据了解，在北京开出内地首张电子发票后，上海、江苏、浙江等地也相继开展了电子发票的试点工作。但是，电子发票由于无法开具单位抬头等问题，给财务报销、单位采购等带来一定限制，在很大程度上影响了电子发票的推广范围。下面我们详细介绍下电子发票的缺点有哪些。
电子发票的普及实施，对网购市场一直赖以生存的价格优势将受到严重的考验，不少商家会把电子发票的成本施加到消费者身上，而最终导致产品的价格走高。一些正规的电商都可以开具纸质发票，如京东商城、当当网、天猫商城等等，虽然这些产品的价格相较淘宝平台价格稍微高出一点，但是给消费者一种规范感，也更加的安心。而淘宝平台是以C2C(个人对个人)的模式，因为C2C商家大多数都未在工商部门注册，所以在开具发票方面就存在障碍。但是也因为如此，C2C的方式比B2C方式少了很大一部分税收的成本，产品的价格自然就更加低廉。
在电子发票普及开后，C2C的普通商家将不能再“幸免”，对网购物美价廉的优势带来打击。这也使得大家对于电子发票的普及虽支持但又犹豫不决，所以政府发布之后过了几个月才有商家正式着手实施。
尽管国家已经明确了电子发票的法律效力、基本用途等都与纸质发票相同，电子发票同样可以报销入账，但北青报记者在采访中发现，很多企业财务人员对于电子发票都是感到头疼。
“由于是消费者自行打印，所以在纸质、打印效果上都会有所差异，这就相当于把原来发票的物理防伪性能都取消了，鉴别真伪的责任全都推给了财务人员，这个责任确实太大了!”有企业财务人员表示，他们通常会建议员工尽量选择开普通发票的商家消费，但现在越来越多商家只提供电子发票，给不给报销这些发票往往会在员工与财务人员间产生分歧。
另外，电子发票可以重复打印的特性也使如何防范重复报销成为企业财务人员面临的问题。有企业的财务人员就专门做过试验，同一张电子发票在复印后和原发票几乎一模一样，如果用来重复报销，财务人员根本无法识别。对此，多数财务人员目前能采取的方法只能是把报销过的每张电子发票编号记下来，每次报销时都要查询一遍这张发票是否已经报销过，这无疑增加了工作压力。
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