异质性疾病（heterogeneous disease/heterogeneous medical condition ）是一个医学术语。根据维基百科的定义，异质性疾病是指具有多种病因的疾病，如肝炎或糖尿病。医疗条件通常在病理学上定义（即根据患者的状态），如“肝脏炎症”，或在临床上定义（即根据患者的明显症状），如“排尿过多”，而非病因学上定义（即根据症状的根本原因），因此，有多种病因的情况并不罕见。异质性条件有时与同质条件进行对比，同质条件对给定组中的所有患者具有相同的根本原因。异质性疾病通常根据病因分为内型（endotype）。内型是一种疾病的亚型，由不同的功能或病理生物学机制定义。这与表型不同，表型是一种疾病的任何可观察的特征或特征，如形态、发育、生化或生理特性或行为，而不涉及任何机制。据设想，具有特定内型的患者会出现在疾病的表型群中。例如哮喘，它被认为是一种综合征，由一系列的内型组成。这与疾病实体的概念有关。
根据百度知道的解释，一般情况下，异质性疾病是指对某种疾病，病因尚不十分明确，且在现有的研究结果中，还没有找到一个非常统一的病因和机制，每个人的发病机制各有不同。许多血液系统疾病如白血病，以及一些自身免疫性疾病如系统性红斑狼疮等都可以被称为异质性疾病。
小肠细菌过度生长是一种病因很复杂，临床症状也很复杂的疾病，因此，也可以称之为异质性疾病，或异质性综合征。墨西哥城国家儿科研究所胃肠病和营养科与爱尔兰科克大学科克学院医学院和美国休斯顿卫理公会医院的研究人员在2019年的《儿科前沿》发表“儿童小肠细菌过度生长：最新研究进展”的文章中报道儿科小肠细菌过度生长是一种异质性疾病，人们对其了解甚少，由于其诊断标准缺乏统一性和共识，其患病率和发病率难以确定。
导致小肠细菌过度生长生长的原因很多：可以是先天解剖结构异常，或者由于疾病或手术导致的解剖结构改变；也可以是胃肠动力改变，迁移运动复合体（MMC）受损；也可能是年龄或用药导致的胃酸分泌减少；还可能是肠道感染等原因。当控制细菌生长的正常控制机制被破坏时，小肠细菌过度生长就会产生。每个人小肠细菌过度生长的发病原因都可能不一样。这是在治疗小肠细菌过度生长时必须要考虑的，不可能指望用一种方法对所有小肠细菌过度生长都达到同样的治疗效果。
对有小肠细菌过度生长症状，氢和甲烷呼气试验阳性的患者，在治疗之后，如果他们的呼气试验转为阴性，但是症状并不一定有所改善。这表明患者可能还存在其它疾病。如果我们只是关注小肠细菌过度生长，那么在这些病例中，实际上会错过其他的病理学或潜在的机制，而这些病理学或潜在的机制正是导致这种疾病的真正原因。
另外，小肠细菌过度生长患者的临床表现也是各异的。虽然常见的症状有腹胀、涨肚、腹痛等腹部症状，有人表现为腹泻，有人表现为便秘。也有相当比例的小肠细菌过度生长同时存在某种共病，表现为肠道外的症状。还有一定比例的人群没有任何自己可以感知的症状，这也是为什么在很多对照实验中的正常对照组中也可以检查出一定比例的小肠细菌过度生长。
