咖啡可以消除疲劳。要消除疲劳，必须补充营养、休息与睡眠、促进代谢功能，而咖啡则具有这些功能。
咖啡对皮肤有益处。咖啡可以促进代谢机能，活络消化器官，对便秘有很大功效。使用咖啡粉洗澡是一种温热疗法，有减肥的作用。
咖啡对情绪的影响力。实验表明，一般人一天吸收300毫克（约3杯煮泡咖啡）的咖啡因，对一个人的机警和情绪会带来良好的影响。
一日三杯咖啡可预防胆结石。对于含咖啡因的咖啡，能刺激胆囊收缩，并减少胆汁内容易形成胆结石的胆固醇，最新美国哈佛大学研究人员发现，每天喝两到三杯咖啡的男性，得胆结石的机率低于40%。
咖啡因会刺激交感神经，刺激胃肠分泌胃酸，促进化、防止胃胀、胃下垂，及促进肠胃激素、蠕动激素，使快速通使。
研究人员发现，喝咖啡可以减少更年期过后的妇女罹患Ⅱ型糖尿病的几率，每天饮用6杯咖啡的妇女，比每天饮用不到6杯，或者甚至一口都不喝的妇女，患Ⅱ型糖尿病的几率少了22%，而且常喝低咖啡因的人，患病几率降低33%。所谓的Ⅱ型糖尿病是最普遍的糖尿病类型，95%的糖尿病患者都是属于Ⅱ型糖尿病患者，而且病发高峰期在40岁到55岁之间，肥胖也有可能导致提早发病。研究人员分析，可能是咖啡里面含有特殊的化学成分能有效降低血糖。不过已经有糖尿病专科医师对这份研究的说法提出质疑，认为糖尿病的形成原因很多，喝咖啡对致病的影响还需要更详细的研究。
咖啡因会促进交感神经，抑制副交感神经，避免副交感神经兴奋而发作气喘病。
咖啡所含的亚油酸，有溶血及阻止血栓形成，增强血管收缩，促进血液循环，缓解血管扩张的头痛，尤其是偏头痛。另促进静脉回流，有润泽肌肤，使肌表恢复弹性，预防心血管疾病。
咖啡受争议的另一个焦点是“上瘾”。英国研究发现，对中枢神经系统来说，咖啡因是一种刺激物，经常喝咖啡，身体可能产生轻度依赖，如果突然不喝，会出现头疼、疲劳、焦虑和注意力无法集中等症状。但这些症状持续几天就会消失，不会像其他药物一样有成瘾危险，不会对身体和精神健康造成伤害。
咖啡可增加高密度胆固醇，加速代谢坏的胆固醇，减少冠状动脉粥样化、降低中风机率。
还有人认为咖啡是骨质流失的罪魁祸首。然而，人体中大约含有1100克钙，其中99%沉积在骨骼和牙齿中，因此不会因为喝咖啡利尿而减少骨钙量。
