堰塞湖形成的自然原因主要是由是由火山熔岩流，冰碛物或由地震活动使山体岩石崩塌下来等，引起山崩滑坡体等堵截山谷，河谷或河床后贮水而形成的湖泊。由火山熔岩流堵截而形成的湖泊又称为熔岩堰塞湖。
我国东北的五大连池以及黑龙江省的镜泊湖都是自然形成的堰塞湖
五大连池旧称鸟得邻池，在五大连池市郊，地处纳诺尔河支流--白河上游，北距小兴安岭仅30.0km，系由老黑山和火烧山两座火山喷溢的玄武岩熔岩流堵塞白河，使水流受阻，形成彼此相连呈串珠状的5个小湖得名。五大连池火山群的火山活动始于侏罗纪末至白垩纪初。据史料记载，最近的一次火山喷发，始于1719年(清康熙58年)。这次火山喷发，堵塞了原纳漠河的支流--白河，迫其河床东移，河流受阻形成由石龙河贯穿成念珠状的5个湖泊。
镜泊湖是中国最大的熔岩堰塞湖。由第四纪玄武岩流在吊水楼附近形成了宽40m，高12m的天然堰塞堤，拦截了牡丹江出口，提高了水位而形成的面积约90.3平方千米的一个典型熔岩堰塞湖。5550年前宁安地区火山活动剧烈，镜泊湖火山大爆发，连续爆炸五次，火山口流出熔岩，阻塞了牡丹江水。冷却后的岩浆堆积在牡丹江河道上，像一座大坝一样把牡丹江拦腰截断了。坝上游河段便形成了熔岩堰塞湖--镜泊湖，湖水又通过熔岩坝的一些断裂缝隙，渗硫出来，跌落崖壁，于是便形成吊水楼瀑布。
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