元丰二年（公元1079年）三月，苏轼由徐州调任湖州。为此，他依照旧例，给皇帝写了《湖州谢上表》，意思大概是说作为人臣，我实在没有什么政绩可言，但是皇恩浩荡，还是继续任用着我。也许是文人意气使然，总想调侃两句，在后面，苏轼夹了几句话：“陛下知其愚不适时，难以追陪新进；察其老不生事，或能牧养小民。”因为客观环境限制，古人写文章的时候，在遣词造句上总是十分小心谨慎，力求既能表辞达意，又要说清本意。加上文人每天的主业就是摆弄这些文字，本来对文字就比较敏感，何况苏东坡是大文人，写词、作文原本就十分讲究，每个字、每句话有的放矢；那时的读者对此也已经习以为常，因此本能地想要在字里行间搜寻出表面文字背后掩盖着的深刻含义。当时还有一些深刻的社会背景，也使苏轼这两句话引起了某些御史（御史，也就是相当于现在的中央纪检委委员）们的高度关注。当时，正值王安石变法，变法派和保守派斗争十分激烈，保守派认为变法派无事“生事”；“新进”则是指王安石引荐的个别品质低下的变法派新人。于是，“新进”、“生事”这些原本很稀松平常的字眼，这时就被大家注入了一种深刻的内涵，几乎就成了保守派对变法派攻击的专有名词。这年六月，一个监察御史摘引“新进”、“生事”等词语，以“愚弄朝廷，妄自尊大”提请整个御史台弹劾苏轼。
当然，如果单单凭借《湖州谢上表》里的一两句话，就认为苏轼“愚弄朝廷，妄自尊大”或许有点牵强附会。可恰在这时，苏东坡的一本《元丰续填苏子瞻学士钱塘集》也适时出版了，这就给御史台那些新进急需表现的新人提供了一个绝佳良机。他们经过四个月的钻研，终于找出了苏轼很多首诗作里许多“犯忌讳”的词句，上奏朝廷，称苏轼“包藏祸心，怨望其上，讪渎谩骂。”这个消息是苏轼的好友、驸马王诜悄悄告诉了苏轼的弟弟苏辙，苏轼后又派人给湖州任上的哥哥苏轼传递过去的。
苏轼在湖州得到消息以后慌做一团，整个太守府上下人等乱成一片；家人听说此事后，直接把苏轼与朋友的来往书信、手稿全部烧毁了；据说，苏轼当时还打算自杀，被属下通判劝住。就在这时，皇上派来的钦差急急忙忙赶到了。皇上是以一份普通文书传唤苏轼进京的。文书是普通文书，内容也波澜不惊。但是，这并不能证明什么。从古至今，许多惊涛骇浪就是以最高统治者的一纸普通文书，或者是以很平和的语言召唤开始的。而现实总是让你猝不及防，结尾也定然会让你刻骨铭心、心有余悸。苏轼尽管算不上一个杰出政治家，但毕竟出身官宦，又在官场浸淫多年，他不会不懂得这个道理。
果然，苏轼一进京，就立刻被逮捕了。从当年八月到十月，御史台审了苏轼将近三个月，也在苏轼许多词作里找到了大量对他不利的证据，苏轼也写了数万字的交代材料，也承认了他对新政不满。御史台由此认定他诽谤新政事实成立，证据确凿，罪名清楚。如果按照御史台的意见，那苏轼将必死无疑。接下来发生什么，我们也可以想得到：抄家灭门，诗词书稿全部焚毁，苏洵、苏轼、苏辙“三苏”或许只在历史上有过些许痕迹，就像有些游人在某地留下“到此一游”的痕迹，更像黑黢黢的夜空上的流星从天际划过坠落一样，但他们的锦绣文章绝对不可能流传下来------特别是苏轼所写的那些妙趣横生的文字，我们后世恐怕再也看不到了！
好在宋太祖赵匡胤立国之初，就早有誓约：“除叛逆谋反罪外，一概不杀大臣。”也好在宋神宗皇帝也不是一个昏君，加之苏轼本来就是一个不知深浅、胡言乱语的文人。
