我国当前面临的突出问题是结构性问题，包括经济结构、社会结构和区域城乡结构等等。结构性问题从来都是整体性问题，事关国家发展的可持续性和发展的新动力。
结构性改革需要一种整体性思维，针对整体状况推进改革。借用中医学理念，就是基于整体、个性的辨证施治。结构性改革，既不是头痛医头、脚痛医脚的“对症治疗”，也不是有什么病治什么病的“辨病论治”，而是从整体把握问题（病症）产生、形成和演变趋势，抓住本质，并放到特定环境、条件下来辨证施治。问题是现象，不是本质；问题是个性化的，不是普遍性的；结构性问题是整体性的，不是局部性的。结构性改革需要辩证思维。
从整体来看，我国仍是一个发展中国家，仍需要以经济建设为中心。尽管当前经济发展中出现的问题与过去不同，从总量短缺变成了结构性过剩与不足，但从发展经济学来观察，都是结构变迁过程中产生的问题。从农业为主的结构向工业为主的结构转变，而当前正向服务业为主的结构转变。当前的问题是结构变迁中的问题，供给与需求都是结构变迁过程中的表象，其变化形式是多种多样的。供不应求和供过于求，都是结构变迁长河中的浪花，而结构变迁长河的发展趋势，并不是单方面由需求端或者供给端来决定的。从制度经济学来分析，结构变迁与制度变革有内在关联。这从我国改革开放三十多年的历程中可以清晰地看到这一点。从这个意义上说，推动结构变迁的改革，都可以叫做结构性改革。不同的是，过去的结构性改革是基于经济增长，是以市场化为导向的；而现阶段的结构性改革是基于整体发展，包含但不仅限于经济增长，是以国家治理现代化为导向的。这种变化是结构变迁阶段不同而导致的。
我国进入中高收入阶段，人均国民生产总值达到7800美元。结构变迁就像人的成长，这个时候进入青年阶段，不仅仅身体在长，但长得慢了，而且生理、心理、精神各方面都在成长变化，从单一长身体到人整体的成长。我国已经成为世界第二大经济体，世界对我国的影响与我国对世界的影响日益呈现出不对称性的变化。结构变迁随之进入一个深层次，发展的整体性特征越来越明显，社会、文化、生态、环境与经济的关联也随之发生深刻的变化。人长大了，需要强壮的骨骼、成熟的心理和健全的精神来支撑。一个国家的发展也是如此。我国以经济建设为中心的内涵到现阶段也变了，从追求规模转向更注重质量，从追求速度转向更注重效率，从物质财富积累转向精神文化积淀。这意味着我国的结构性改革进入了新阶段。不仅改革的目标不同了，改革的条件、路径也变了，改革的方式也要相应调整。从十八届三中全会确立的改革目标来看，当前的改革实质上是全面深化结构性改革，更加凸显基于整体性的辨证施治，重塑国家治理结构。
结构变迁进入新阶段，发展动力明显减弱了。这是为什么？从历史的角度和整体的视野来观察，其根源是结构性改革没有跟上，发展偏向于经济增长，改革偏向于政策替代，结构变迁所需的改革力量明显不足。这种状况一直延续到2013年底的十八届三中全会。2008年遭遇国际金融危机的冲击，已经暴露出结构变迁缓慢，结构性问题加剧，发展动力减弱，但过于强大的政策刺激把这些都掩盖了，前期政策至今仍在消化，形成了“三期叠加”（速度换挡期、结构调整阵痛期和前期政策消化期）的格局。
十八届三中全会吹响了全面深化结构性改革的号角，确立了新的改革目标，明确了新的改革任务。随着十八届四中全会、五中全会的召开，“四个全面”战略部署的展开，富有新内涵的结构性改革再一次嵌入到我国结构变迁之中，改革之帆重新扬起。但毋庸讳言，改革进入深水区，改革的条件发生了重大变化，改革的难度和复杂性也大大增加，改革空转打滑的现象也未能避免。这给基于整体发展，推动结构变迁的结构性改革平添了更多的不确定性。改革打滑的风险明显增大了。
发展的驱动力来自于结构变迁，即资源配置效率和全要素生产率的提高。而结构变迁的驱动力则来自于结构性改革，从整体看，是国家治理结构的重构，理顺政府与市场、政府与社会、中央与地方的关系；从核心看，是政府治理的改革，向市场、社会和地方进一步分权，在简政的同时，切实解决政府“缺位”和“越位”的问题。当前表现出来的产能过剩、杠杆泡沫、创新不足、效率不高、城镇化滞后，都与政府治理进展缓慢有内在关系。
从我国当前经济运行来观察，面临的主要问题不是总量性矛盾，而是结构性脱节，即供给结构与需求结构之间不匹配。需求结构发生了很大变化，尤其是消费结构快速升级。而我国的供给结构却没能“与时俱进”，供给过剩与供给不足并存。与土木投资相关的生产出现了严重的产能过剩，如钢铁、水泥、平板玻璃、有色金属等等；而与消费相关的生产却是平庸泞滞，创新不足，精品不多，大量消费外流。当前消费外流规模达到1万亿人民币，若考虑教育消费、医疗服务消费、保健消费，则消费外流规模更为惊人。这说明经济运行中的供求关系出现严重的结构性扭曲。
