生物入侵对生态造成严重的破坏，例如明末引入中国的仙人掌，早已取代了华南沿海地区和西南干热河谷地段的原有天然植被;上世纪60年代在云南景洪发现的24处普通旰生稻的分布点，到现在仅存一处。
外来入侵物种通过压制或排挤本地物种，形成单一优势种群，危及本地物种的生存，最终导致生物多样性的丧失。比如，原产美洲的紫茎泽兰现已遍布我国西南大部分地区，在其发生区域总是以满山遍野密集成片的单优植物群落出现，已导致某些原有植物群落衰退甚至消失。又比如在20世纪80年代，为了保滩护堤、促淤造地、开辟海上牧场而在闽东沿海引进的大米草。时至今日，它已占据闽东约12万亩的滩涂，导致近岸海洋生态环境的破坏红树林，赶走了滩涂鱼、虾、贝等海洋经济生物，原来生活在这里的200多种生物现仅存20多种。
生物入侵对土著生物造成严重的破坏和生物污染，随着生境片段化，残存的次生植被常被入侵种分割、包围和渗透。使本土生物种群进一步破碎化，造成一些植被的近亲繁殖及遗传漂变。有些入侵种可与同属近缘种、甚至不同属的种杂交。入侵种与本地种的基因交流可能导致后者的遗传侵蚀。在植被恢复中将外来种与近缘本地种混植就会导致遗传侵蚀。
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