不过，这里有一个相关背景必须交代一下。那就是当时北宋朝廷已经国库空虚，入不敷出，摇摇欲坠，边境告急文书雪片似的摆在神宗皇帝书案上。但朝廷实在没有银子支撑军费，没有能力派兵扫除边患。如果不改革旧的体制，任由这种现状发展下去，北宋朝廷用不了多久，就得吹灯拔蜡。因此，只要多少有点脑子的人就应该知道，改革变法是必须进行的。不变法，就是在等死。这就是当时从上到下所有有识之士的一个共识：公开反对变法，就如同谋逆。既然是谋逆，那就是死罪。因此，假如苏轼罪名成立，不仅苏轼性命难保，即使整个苏氏家族，也将面临灭族之灾。情况十分危急！就在宋神宗皇帝犹豫不决，想着该怎么处理这个不识趣、尽找麻烦的苏轼的时候，具有讽刺意义的是，苏轼文字中曾经讥讽过的那些人全都给他说好话，劝诫神宗皇帝念他只是一介书生，口不择言，意气用事，放过苏轼。宰相吴充直言：“陛下一直效法尧舜的大度，认为魏武帝曹操猜忌偏执，但是，就连曹操那么喜欢猜忌的人，最后还能容得下骂他的祢衡，陛下难道就不能容忍一介狂妄书生苏轼吗？”已经罢相退居金陵安置的王安石，也上书神宗皇帝：“哪有圣世妄杀高才之士的道理呢？”让人觉得更加好笑的是，苏轼口中所贬损的“新进”之人章惇，也为苏轼说尽了好话。章惇为了营救曾经是好友，穿一条裤子都嫌肥、但由于政见不同这时已经不怎么来往的苏轼，在朝堂上不惜和非要致苏轼于死地的宰相王硅撕破脸皮，对着神宗皇帝，对着满朝文武大吵了一顿。
在“乌台诗案”里，苏轼贬损的本来就是王安石变法中所用的那些“新进”的“生事”者，既然这些人都认为苏轼罪不至死，神宗皇帝自然也不想把事情闹大，便顺水推舟，赦免了苏轼的死罪。但作为一个臣子，对朝廷推行的新法，所用新人，胡言乱语，活罪自然是逃不掉的。至此，吵吵闹闹、沸沸扬扬几个月的“乌台诗案”宣告结束。十二月，苏轼被贬往黄州，充团练副使，大概相当于现在的县政府武装部副部长，但对他有两个要求，一是限制人身自由，二是不能签署公文。不像人们以前认为的只是个闲职。其实，就和现在所说的“限制居住，不得离开住地，随时听后传唤”差不多。所不同的是，没有开除公职，薪水还有，也承认你还是个政府官员。“乌台诗案”也有几个被牵连的。驸马王诜和苏轼关系极好，得到消息后，如热锅上的蚂蚁。他本来是要给苏轼告密的，因无法离开京城，便先秘密通知了苏轼的弟弟苏澈。苏辙转而派人快马加鞭告诉了哥哥苏轼。因此，驸马王诜因泄露机密给苏轼，且平常宠妾压妻，被消除了一切官爵。其次是王巩、苏辙，都得到了降职处理。
回过头再解释一下，为什么叫“乌台诗案”呢？其实很简单，乌台，就是指御史台。后世有很多人说，这纯粹就是一桩冤案，文人写一些东西，对时政评说一番，有什么错？其实，什么事都不是绝对的。从苏轼的立场上看，御史台的做法的确有点吹毛求疵。但是，如果我们站在御史台的角度来说，他们的工作职责，本来就是找“茬儿”的。如果不找“茬儿”，御史台也就失去了它存在的意义。看看现在的所有职能部门，如果都能像古代御史台的御史们那样，每天勤勤恳恳找“茬儿”，不辞劳苦地挑毛病，何至于社会上有那么多的腐败和丑恶现象发生呢？何况，当时的北宋王朝积贫积弱，急需改革。不改革，那就是死路一条。因此，赞成惩罚苏轼的人也有，而且他们的理由似乎更充分，更有道理。改革是北宋当时的主流。苏轼诋毁、讥讽王安石变法改革，就是与主流唱反调，就是和滚滚向前的历史潮流作对。从这个意义上说，苏轼的确应该受到处罚。就好比我们上世纪七八十年代的改革。改革是必要的，这是前提。具体到怎么改，如何改，那就是仁者见仁、智者见智的事情了。但如果你假如明知改革属于不得已，但又反对改革，那就是逆历史车轮而动，必然会走一次苏轼老先生曾经走过的老路。不是吗？