对于这种结构性扭曲，靠“打针吃药”的常规宏观调控手段解决不了，而且有的就是政府自身造成的，如与投资相关的投资品产能过剩，必须是“伤筋动骨”的结构性改革。可惜的是，由于长期受“三驾马车”短期调控理论的误导，一直把重心放在短期刺激政策方面，而基于整体的结构性改革认识不到位。当前经济中的扭曲，只是一个病症，病因在政府与市场、社会以及中央与地方这整个治理结构有问题，核心在政府治理不到位。这只有靠结构性改革才能解决。
提了多年的转方式、调结构，之所以成效不显著，就是结构性改革的力度不够。投资、金融、国资、财税、教育、科技、医疗卫生等方面的体制改革主要靠部门在推动，没有纳入政府与市场、社会以及中央与地方这个国家治理结构当中来通盘考虑，顶层设计不到位，一些基础性制度问题没统一解决，而部门又解决不了，改革有时绕着走，导致经济中的病症不断加重。现在已经到了非解决不可的时候了。
从经济增长到全面发展，新时期的结构变迁已经不局限于经济领域，发展也不只是经济建设，而是“五位一体”。这需要提升整体思维，超越经济思维，树立治理思维。结构性问题可能表现在各个领域，但成因却往往是跨领域的。这需要打破部门分工改革的传统格局，抓住一些基础性制度问题，从国家治理结构整体来考虑，加快结构性改革。
当前，至少有如下基础性制度问题迫切需要纳入结构性改革整体框架之中：
一是产权制度问题。这是政府与市场关系中的一个基本问题。无论公有制，还是私有制，都有产权制度问题。市场经济注重使用、流动和交易，与传统所有制注重占有的观念是根本不同的。所有权退居幕后，产权走到前台，是市场经济条件下公私所有制的共同演变趋势。公有制不存在与市场经济不相容的问题，关键是产权制度的构建。长期受所有权与产权混淆不清的影响，我国产权制度改革长期被误导，要么认为是私有化，要么认为这不是个问题，无须改革。产权制度是市场经济运行的基础，从根本上决定了市场有效配置资源的能力。我国是以公有制为主的国家，产权制度的构建任务十分艰巨。国企国资改革（包括国有金融资产）、生态文明建设、中央与地方之间的产权关系、集体产权制度改革、科教文卫的微观基础构建、公益性投资的鼓励和保护、政府资产负债表的编制，如此等等，都与产权制度关联在一起。作为一项基础性制度，交给任意一个部门都无法解决，竖立其上的各种体制问题任何部门也无法真正推进。
二是事业单位体制问题。事业单位不是经济组织，也不是行政组织，属于政府办的社会公益性组织。显然，这是政府与社会关系中的一个基本问题。这是我国特有的一个问题，是计划经济集权体制的遗产，延续至今，其体制框架一直未变。当前教育体制、科技体制、医疗卫生体制、文化体制等等，都是事业单位体制这一根藤上的果。这根藤是什么样子，这根藤上的果就是什么样子。希望在这根集权体制的藤上结出分权体制的果，是不可能的事情。当前，教科文卫体制改革艰难，难就难在事业单位体制改革没有实质性进展。事业单位体制涉及上述体制的微观基础，也就是事业单位和政府的关系如何定位。这关系到4000万知识精英的积极性如何调动的问题，也关系到党的执政基础。科教兴国、创新驱动、社会活力、民生改善都与此紧密关联。
三是中央与地方的关系问题。我国一个大国，人多地广差异大，两个积极性一个不能缺。从1949年到改革开放，其间也做过多次“放权—收权—放权”的调整。“统一领导，分级管理”，这个原则从计划经济时期到现在一直未变。面对新的结构性改革——重塑国家治理结构，这个原则如何注入新的内涵，是一个基础性体制问题。尤其是全面依法治国的推进，中央干什么，地方干什么，都需要事权法定。从纵向治理结构来看，治理级次与政府管理级次应是两个不同的问题，因为许多公共权力并不能在各级政府之间均匀地划分。从“分级管理”来看，我国是五级管理；从“分级治理”来看，我国是两级治理，国家层面与地方层面。由于缺乏治理理念，国家与地方两个层面的治理难以界分，治理与管理都没有到位，不但导致行政效率难以提升，也使政府与市场、社会的关系难以理顺。如何调动地方、市场和社会的积极性是当前结构性改革面对的新课题。
四是市场、社会管理的制度基础设施。管理制度的有效性依赖于制度基础设施的完善程度，好比一座城市的功能取决于城市地下管廊、公共交通等基础设施。我国制定颁布的法律之所以不少在“睡觉”，原因即在于此。从“法制”到“法治”，制度基础设施是关键。如政府会计制度、政府资产负债表、中期预算、涉税信息系统、人口流动信息系统、征信系统、不动产登记系统、金融工具登记系统、企业及社会组织的登记系统等等，有的还没建立，已经有的也多是条块分割，没有联通，这在很大程度上降低了相关法律、制度的有效性。在制度建设方面，与我国的城市建设有一些类似，对基础设施不够重视，带来了许多系统性问题。市场监管、社会管理的种种缺陷都与此密切相关。
