中医学理论体系可区分为中医学科群的理论体系与中医基础理论专门学科的理论体系。前者是指由中医基础理论、中医诊断学、中药学、方剂学等中医基础学科构成的理、法、方、药有机结合的知识体系。后者指以元气说为基石，阴阳五行学说为研究方法，藏象经络理论为核心的知识体系。这里所要介绍的中医学理论体系专指后一种情况而言。
中医学理论体系的形成与发展，大致可以划分为先秦、秦汉时期、晋隋唐时期、宋金元时期、明清时期，以及近代与现代五个阶段。
1．先秦、秦汉时期─—孕育、奠基阶段
春秋战国时代，中国社会急剧变化，政治、经济、文化都有显著发展。诸子蜂起，百家争鸣，学术思想空前活跃，儒、道、阴阳、墨等对后世影响巨大的学术流派相继诞生，元气论自然观和阴阳五行学说等在战国末年也已显露雏型或几臻成熟;天文、历算、气象、物候、生物、心理、逻辑等自然科学知识也取得了长足的进步。这些为古代医家总结医学经验，建构医学理论，提供了思想武器和方法工具。同时，从殷商始，医师专业分化，医疗经验迅速增多，又为理论的总结准备了充分的素材和资料。一些理论雏型，如病因学的“六气说
”等已相继出现。因此，先秦时期可以看作是中医理论体系的孕育期。
秦、汉大一统社会文化格局的形成，为中医理论体系的建构提供了思想文化基础。创作于战国、秦、汉之际，大约汇编成书于西汉中后期的《黄帝内经》，总结了西汉及以前的医学成就和临床经验，并吸收了当时的哲学、天文学、地理学、历算学、物候学、生物学、心理学、逻辑学等多种学科的重要成就，系统地阐述了人的生理病理及疾病诊断、防治等问题，确立了中医学的理论原则，奠定了中医学的理论基础。《黄帝内经》由《素问》和《灵枢》两部分组成，除系统阐述医学问题外，还涉及哲学与其他自然科学的知识。就医学内容而言，包括人体解剖、藏象、经络、气血津液、体质、病因病机、诊法、辨证、养生、治则、运气、医学心理、时间医学、地理医学、气象医学、针灸学，以及临床各科的部分内容，因此，成为中医理论发展及中医学科分化的母体。直至现代，《黄帝内经》的许多理论知识仍有重要的指导意义，故一直被奉为中医学之圭臬。
东汉时期托名为秦越人所撰的《难经》，是一部以问难方式探讨医学理论的专著，许多问题或答案源自《内经》，可视为《内经》之辅翼。《难经》的内容也较丰富，涉及生理、病理、诊断、病证和治疗等多个方面，尤其对脉学有较详悉而精当的论述和创见，对经络学说以及藏象学说中命门、三焦的论述，则在《内经》的基础上有所发展，是继《内经》之后的又一部中医经典著作。
东汉末年著名医学家张仲景在《内经》、《难经》的基础上，进一步总结前人的医学成就，并结合自己的临证经验，写成我国第一部临床医学专著《伤寒杂病论》，后世分为《伤寒论》和《金匮要略》两书。《伤寒论》着重探讨外感疾病的诊治问题，它归纳了外感疾病发生、发展的大致规律，分析了疾病不同阶段的变化特点及诊疗要点，提出了外感疾病的六经辨证纲领，并载方 113首。《金匮要略》着重探讨内伤杂病的诊治问题，书中以病分篇，论述了40多种疾病的因、机、证、治，贯穿着内伤杂病的脏腑辨证方法，并收载方剂 262首。所以说，张仲景确立了中医诊治的辨证论治体系和理、法、方、药等运用原则，从而使中医理论与临床融贯成一体，为临床医学的发展奠定了坚实的基础。
总之，秦汉时期出现的上述医著，从不同方面奠定了中医理论体系的基础，形成了中医学的学术范式，确定了中医学理论体系发展的基本路径。
晋、隋、唐时期，中医学的发展呈现出分支学科在分化中日趋成熟、临床各科大发展及中外医学交流广泛等特点，在对病证及其原因和机理的认识、诊断技术、医方创制、新药发展及临床各科等方面，均取得了较大成就。就中医理论的发展而言，一方面是通过对古医籍的整理与注释，继承与发展中医理论，如齐梁间人(一说隋人)全元起的《内经训解》、唐初杨上善的《黄帝内经太素》、唐 ·王冰的《重广补注黄帝内经素问》，以及王叔和、孙思邈对《伤寒论》的整理与研究，对中医理论的继承与发展都作出了重要贡献。特别是王冰在《重广补注黄帝内经素问》的第七卷，首载《天元纪大论》、《五运行大论》、《气交变大论》、《五常政大论》、《六微旨大论》、《六元正纪大论》、《至真要大论》等七篇有关五运六气的篇章，不仅首倡五运六气学说，而且对中医病因病机、辨证、治则治法等理论都有精辟阐述，其对中医理论的贡献功不可没。另一方面是医学理论的创新与提高，如隋代巢元方等人的《诸病源候论》，是我国第一部探讨病因病机理论和临床证候学的专著，对疾病的病候、病机进行了新的探讨，对中医病理学说的形成，作出了杰出贡献;唐 ·孙思邈的《千金要方》、《千金翼方》和王焘的《外台秘要》，是综合了基础理论和临床各科的医著，在脏腑辨证方面有长足的进步。此外，养生学发展至隋唐，已基本形成了以中医学理论为基础，以养精、调气、蓄神为中心的一系列防老益寿的经验和理论。
3．宋、金、元时期——学派涌现、理论突破阶段
