国土资源部统计表明，目前全国耕种土地面积的10%以上已受重金属污染，致使土壤基本丧失生产力，成为“毒土”。每年因土壤污染致粮食减产100亿公斤，污染的加剧导致土壤中的有益菌大量减少，土壤质量下降，自净能力减弱，影响农作物的产量与品质，危害人体健康。
土壤污染导致了生态关系失衡，引起生态环境恶化。中国科学院地理科学与资源研究所在长江三角洲等地调查的主要农产品，农药残留超标率高达16%以上，致使稻田生物多样性不断减少，系统稳定性不断降低。蚯蚓的存在是土壤重要的环境指标，目前土壤中的蚯蚓、土鳖及各种有益菌等大量消失，农作物害虫的天敌青蛙的数量大减以及对各种节肢动物的损害，使得农田天敌和害虫的平衡关系被打破。
土壤质量下降，使农作物减产降质。重金属污染的增加，农药、化肥的大量使用，造成土壤有机质含量下降，土壤板结，导致农产品产量与品质下降。由于农药、化肥和工业导致的土壤污染，我国粮食每年因此减产100亿公斤。据估算，全国每年因重金属污染的粮食高达1200万吨，造成的直接经济损失超过200亿元。
农作物会吸收土壤中的污染物质，例如各种重金属，对人们身体健康和农业可持续发展构成严重威胁。汞、镉、铅、铬、砷五种重金属被称为重金属的“五毒”，对人有致命的危害。
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