生态农业的实质是以人为中心的自然--社会--经济复合系统的可持续发展，概括来讲其基本原则有：
1.可持续性原则
资源的永续利用，是人类可持续发展的首要条件。可持续发展要求人们根据可持续性的条件调整自己的生活方式，在生态可能的范围内确定自己的消耗标准，要补偿从生态系统中索取的东西，使自然生态过程保持完整的秩序和循环。
2.公平性原则
“发展”的概念本身包含了社会公平或人际公平，“可持续”则将公平推广到代际公平，当代人追求的发展和消费，应当建立在绝不可剥夺和破坏后代人(或他国)本应合理享有的同等发展和消费的权利的基础上。
3.共同性原则
我们面临的环境、资源问题是全球性的，处理的方法与手段必须得到全球的关注。要用世界发展的大时空观，从国际大环境、大系统的角度，突破区域和自身利益的局限，共同来保护管理我们及我们的子孙后代共同拥有的环境与资源。
4.协调性原则
人类社会与自然环境的协调、人类社会各系统之间的协调、人口数量和增长率与不断变化的生态系统生产前离的协调、国家或地区社会经济各领域的协调、国际范围内的协调等是可持续发展的关键。
5.限制性原则
没有限制就不可能持续，可持续发展不应损害支持地球生命的自然系统。人类的经济和社会发展不能超过资源与环境的承载能力。对可再生资源的利用率不能超过其再生和自然增长的限度，以避免资源的枯竭，人类对不可再生自然资源耗竭速率应考虑其资源的临界性。
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