生态养殖是利用现代生态学原理和科学技术提升的一类环境友好型养殖方法。生态养殖可以大大减少乃至杜绝农药、化肥、抗生素、人工合成激素用量，减少畜禽产品中的药物残留，提高肉类食品的质量，将同时还可以减少饲养过程中粪便等排泄物对环境的污染，有利于生态平衡，人与自然和谐共生。
在养殖的过程中，人们常使用抗生素来抑制或杀灭允消化道内的有害微生物，以提高其生产性能，但是饲料中添加坑生素有副作用，如导致动物体内菌群失调，产生抗药性以及药物残留对人类健康的影响等，也日益引起世界的关注，许多国家已经越来越多地禁止用抗生素作为饲料添加剂。
畜禽养殖业已成为农业污染源的主要来源。据测算，目前我国畜禽粪便产生量已经近40亿吨，而综合利用率不足50%。畜禽养殖的COD和氨氮排放量分别占到农业源排放总量的96%和44%左右。针对养殖污染问题，我国提出到2020年，规模化养殖场、养殖小区配套建设废弃物处理设施比例应达到75%以上。
要引导畜禽标准化规模养殖，以生态养殖促进转型增效。为此，要建立现代畜禽种业，提高畜牧生产的现代化水平;推进资源循环利用，提高畜禽生产的生态化水平;加快构建现代畜牧产业体系，提高产业发展的绿色化水平;推进供给侧结构性改革，促进全产业链一体化发展，努力提高畜禽生产的经济、生态效益。
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