外来有害生物侵入适宜生长的新区后，其种群会迅速繁殖，并逐渐发展成为当地新的“优势种”，严重破坏当地的生态安全，具体而言，其导致的恶果主要有以下几项：
1.外来物种入侵会严重破坏生物的多样性，并加速物种的灭绝。
生物的多样性是包括所有的植物、动物、微生物种和它们的遗传信息和生物体与生存环境一起集合形成的不同等级的复杂系统。外来物种入侵是威胁生物多样性的头号敌人，入侵种被引入异地后，由于其新生环境缺乏能制约其繁殖的自然天敌及其他制约因素，其后果便是迅速蔓延，大量扩张，形成优势种群，并与当地物种竞争有限的食物资源和空间资源，直接导致当地物种的退化，甚至被灭绝。
2.外来物种入侵会严重破坏生态平衡。
外来物种入侵，会对植物土壤的水分及其他营养成份，以及生物群落的结构稳定性及遗传多样性等方面造成影响，从而破坏当地的生态平衡。
3.外来物种入侵会因其可能携带的病原微生物而对其他生物的生存甚至对人类健康构成直接威胁。
4.外来物种入还会给受害各国造成巨大的经济损失。
对于任何一个国家而言，想要彻底根治已入侵成功的外来物种是相当困难的，仅是用于控制其蔓延的治理费用就非常昂贵。我国每年因打捞水葫芦的费用就多达5～10亿元，由于水葫芦造成的直接经济损失也接近100亿元。
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