玉树强震灾难发生之后，全国各地的NGO（民间非政府组织）代表、志愿者在玉树积极配合政府开展救灾，或者开展与自身领域相关的灾后需求调查评估。资源动员能力强的NGO，在后方进行筹款并采购和运输大量急需物资。
其中最为活跃的NGO之一是青海格桑花教育救助会，其网站为"格桑花西部助学网"，其关注重点之一为玉树藏族自治州，非常熟悉当地情况，和当地政府建立很好的关系，其会员遍布全国。有些会员是从东南沿海或其他地方自驾汽车或坐飞机赶到玉树的。
尽管青海地处偏僻，当地各NGO之间也展开合作，密切配合，成立不同的小组协同救灾。例如，青海省民和回族土族自治县残障人士医疗康复保健中心根据专业特点，连夜做出性能价格比比较高而且较为适用的药品清单供青海格桑花教育救助会采购，其他NGO也参照此药品清单采购。随后青海格桑花教育救助会根据前方需求，重新调整药品种类。青海省民和回族土族自治县残障人士医疗康复保健中心又积极联系各资助方，为青海格桑花教育救助会筹款，款项直接打入青海格桑花教育救助会。青海省民和回族土族自治县残障人士医疗康复保健中心编写《进入玉树救灾 谨防高原反应》文章供青海省外NGO参考。做为县级NGO，该机构在灾后1小时便呼吁全国NGO参与救灾并立即成立西宁救灾协调办公室，为各地NGO提供力所能及的帮助，并定期或不定期与各NGO加强沟通。
另外还有青海当地数家少数民族NGO在江源发展促进会倡议下成立了"玉树地震民间行动"。在志愿者资源安排、后勤保障、物资购置、NGO联络、救援信息平台建设、一线资料收集、与政府协调、中心内部协调等方面完成架构，落实责任人，投入工作。资金和物资近100万元。
NGO备灾中心联合四川5·12民间救助服务中心已于第一时间成立4·14玉树地震四川救援办公室，成员有成都市众诚农业减灾信息咨询中心、攀枝花社区发展研究中心、都江堰市火凤凰社会工作服务中心、四川社科院志愿者团队、北京市西部阳光农村发展基金会、青海省民和回族土族自治县残障人士医疗康复保健中心等多家NGO。NGO备灾中心带着帐篷、药品、食品、棉被、妇女用品、奶粉等物资从四川石渠县进入玉树，在相对偏僻的隆宝镇发放。
支持NGO在灾区积极开展公益活动的南都公益基金会，于4月15日就对玉树地震做出紧急响应，开辟资助申请绿色通道，接受多家NGO来电来信询问，并主动联系青海当地及甘肃和陕西的NGO，表示救灾和重建项目资助意向。四川NGO备灾中心物资运输由该基金会提供。该基金会还资助自然之友、天下溪等北京的NGO赴玉树开展抗震救灾。青海省民和回族土族自治县和青海省格桑花教育救助会也申请到物资运输和志愿者交通费用19300元。泓德中育教育机构也获得南都公益基金会5万元资助，并发动国内50到100名大学生汇同中国社工协会组织志愿者深入灾区开展救灾重建。南都公益基金会正在处理"乐平心理咨询中心和民和残障人士医疗康复保健中心一线和后勤费用申请项目建议书"和青海省社工协会提交的"玉树县老年儿童福利机构受灾情况及需求调查"项目。该基金会副理事长兼秘书长徐永光先生是著名的"希望工程"的主要创始人，他表示将加强对青海当地NGO的支持力度，中国社会科学院杨团研究员对南都公益基金会的这种做法及NGO在灾后的迅速行动表示赞赏。灾害救援和灾后重建基金已开始拨款。基金书秘书处加班加点，积极与各参与抗灾的民间组织前后方进行沟通联络，为NGO抗旱抗震工作提供服务和支持。
国际扶贫与发展机构乐施会第一时间开展灾情评估，并且正式启动紧急救援行动。乐施会拨款200万港元作为紧急赈灾款，邻近青海省的乐施会四川成都办公室及甘肃兰州办公室，将包括棉被、彩条布、帐篷等在内的救援物资及时送往灾区。国际助残也从四川组织人员，采购急救药品和康复器械进入玉树，还呼吁各参与紧急救援行动的组织和机构，将伤员需求的信息在第一时间分享，并愿意和有意向支持、一同参与进行早期康复介入援助的机构保持联系！
灾难发生后，当地政府非常理解NGO的热情，也非常愿意与NGO展开合作。青海省公布了玉树抗震救灾志愿者报名热线，获得积极响应。政府建议NGO和志愿者充分考虑气候、地形、地貌、气候、交通和运输等各种因素，理性进入灾区，并鼓励NGO在今后长期的重建中发挥不可替代的作用。
