充，这就导致了土壤菌群的失调，不利于植物的生长。
有机肥可以改良农田的土壤
有机肥主要来源于植物和(或)动物，用于土壤以提供植物营养所需的含碳物料。有机肥经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。有机肥显酸性，在酸性土壤上使用时可以配合使用消石灰，不仅可以中和有机肥中的酸，还可以提供钙元素，还可以使土壤蓬松，利于植物的生长。
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