围湖造田最直接的就是导致湖泊面积不断缩小，地表径流调蓄出现困难，旱涝灾害频繁发生。因为围湖造田后，湖泊面积减少，雨季存储洪水的能力下降，干流水位上升幅度大，容易发生洪涝灾害。
据统计，全国被开垦的湖泊至少有100多万公顷，损失淡水资源调节量350亿立方米。例如：湖北省，湖泊不断减少，而这些湖泊在水利方面起着接纳长江洪水的作用，湖泊面积的减小，直接导致了长江水没有足够的空间分流，容易造成洪灾。湖北省水旱灾害面积逐年增长，20世纪50年代平均46万多公顷，80年代增长到170多万公顷，98年发生的世纪大洪水与围湖造田有关系。
如果把长江比喻成一条血脉，那么各种大大小小的湖泊就是它的分支，而在湖泊附近，原本在自然环境里形成的大大小小的"微型湖泊"则属于"毛细血管"。这些血管平时也许并不起眼，但由于它们与长江保持着连通，因此当降水少时，人们可以从中获得没有流尽的积水;而当降水多时，它们则会成为调节长江水位的"蓄水库"。当这些小湖泊被填成肥沃的土地时，或者是被圈成一片鱼塘后。相当于毛细血管被纷纷掐断，长江干流洪水找不到地方疏散，最后只能被逼向地面，形成洪灾。
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