我国现代生态农业的发展既存在着一定的优势，同时还有一定的劣势，主要体现在以下几个方面。
1.资源环境问题严重
改革开放以来，中国的耕地数量不断减少，目前中国耕地总面积仅约为18.26亿亩，比20世纪80年代初期减少了2.69亿亩，人均耕地面积由20世纪80年代的1.52亩减少到1.38亩，仅为世界平均水平的40%。18亿亩耕地红线岌岌可危。黄三角地区淡水资源贫乏，水资源总量约为29.5亿立方米，人均303立方米，仅占全国平均水平的1/8。同时，我国生态环境破坏已经到了非常严重的地步。以黄河三角洲为例，该地区林木覆盖率低，海岸防护措施不完善，土壤盐碱化程度较严重，生态环境治理难度较大。这些因素都会对现代生态农业的持续发展产生不利影响。
2.农业生产结构不合理
当前我国农业的生产并不能完全达到可持续发展的要求。农药、化肥和各种农业机械的使用都会从各个方面对环境产生不利影响。农业生产要素达不到合理高效配置的程度，部分地区如我国西北地区仍然采用粗放经营的方式进行农业生产;黄河三角洲传统农业所占比重仍然较大，产业化、规模化、集约化程度不高。某些地区生态产品销售渠道单一，基础设施建设不完善，自主创新能力弱，农业综合生产能力未能充分发挥，这些不合理因素会严重阻碍生态农业的发展，降低生态农业的生产效益。
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