这个得看具体情况。有些金针菇种植环境比较好，生长得比较稀松，根部夹杂的污渍相对较少，这种金针菇切掉根部较硬的、颜色较深的即可。而生长比较紧密的那种金针菇可能需要多切点，切除2~4cm左右，总之，切得程度以切完后金针菇能自己散开为最佳。
首先，金针菇的根部不是很干净，容易夹杂一些异物和脏东西，有很多未清除干净的腐木和泥土，尤其是菌基中的黑色物质，很难清洗掉，所以，在洗金针菇之前要先将金针菇的根切掉。
再说，就算能保证洗干净根部，而金针菇的根部容易木质化，不容易咀嚼，难消化。所以一般也是不建议吃的。所以，买的时候这段根部越少越好,说明也更新鲜些。
当然，洗干净的话，吃了也没关系的，根没有毒的。
直接切的话，会把泥弄得四处都是的。因此建议把有泥巴的根部放在包装袋内。接着先别翻开包装袋，用手握住装有金针菇的袋子，将金针菇底部连着塑料袋一起切开。这样一来，下半局部的包装袋会包裹住那些泥巴，从而不会造成污染。
小贴士
金针菇差不多都是人工培育的，是在沙土和培养基上长的，因而根上有很多沙,所以要先把根部切掉。但是。也有一些是采用新技术培育的，可能看不到带根的金针菇了，而且采摘的过程中，根部很容易折断，清洗后，如果没有泥沙，就可以食用了，可能没必要切掉什么根部了。
