建设创新型国家，科技人才是基础。目前科研经费管理中，少数人掌握着科技立项的决定权，由此衍生出的权力寻租空间，导致科研腐败现象层出不穷。一些科研人员忙于拉关系、跑项目，重申报，轻研究，甚至把课题当成“圈钱”的手段。
权力寻租导致腐败
近年来，我国投入以每年超过20%的幅度增加，但科研创新活力、科研产出效率却不尽如人意，科技领域仍未取得突破性进展。
目前管理科研经费的部门主要有发改委、科技部、教育部等相关部委，我国科研经费的主体由各部委的大项目构成，而科技立项，有的领导人会参与选择科技课题，部分行政人员能按自己的意愿来选择专家，部委的专家甚至会参与超越其专业范围的评审。也就是说，少数人对科技立项有实质性决定权，由此衍生的权力寻租空间，造成了科技界“大项目不审，中项目小审，小项目大审”的怪现象。
人际政治破坏了科研经费的合理分配，科研经费分配不公导致科研产出率的低下。现在，在大学和科研单位，最牛的人是能拿到科研项目的，也就是说能搞到钱的人。搞不到项目和钱，科研水平再高也是白搭；能搞到项目和钱，什么都不做甚至没有科研人员也没有关系，可以承包下去。
学术腐败和权力腐败结合十分可怕。科研投入的不合理，使科研人员忙于拉关系、跑项目，重申报，轻研究，一些科研人员甚至把课题当成“圈钱”的手段，申报项目时轰轰烈烈，结题时草草收场。并且科学界“赢者通吃”的规制在中国文化中更容易被放大：某一领域的知名科学家往往成为众多领域的专家，各类相关项目会蜂拥而至。造成的结果就是研究经费分配不均衡，过度集中在部分科学家手中。
创新活力被伤害
近年来，因挪用、贪污科研经费而“落马”的专家学者不在少数。一条鱼病了，可能是鱼的问题；生病的鱼越来越多，那就是水的问题。可见，要么是我国科研经费使用制度出了问题，要么是科研人员薪酬分配制度出现了问题。
我国科研经费使用政策不符合客观实际，是一个突出的问题。在各种科研经费管理制度中，预算开支范围只列明了“劳务费”“专家咨询费”两项酬金性支出，这两项支出均不允许支付给包括课题负责人在内的整个有工资性收入的科研团队成员，这使得在工作一线的科研人员不能获得相应的补偿，导致科研人员铤而走险，通过开具虚假发票、编造虚假合同、编制虚假账目和虚构科研项目支出等手段套现，甚至挪用科研项目经费。
此外，我国事业单位长期实行的是低工资政策，教师和科研人员的薪酬并没有完全体现他们的价值，而是由所在单位财政拨款和创收能力来决定。科研人员的基本工资由单位统一发放，而绩效工资则来源于各种课题经费。科研人员的基本工资太低，大部分绩效性收入来源于课题，而课题成本中却没有这一部分开支，导致大家想方设法造假，科研领域出现一种“普遍做假、被逼做假、制度做假”现象，使得科研岗位也成了风险岗位。最终的结果是：要么科研人员违规作假，要么大家不再想做课题。这是科研人员目前最大的困惑。
知识产权因素在高层次创新型科技人才的分配体现不足。但是，目前科研人员绝大多数在事业单位，尤其是中青年科研人才处于最佳创新期，这一部分科研人员对薪酬制度的满意度普遍偏低，直接导致了创新活力的不足，创新效率的低下。同时，知识产权政策是科研人员最关注的激励政策，这一政策满意度偏低直接影响到科研人员创新动力不足。
经费分配体制亟待改革
针对我国科研经费分配和管理中的问题，借鉴国际的经验和做法，可从如下几个方面完善科研经费分配和管理制度：
一是坚持市场化配置资源的改革方向，让科研项目源头更多来源于企业。现行的科研体制基本属于集中管理型，即由上级科技主管部门划定申报范围，科研单位选题时只能是向申报指南靠拢，科研项目不是来自市场需求，往往造成研究出来的成果无人问津。美国的一项调查表明，在567个成功的技术创新项目中，有426个源于企业需求。企业是科研项目的不竭源头，一个好的企业也一定是科技创新的佼佼者。
二是建立科研机构、项目管理机构和科技计划的绩效问责机制。目前，我国对科技人员的考核主要是看申报立项、项目经费、鉴定成果、论文论著等方面，而很少关注鉴定后的成果到哪里去了，是束之高阁还是进入了市场。要逐步建立对各类科研机构、项目管理机构和科技计划的常态化、制度化的评价体系，优化配置经济资源，通过产出科技成果考评机制和市场竞争机制来促进资源的合理利用，以避免重复投入和闲置浪费，提高财政资金的使用效益。
三是整合部门之间科研资源。科学是以培养人为主的，所以科技发达国家多数都是科技和教育部门合在一起的。这些年出现了很多项目、计划、专项，这些项目、计划、专项越多，部委的权力就越大。现在所有人都说我们国家的科研经费分配体制出现了大的问题，但是没有一个部委愿意出面发起改革。科技管理体系要从国家需求、科学规律出发，不能光站在部委的层面考虑问题。应加强不同部门项目之间的协调，减少项目的重复配置。逐步建立统一的项目数据库，并适时向公众开放，接受公众监督。
四是向年轻的科技人员倾斜，克服同行评议中的“马太效应”。同行评议最大的弊端是不利于年轻人脱颖而出，而年轻人恰恰又是科研第一线上最活跃、最具创造力的骨干力量。目前，在项目评审中向年轻人倾斜是克服“名人效应”影响的最好方法之一，美国国家科学基金（NSF）资助对象重点扶植大学及科研机构年轻教师和青年学者成长，既支持从事科研的准备阶段，也支持提高阶段，每年NSF至少要把30%的竞争性研究经费授予新人。
五是加强科学共同体建设，调整评价和激励导向，突出实际贡献。进一步建立健全科研活动行为准则和规范，培育诚信、宽松、自由的学术环境。完善同行评议制度，摒弃数量导向的评价标准。进一步完善重大产出导向的评价体系，建立基于重大产出的资源配置机制。不将承担项目数量和经费体量作为各类人才评选、项目评审和评奖、评优的前提条件。
