秸秆还田可以改善土壤环境、理化性能，增加土壤团粒结构，提高土壤有机质含量，从而达到提高土壤肥力、促进农作物健壮生长。稻草含硅、钾量较高，稻草还田以后，显著改善了土壤硅素营养条件。水稻是喜硅作物，硅能提高水稻根系活力，提高抗倒、抗病虫害能力。稻草还田后可增加土壤中钾的含量，提高水稻的抗逆性，使土壤变得疏松，有利于水稻生长。稻草含纤维素较多，分解较慢，有机质在土壤中积累较多，使土壤容重减轻，孔隙度增加，促进微生物活动和根系发育。水稻秸秆还田极大地提高了土壤的通透性、渗透性，增强了土壤的释肥能力及保水、保肥、吸氧、透气、渗水、蓄水、保温能力，促进作物长势，提高作物自身抗病害、抗旱的能力，为稳产增产打下基础。
但是水稻秸秆还田也有一些不利的影响，例如易发生土壤微生物与作物幼苗争夺养分的矛盾，甚至出现黄苗、死苗、减产等现象;秸秆翻压还田后，使土壤变得过松，孔隙大小比例不均、大孔隙过多，导致跑风，使土壤与种子接触不紧密，不能正常发芽;秸秆中的虫卵、带菌体等一些病虫害，在秸秆直接粉碎过程中无法杀死，还田后留在土壤里，病虫害直接发生或者越冬来年发生。
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