1935年，林育英回国，在瓦窑堡会议后，毛泽东就林育英今后的工作问题与他作了一次长谈。林育英对毛泽东说：“共产国际七大的精神，我已传达了。党与共产国际的联系也畅通了，我的任务已经完成。现在，请求中央给我分配工作。我是共产党员，中央让我做什么工作，我都乐意。”毛泽东对林育英说，目前有两件大事需要做：一是党的白区工作没有负责人，而这项工作在当前又特别重要，希望他将中央白区工作委员会书记一职担当起来；另一件事，则是帮助解决中央和红军领导人的团结问题。接着，毛泽东介绍了张国焘长征途中率左路军南下的错误行径。说到这里，毛泽东忧心忡忡地说：“特别严重的是，10月5日，张国焘不顾朱德、徐向前等人的反对，公然另立中央，自任主席，走上分裂党、分裂红军、破坏革命的 道路。目前，左路军指战员的处境十分危险，要想办法将他们拉回来。你现在回来了，以共产国际代表的身份，配合我们做工作，力争左路军早日回来。”毛泽东接着说：“目前，张国焘与我和闻天、恩来的关系都很僵，我们发电去，他听不进去。朱德、徐向前等同志在那里很为难，也很吃力。张国焘比较相信共产国际，正好你又是共产国际派回来的，你以共产国际代表的身份做工作，他有可能听。”
林育英感到毛泽东交给的这个任务很重。但为了党的事业，自己应尽力帮助中央和毛泽东多做工作，以维护党和红军的团结。他对毛泽东说：“这样吧，我尽力配合你和中央做工作。”当时，中央办公厅安排林育英住在张闻天、刘英夫妇的隔壁。张闻天也找林育英谈过几次话，希望他全力配合中央做争取张国焘的工作。
12月5日，张国焘公然致电中共中央，称他已成立“中央”、“中央政府”、“中央军委”，要陕北的中共中央改称“北方局”。林育英看到这封电报，气愤地说：“不知天高地厚，什么东西!”
1936年1月16日，林育英根据毛泽东、张闻天的意见，以共产国际代表的名义，给张国焘发去一份电报。电文中说他奉共产国际委派，回国解决红军一、四方面军发生的分歧，并带有共产国际七大对中国问题的意见和密码，可与共产国际通电。收到了林育英的电报后，张国焘仍不愿带部队北上，因为他已另立“中央”；如果北上，则被他称为“北方局”的又要领导他这个“中央”了。中共中央不见张国焘回电，又给他发了电报，令他取消“中央”。1月22日，中共中央召开了政治局会议，林育英出席了会议。这次会议专门讨论张国焘分裂党、危害红军的问题。与会的同志对张国焘的反党行为极为愤慨，纷纷发言谴责张国焘。
为配合中共中央作出的这个决定，毛泽东、张闻天又建议林育英给张国焘、朱德发去了《共产国际完全同意中共中央路线，张国焘处可成立西南局》的电报：国焘、朱德二同志：甲，共产国际完全同意中国共产党中央的政治路线，并认为中国共产党在共产国际队伍中，除联共外是属于第一位的。中国革命已成为世界革命的伟大因素，中国红军在世界上有很高的地位，中央红军的万里长征是胜利的。乙，兄处可即成立西南局，直属代表团，兄等对中央的原则争论，可提交共产国际解决。——林育英1月24日。
同日，张闻天也致电张国焘，表示张国焘处可成立西南局，直属国际代表团，暂时与党中央发生横的关系。张国焘看到电报，心里颇不是滋味。林育英的电报肯定了中共中央的政治路线是正确的，就意味着张国焘的主张和做法是错误的。从心里讲，张国焘很难接受林育英的这封电报。只是由于林育英的电报中说了共产国际“完全同意中共中央的政治路线”，他才不得不考虑林育英的意见。他若再一意孤行，带部队南下，就要背“违背共产国际指示”的罪名。与此同时，在朱德等人的斗争下，张国焘的南下计划受阻。过了几天，张国焘连续给林育英发了3封电报。在这3封电报中，张国焘的气焰没有先前那么嚣张了。这一时期，林育英或单独或与毛泽东、张闻天、周恩来等联名给张国焘等人发电报，要求取消“中央”，尽快率部队北上。张国焘此时的心情很复杂——政治上，毛泽东得到了林育英这个共产国际代表的支持，他们根据共产国际七大精神制定的抗日民族统一战线政策深得人心；左路军南下作战接连失利，形势日益紧张；就连一贯支持他的红四方面军政委陈昌浩，也开始反对他。
2月14日，林育英、张闻天致电张国焘，对南下红军的战略提出了3个行动方案：第一，北上陕甘;第二，就地发展;第三，南下转战。林、张二人指出：中央认为，第一方案为上策。这样，张国焘被迫取消了“中央”，并同意北上。
8月3日、9月3日，林育英与毛泽东、张闻天、周恩来、博古又联名给张国焘发电，欢迎他率领部队前来会师，并指出“注重目前团结，过去的争论一概不谈”。9月27日，张国焘、朱德、徐向前、陈昌浩联名致电林育英、张闻天、毛泽东，表示尊重共产国际和中央的指示、意见，决不再改变。
10月19日，林育英从保安启程，代表中共中央到宁夏同心城迎接红军二、四方面军。经过几天的急行军，红二、四方面军于11月3日抵达同心城。林育英在关桥堡会见了张国焘、朱德，并在红四方面军活动分子会议上作了报告，向广大干部介绍了党中央制定抗日民族统一战线政策的伟大意义。又过了几天，张国焘回到保安。根据中央的指示，林育英又赶到保安，代表中央找他谈话，做他的思想工作，希望他能认识自己的错误。随后，林育英与张国焘一同回到瓦窑堡。在以后的一段时间里，林育英又多次找张国焘谈话、做工作。
