破坏生物多样性的原因是多方面的，除了生物自身原因和自然原因外，人类活动是导致生物多样性破坏的最主要因素。
1.生物生境(栖息地)及其破坏
生境简单地说就是一个动物、植物或微生物正常生活和繁殖的地方，是一个生物与其他生物共同生存所利用的空间，包括地形、气候、土壤等各种要素的组配。生境是生物多样性存在的基础，人类活动导致生境的破坏是生物多样性减少的主要原因。生境可分为森林生境、湿地生境以及草原、荒漠、湖泊水库、海洋岛屿等其他生境。
2.环境污染对生物多样性的破坏
环境污染对生物多样性有巨大的破坏作用。随着工农业发展和城镇建设的扩大，大量的工业废水、城市污水、农业废水排入江、河、湖、海等水体。其中重金属和其他有毒成分使水生生物死亡或影响其生长发育;大量有机物分解时消耗氧气并产生有毒气体，使水生生物失去了生存条件。
3.水工建筑、采矿等经济活动的影响
大型水利设施，对一个地区的地貌、水文、气候等自然地理条件会有较大的改变，也会对生物多样性产生巨大影响。
4.过度捕杀、捕捞、偷猎等对生物多样性的破坏
在短期经济利益甚至违法高额获利的驱使下，人类的许多合法和非法的捕猎行为往往对生物多样性造成巨大的破坏。
5.外来物种入侵对生物多样性的破坏
在当前人类活动不断加剧，交通越来越发达情况下，外来物种入侵已成为十分普遍的现象。当外来物种被引人到没有天敌的地方时，往往造成破坏性的后果。
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