稻田内长期单一施用化肥，会使稻田腐殖质含量逐年下降，土壤团粒结构受到破坏，通气透水性变差，土壤板结，蓄水保肥能力降低，导致水稻产量逐年下降。为了改良稻田的土壤，可以使用以下方法：
实践证明，在稻田使用少量化肥的同时，配合施用农家肥，对于改善土壤结构具有良好效果。施用农家肥可以改善土壤结构，提高土壤肥力，增加土壤中有效养分的含量。稻田土壤中农家肥施用越多，有机质含量越高，土壤的保肥能力会更强，促进土壤团粒结构的形成能力也越强;可以使黏土孔隙增多增大，黏性降低，从而改善其通透性。
冬天，不种水稻的时候种绿肥不仅可以有效养地肥田，还可以美化稻田冬景。以盛花期红花草所产生的有机物质为例，可代替4至5种化肥投放农田，不仅有效减少稻田的化肥投入量，还有利于节本增收，同时可改良土壤团粒结构。
利用稻田水面养鱼，既可获得鱼产品，又可利用鱼吃掉稻田中的害虫和杂草，排泄粪肥，翻动泥土促进肥料分解，为水稻生长创造良好条件，一般可使水稻增产一成左右。但是稻田养鱼应该注意在施用化肥、农药和烤田、耘草时，应充分考虑到鱼类生长的要求，可分片间隔施放，以免影响鱼类生长。
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