野生石斛在自然条件下，根上共生着根菌，也称根际微生物，属真菌类。在石斛生长发育中由根菌固定空气中的氮，分解附主上的动植物残体来繁殖自身，菌丝伸到石斛根部死亡分解出石斛所需的营养物质供之生长发育，而不是直接从附主上吸收养分。
根菌是石斛不可缺少的因素之一，类似豆科作物的根瘤菌。另外石斛种子的萌发需根菌提供营养，没根菌的存在种子不能萌发成苗。根菌生长发育同样需要氮、磷、钾、钙、铁、硫、硼、锌、铜、钼、钴、锰等多种营养元素，为根菌提供的营养就越丰富。另外石斛除与根菌共生获得营养物质外，对肥料的吸收是低离子浓度吸收，这是与地生植物不同的另一特性"低离子浓度吸收性"。
