生物入侵主要有三种原因：一是引入用于农林牧渔生产生态环境改造与恢复和景观美化等目的的物种，之后演变为入侵物种，即有意识的引入;二是随着贸易运输和旅游等活动而传入的物种，即无意识的引入;三是靠自身的扩散传播力，或借助于自然力量而传入，即自然入侵，2001年在全国范围内开展的外来入侵物种调查表明，在初步摸清了283种入侵物种中，83.5%属于人类有意识引种以及进出口贸易，和旅游游客无意携带进入的。其中，超过50%的种类是人为引入的结果。由此可见，生物入侵的根本原因是人为引入。
入侵种往往有强大的繁殖与传播能力，通常入侵种利用这种特性在低密度的情况下迅速扩大种群，在新栖息地建立新的种群。研究认为，具有相对较少本地种的环境、干旱环境、盐沼和高山生境，沙地或高低不平的土壤生境、片断化生境、河岸生境易被入侵。
环境变化也是导致外来生物入侵的重要因素，如二氧化碳浓度的增加延缓草原群落演替的过程，为外来种进入该群落提供了更多机会;降水量的增加将使外来物种能够侵入干旱和半干旱地区，降水与高温在生物生长重要时期的短期和较小的变化也能对入侵产生长远效应;同时酸雨也通过改变环境因子为外来入侵者创造了有利条件，并且有利于抗性强的外来物种入侵。
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