中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《关于加强中国特色新型智库建设的意见》，并要求各地区各部门结合实际认真贯彻执行，这标志着新型智库建设已经从高层部署进入到了实践操作层面。但现行制度体系中还有许多空白，亟须作出相应规范和补充，以进一步推进新型智库建设。
应尽快建立健全决策咨询制度。现代决策对专业性、系统性、科学性、准确性的要求日益提高，作为行政主体的政府，其背后必须有一支专业性极强的专家队伍为其决策提供咨询支持。西方发达国家对各类智库一般都有比较成熟的法律保障体系，如美国，明确规定咨询是政府决策过程中的法定程序，政府项目无论是论证、运作，还是绩效评估，各个阶段都要有不同的咨询报告作为支撑。在目前我国尚未立法的情况下，政府应该先行一步，率先在制度层面将决策咨询纳入决策过程。也就是说，要将咨询支持作为决策体系必不可少的一个环节，纳入政府的制度性安排，形成制度性的政策咨询“需求市场”，由此使智库的“谋”和政府的“断”实现有机的结合。这就需要整合或者撤并有关调研机构的职能，进一步强化体制内外各级各类智库的研究力量和咨政功能。政府部门可将专业性、技术性较强的决策论证工作交由具备资质的相关智库来完成，政府只负责选取最优化的方案，然后以行政力量加以实施。目前美国政府的很多重大决策，都是直接选择智库机构的研究成果，对于特别重要的事项，政府会同时购买几家机构的成果进行比较鉴别，白宫的决策在很大程度实际上是总统等部门的选择而不是自主决断。借鉴上述做法，建议国务院先出台法规，明确规定将决策咨询纳入决策制度程序，固定在每年的某一时期，由政策研究部门发布招标课题，中标的智库必须在规定时间内完成咨政报告，由此使政府与民间智库之间建立起决策咨询服务的委托方与受托方的合作伙伴关系，政府购买成果，智库有偿服务，从而实现“谋”与“断”既相互“分离”，又有机结合，保证建言献策渠道的正规化、常态化、多元化和动态化。
调整和完善科研成果认定制度。“政府购买成果，智库有偿服务”的机制建立以后，如何对智库的成果进行评鉴成为一种制度性制约。目前由中宣部社科规划部门和各部委发布的课题主要通过高端发表和领导肯定性批示两种方式进行结项。但某些地方性咨政成果往往又会因强烈的地域性特点难以实现高端发表，由此使领导肯定性批示成为课题尤其是委托课题结项的唯一方式。那么，除领导批示之外，进入领导讲话、纳入政策制定或者只是给有关部门提供了某种启发算不算进入决策？答案当然是肯定的。但由此出现的问题是，评鉴的主体是谁？是讲话的领导，还是起草讲话、制定政策的研究部门？还是除此之外的第三方主体？评鉴程序该如何启动？资金的拨付机制又该如何运转？这一切都需要新的制度设计。
调整和完善课题申报制度。智库的研究经费来源对其思想倾向和决策咨询服务质量产生重大影响，因此许多西方国家都非常重视对智库提供财政支持。比如，美国政府设置的国家科学基金会每年掌握着十几亿美元的资金专门用于资助各种智库，英国政府是本国智库三分之一业务的雇主。目前，我国各级各类智库多是官方和半官方的附属型智库，其研究经费主要来源于政府的财政拨款，由此产生两大负面效应，一是智库等、靠、要现象严重，积极性、进取心不足；二是滋生走关系、走后门等不正之风。这就需要调整和完善课题发布制度，以“课题招标”等竞争性方式取代“内定”或“任务”分配方式，使各级各类智库能平等地参与到决策咨询服务活动之中。同时设立民间智库发展专项基金，对有突出贡献的民间智库给予一定的资助，促进其成长为我国智库领域的重要力量。
调整和完善科研成果评价制度。中办、国办在《关于加强中国特色新型智库建设的意见》中指出：“支持中央党校、国家行政学院把建设中国特色新型智库纳入事业发展总体规划，推动教学培训、科学研究与决策咨询相互促进、协同发展，在决策咨询方面发挥更大作用。地方社科院、党校行政学院要着力为地方党委和政府决策服务，有条件的要为中央有关部门提供决策咨询服务。”这预示着下一步地方智库的目标定位和科研成果的评价机制也必须进行重大调整。目前全国党校系统、国家行政学院系统教研人员的年终考核、职称评定制度中所认定的高端成果，多以理论性、学术性为主要评价指标，通常以发表论文或者出版著作的期刊或出版社的档次来度量。体现针对性、务实性、可操作性特征的咨政类成果，赋分标准和激励力度相对弱于理论性和学术性成果。这就需要党委、政府各级考核部门以及党校、行政学院系统进一步加快相关制度改革，出台新的实施细则，为推进各级各类智库建设提供保障。
