在2007年成立之初，南都公益基金会（简称“南都基金”）就投资于一家名为NPI的公益孵化组织。尽管每年只投入80万元，在南都基金整体公益支出中仅占约4%，但在南都基金理事长徐永光看来，与那些花费在直接捐赠上的传统公益支出相比，这才是今后中国非公募基金的发展方向。
NPI的全称为公益组织孵化器（Non-Profit Incubator），是2007年4月由南都基金与上海浦东非盈利组织发展中心合作成立。与那些直接面向受助对象的捐赠不同，南都基金这笔投资的主要服务对象是非盈利组织，尤其是初创的和中小型民间公益组织，也就是通常所说的“草根NGO”。NPI一方面为这些公益组织提供资金，另一方面则帮助它们实现身份的合法化。目前，NPI已经成功孵化出包括雷励青年发展计划、上海欣耕工坊在内的11家机构，正在孵化的机构达到14家。这些公益组织的领导者，都是中国民间公益创新的旗帜性人物。汶川地震之后，在中国的NPO圈子里，NPI已经成为一块招牌。
与政府设立的基金会所关注的方向相比，NPI所孵化的公益项目，很多偏重于提升受助者的能力。这反映了南都基金对于中国公益的不同见解。曾发起过希望小学公益项目、在中国青少年基金会长期任职的徐永光说，如果把公益看作一个产业，那么合适的产业结构，应该是一小部分人在基金会里负责筹钱，更多的人负责做事，就像那些草根NGO所做的，走到受助者的身边，帮助它们解决实际的问题。在国际上，公益基金会按照功能分为捐助型和服务型。这如同金融业与实业之间的关系，前者主要负责筹钱，后者主要偏重做事。在美国，二者的数量大约是1∶9。
但长期以来，中国的公益事业一直处在畸形的产业生态之中——官办的、负责筹钱的捐助型基金会很多，草根的、服务型的基金会却几近空白。有调查称，在汶川地震募集到的760亿元救灾款中，有80%以上进入了政府财政专户。这其实并不奇怪：官办的基金会是主要的慈善基金募集渠道，但它们没有人手去做具体的事情，于是只能把钱交给唯一有组织能力的机构——地方政府。至于那些可能更具执行力的草根NGO，它们在现有公益产业链上并没有明确的位置，由于政策上的限制，它们只能在灰色地带中生存。
这并不是汶川地震中的特殊事件，而是长久以来形成的局面。包括教育、扶贫等领域的一些公益项目，也都面临类似的问题。受助者有时并不缺乏一次性的捐建，而是需要持续的支持。比如学校建成之后的师资保障，春耕拨款之后的秋收订单。这使得一些公益项目看起来高高在上，由于缺乏执行的“脚”，最终无法落地。
南都基金在2007年成立之初即把“支持民间公益”作为发展目标，与徐永光理想中的“公益产业再造”不无关联。一开始的尝试并不顺利，但仅仅一年之后，变革机会意外出现了。
汶川地震之后的全民救灾行动，让很多草根NGO从幕后走到了前台。一方面，它们弥补了政府和官办公益组织在执行力上的欠缺，成为抗震救灾中一股不可或缺的力量。另一方面，它们扮演了社会公益创新启蒙者的角色，很多企业开始告别支票簿公益，明白了“授人以鱼不如授人以渔”的公益逻辑，这使中国的公益产业开始走上可持续的道路。草根NGO不断扩大的影响和作用，获取了公众的认可，尽管相关的政策法规未作出调整，但很多地方政府部门对于草根NGO的态度，从默认的不接受，逐渐转化为默认接受。这使得民间公益组织的成长空间呈现出前所未有的变数。
但如何把握这个机会，对于南都基金等民间资本发起的公益机构来说非常微妙。从某种意义上说，包括南都基金、万通基金等在内的民间发起的非公募基金，是最先得到政策认可的草根NGO。它们拥有与官办基金会不同的视野，在战略上不受传统体制的羁绊。但身份合法化之后，它们亦必须受到法律的约束。一项突如其来的规定意外地横亘在它们面前：2004年国务院通过的《基金会管理条例》中规定，非公募基金应有90%以上的支出用于公益事业，工作人员在工资福利和行政办公上的支出不得超过10%。这项规定，原本是为了防止官办基金会在使用公益款项的过程中出现腐败现象，但对于期望变“筹款”为“做事”的非公募基金来说，却成了一道巨大的障碍。
如果一家基金会以提供服务而非募捐为主，那么运营成本中的大部分必然是办公支出。对于那些旨在提高受助者能力的公益项目来说，成本结构更是偏重于人员工资。在国际上，对于一家真正意义上的服务型基金来说，除了项目初期的启动资金之外，大部分成本来自办公支出是正常的。但在中国的现有政策下，一家非公募基金无论出于何种目的增加人力成本、减少直接捐助，都会走进死胡同。
这还不是问题的全部。与支出上限有关的另外一个问题，是现有NGO从业人员的工资待遇十分低下。反过来，这又让可能投身公益事业的志愿者，在面对经济压力时不得不望而却步。一位曾留学美国的非公募基金人士说，在美国，非公募基金解决了10%的就业人口，它们的从业人员享受和其他行业一样的收入待遇，并且受到社会尊敬。但在中国，一个大型公益基金的项目经理，一个月的收入只有4000元左右，这与他们艰苦的工作条件和巨大的工作压力形成鲜明对比：有时候，他们像流浪者一样，孤身一人被派遣到新疆的荒漠或者东北的雪原上去，而他们的工作，就是要用一个人的力量去发动一个社区。
这种情况不能完全归咎于政策，也与公众对公益基金会的认识有关。但作为结果，徐永光说，“现在的情况是，好像只有‘不正常’的人才去做公益。”
南都基金期望通过NPI进行的尝试，与其说是一种与传统捐赠不同的公益创新，不如说是找到了改变畸形公益产业生态的一个撬点。南都基金本身无法雇用更多的人来从事那些服务性的公益项目。但南都基金对扶持的草根NGO的支出，在实际上，主要花在那些做事情的人身上。根据现有规定，这些支出被认为是基金会的对外直接捐赠，而非办公支出。对NPI的投资，实际上使南都基金在符合办公支出上限的前提下，找到了为数众多的、帮助他们去开展服务性公益项目的“脚”。而对于基金会来说，拿钱给草根NGO发工资，也可以降低自身的办公支出在总支出中的比例。
这是一个巧妙的设计。不过，这个设计也有一个致命的弱点：基金会所扶持的草根NGO，很可能游离于政策之外，难以获得合法身份。这使得这种合作的基础在出现问题时可能会变得脆弱。由于缺乏法律支持，也意味着监管的缺失。一旦出现财务问题，例如有人利用这个漏洞非法转移资产，整个行业的名誉将会受损。
目前，中国很多民间捐赠成立的非公募基金，源自民营企业家个人道德意识的觉醒。在道义上，这被认为有助于维护非公募基金的纯粹性。但缺乏法律支持和基金治理制度的环境，仍为公益产业再造的过程带来隐忧。作为中国第一家由企业捐资成立的非公募基金，南都基金对此采取的对策是：一方面，利用自己与政府部门的良好关系，为NPI孵化出来的草根NGO组织注册合法资格；另一方面，倡导非公募基金组织建立自律联盟。在变革的推进策略上，南都基金选择的是一条相对谨慎的道路，而这也是其在NPI项目中投入资金至今为止并不大的原因之一。
“我们就是希望，以后‘正常人’也可以来做公益。”徐永光总结说。
