建立自然保护区是保护生态环境、生物多样性和自然资源最重要、最经济、最有效的措施。截止2006年底，全国共建立各级各类自然保护区 2349 处，面积 150 万平方公里，约占陆地国土面积的 15%，其中国家级自然保护区265 处，89.4 万平方公里，初步形成了类型比较齐全、布局比较合理、功能比较健全的全国自然保护区网络。全国 85%的陆地自然生态系统类型、40%的天然湿地、20%的天然林、绝大多数自然遗迹、85%的野生动植物种群、65%的高等植物群落，特别是国家重点保护的珍稀濒危野生动植物物种，都在保护区内得到了有效保护。
为了加强对自然保护区的管理，针对自然保护区存在的突出问题，国务院及有关部门制定了有关自然保护区管理的政策、法规和规章，国务院发布了《关于进一步加强自然保护区管理工作的通知》，国家环保总局等七部门联合发布了《关于进一步加强自然保护区建设和管理工作的通知》;加强涉及自然保护区建设项目的监督管理，防止不合理的资源开发和建设项目对自然保护区产生影响和破坏，查处了一些破坏保护区的违法开发活动和案件;推进各自然保护区的划界立标和土地确权工作，明确边界和土地权属;建立自然保护区科研监测支撑体系，开展宣传教育，发挥保护区的多种功能;开展国际合作与交流，学习借鉴国外自然保护区管理先进理念和模式;积极争取国外项目资金，加强了机构建设和管理人员培训，着力提高管理能力和管护水平。
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