经络不仅在人体生理功能上有重要作用，而且是临床上说明病理变化，指导辨证归经和针灸治疗的重要理论依据，故《灵枢·经脉》说：“经脉者，所以能决死生，处百病，调虚实，不可不通。”
说明病理变化
在正虚邪盛的情况下，经络又是病邪传注的途径。当体表受到病邪侵袭时，可通过经络由表及里，由浅入深。如外邪侵袭肌表，初见发热、恶寒、头痛身疼等症，由于肺合皮毛，外邪循经内舍于肺，继而可见咳嗽、喘促、胸闷、胸痛等肺的病症。
《素问·缪刺论》说：“夫邪之客于形也，必先舍于皮毛，留而不去，入舍于孙脉，留而不去，入舍于络脉，留而不去，入舍于经脉，内连五脏，散于肠胃。”指出了经络是外邪从皮毛腠理内传于脏腑的传变途径。此外，经络也是脏腑之间，脏腑与体表组织器官之间病变相互影响的渠道。例如，心移热于小肠，肝病影响到胃，胃病影响到脾等，这是脏腑病变通过经络传注而相互影响的结果。内脏病变又可通过经络反应到体表组织器官，如肝病胁痛，肾病腰痛，心火上炎可致舌部生疮，大肠、胃腑有热可致牙龈肿痛等等。都说明经络是病邪传注的途径。
指导辨证归经
由于经络有一定的循行部位和脏腑络属，它可以反映所属脏腑的病证，因而在临床上，就可以根据疾病所出现的症状，结合经络循行的部位及所联系的脏腑，作为辨证归经的依据。例如，头痛一症，即可根据经脉在头部的循行分布而辨别，其痛在前额者多与阳明经有关，痛在两侧者多与少阳经有关，痛在颈项者多与太阳经有关，痛在巅顶者与厥阴经有关。又如胁肋与少腹是肝经所过，故两胁疼痛或少腹痛，多与肝经有关。此外，某些疾病的过程中常发现在经络循行通道上，或在经气聚集的某些穴位上，有明显的压痛、结节、条索状等反应物，和皮肤形态变化，皮肤温度，电阻改变等，也有助于对疾病的诊断。如肠痈患者，有时在足阳明胃经的上巨虚出现压痛；长期消化不良的病人，有时可在脾俞穴见到异常变化。临床上采用循经诊察，扪穴诊察，经络电测定等方法检查有关经络、腧穴的变化，可作诊断参考。
指导针灸治疗
针灸治病是通过刺灸腧穴，以疏通经气，恢复调节人体脏腑气血的功能，从而达到治病的目的。针灸选穴，一般是在明确辨证的基础上，除选用的局部腧穴外，通常以循经取穴为主，即某一经络或脏腑有病，便选用该经或该脏腑的所属经络或相应经脉的远部腧穴来治疗。《四总穴歌》所说：“肚腹三里留，腰背委中求，头项寻列缺，面口合谷收”，就是循经取穴的很好说明，临床应用非常广泛。