宋、金、元时期的医家们在前代的理论和实践基础上，结合自己的阅历和临证体会，提出了许多独到的见解。在各抒己见、百家争鸣的氛围中，中医理论在某些方面取得了突破。宋代陈无择的《三因极一病证方论》，在中医病因学方面提出了著名的“三因学说 ”。他在梁·陶弘景《肘后百一方·三因论》的基础上，确立了“外因、内因、不内外因”的病因分类说，使中医病因学说更加系统化和理论化。宋·钱乙的《小儿药证直诀》，丰富了脏腑辨证论治的内容。
金元时期，中医学术界涌现了各具特色的医学流派，理论的争鸣大大促进了中医理论的发展。其中最具代表性的是刘完素(河间)、李杲(东垣)、张从正(子和)和朱震亨(丹溪)，后世合称为“金元四大家 ”。
刘完素在系统研究《内经》运气学说和病机学说的基础上，形成了以“主火论”为特点的学术思想，倡“六气皆从火化”和“五志过极皆为热甚”之说，认为百病多因于火，治疗疾病以寒凉为主，后世称之为“寒凉派”。刘氏的学术思想和临床经验，为后世温病学说的产生开创了先河。
张子和精研仲景《伤寒论》汗、吐、下三法，认为凡病皆因邪而生，“邪去则正安 ”，故治疗疾病多以汗、吐、下三法攻逐邪实为主，反对滥用补药，后世称之为“攻邪派” “攻下派” 。
李东垣着重研究脾胃元气的理论，提倡“人以元气为本”，“内伤脾胃，百病由生 ”之说，主张治疗疾病以调补脾胃为主，善用益气升阳方药，后世称之为“补土派”(“脾胃学派
”)。另外，李氏还提出了内伤发热的独特见解，认为它既不同于外感发热，又不同于阴虚发热，多因阳气不升，谷气下降，阴火上冲等所致，对中医学术的发展亦颇有影响。
朱震亨集河间、子和、东垣之学，善治杂病，创见颇多。他受理学影响较大，并结合江南地土特点，倡言“阳常有余，阴常不足 ”，认为湿热相火为病，十之八九，治病以滋阴降火为主，后世称之为“养阴派”(“滋阴派 ”)。另外，朱震亨提出了“气血冲和，万病不生，一有拂郁，诸病生焉。故人身诸病，多生于郁 ”的观点;他还认为痰是重要的致病因素，提出“百病多因痰作祟”之说。
金元四家之论，虽各有不同，但都以一定的实践经验为基础，各有发明与创见，从不同的角度充实和发展了中医学理论。
4．明、清时期——综合汇通、深化发展阶段
明、清时期，中医学的发展出现了对前期理论学说进行分析评价、综合汇通的总趋势。在集古代中医基础理论大成的基础上，结合该时期医家的临床经验和哲学研究成果，经过反复探讨，提出了许多创见，使中医理论体系得到进一步的发展。如赵献可、张介宾等致力于探讨生命的本质和原动力，探索调节人体全身脏腑阴阳的枢纽所在，由对《难经》的“左肾右命门说”的争论，发展形成了“命门学说 ”，为藏象学说增添了新的内容，为调整阴阳提供了理论依据及具体的治疗方法。李中梓则在前人对脏腑认识的基础上，提出了“肾为先天本，脾为后天本”的论断。
明、清时期对外感热病的认识，在前人的基础上进一步深化。明 ·吴又可通过细致的观察和反复实践，撰成《温疫论》，提出“温疫”的病源“非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所成”，其传染途径是从口鼻吸受，确立了感染“戾气”为传染病发病主因的新观点。清代叶天士、吴鞠通等温病学家，在临床实践的基础上，创立了卫气营血和三焦的温病病机传变规律及其辨证论治方法，促使温病学说日趋成熟，成为在病因、病机传变、辨证论治等方面自成体系的一门学科。
此外，清代王清任重视解剖，改正了前人有关“内景图说”中的人体解剖方面的错误，著成《医林改错》，并致力于人体气血运行的研究，发展了瘀血致病的理论，倡导活血化瘀的治法，对中医理论的发展也作出了重要贡献。辨证施治(或辨证论治)常被看作中医学的特点之一，其思想早在《黄帝内经》中已有充分体现，并为后世历代医家所遵循，但作为专门术语，辨证施治则为明代周之斡《慎斋遗书》所倡，辨证论治则为清代章楠在《医门棒喝》中所提出。
5．近代与现代——系统化、多元化、理性化阶段
近代与现代，随着社会制度的变更，西方科学技术及思想文化的传入，以及中国传统哲学思想的几近中断，中医学的发展呈现出新的趋势：一方面继续收集和整理前人的学术成果;另一方面积极吸收采纳现代科学包括西医学的成果，走向中西医结合与多学科研究的道路。中医理论的发展表现出三方面的趋势：第一，通过现代医学家的研究、疏理而更加系统、规范，成书于 20世纪 80年代的全国统编教材《中医基础理论》即为其标志与起点。第二，用哲学、控制论、信息论、系统论、心理学，以及包括现代医学在内的现代科学技术等多学科方法研究中医，使中医理论体系得到很快的发展，如姜春华等《肾的研究》、金益强等《中医肝脏象现代研究与临床》、危北海等《中医脾胃学说应用研究》、王米渠《中医心理学》、匡调元《中医体质病理学》、孟竞壁等《十四经脉显像探秘：卫行脉外小分子循经运输通道系统的研究》、雷顺群等《内经多学科研究》等等，可谓其代表。第三，从哲学及科学方法论的角度，对中医理论的研究及其在中医学科发展中的地位，不断反思，正确认识中医理论经验科学与人文科学相结合的性质，区分中医理论的实证和非实证两种类型，以正确选择中医理论的研究方向和方法，使中医理论的研究逐步从解释、证实性研究过渡到主体创新性研究。
