药酒一定要密封保存，防止酒精挥发，也防止细菌滋生。酒瓶要用密螺纹的盖子，或是用磨砂塞子。对于用坛子泡药酒，则要对坛子进行泥封，开封后，则要用密封膜封口。
对于那些不需要滤出药渣的药酒，平时取用后，要注意加酒，保持药材泡在酒里，否则，药材容易腐烂或是粥化，影响药酒味道和品质。
一些需要避光的药材泡制的药酒，需要用不透光的坛子或是瓶子等容器保存。如果是用玻璃瓶或是玻璃罐等透明容器保存，则要把药酒保存在暗室处，避免阳光直射。
药酒的质量和保质期受储存环境温度影响比较大，环境的温差大会导致药酒加速变质，因此，药酒要存放在温度比较稳定的环境里，避免环境温度频繁剧烈变动，温度不能偏低也不能过高。
