疫疾无情地摧残着中华民族，而我们的民族却一次又一次地抗击战胜了疫病。正直的知识分子在抗击疫病的过程中，精通医道，体察民情，积极寻找遏制治疗疫病的方法，为中华民族和世界民族的繁衍和兴旺，发挥出了不可替代的作用。
疫病肆虐和残害人民生命的过程，也是我国劳动人民与疾病作不屈不挠斗争的历史。我国古代许许多多医学家艰苦卓绝的临床实践和理论总结，对防疫抗灾所起的作用不容低估。早在西周时期，我们的祖先就已在探索导致疫病流行的原因，注意到了气候和疫病的关系。西汉名医张仲景总结出了一套认识疾病的理论，并且他已根据病情变化来制定不同治法，开创了祖国医药对疫病的辩证施治方法。之后，经过历代医家对传染病病原和传播途径的不断努力探索，至清朝进已形成了一个系统的辩证体系。
历代都涌现出了研究疫病的名家，他们中的很多人著书立说，把自己的理论向医学界和民间普及。如关于流行病流行的原因，有《内经》的“气”、葛洪的“毒厉之气”、吴又可的“戾气”说，金元时期刘完素的火热致病、李杲的“内伤学说”、王好古的“阴证论”，叶天士等人提出了卫气营血温病学说的传变规律，认识了传染病的发展规律，从而进行辨证的治疗，使祖国医学对传染病的治疗进入成熟时期。
一、《内经》中的“寒”与“风”
医学的发展，人类对疫病的认识更为详细和深刻。
疾疫发生的原因是什么？
秦国名医医和曾说：“天有六气，降生五味，发为五色，征为五声，淫生六疾。六气曰阴、阳、风、雨、晦、明也。分为四时，序为五节，过则为菑。阴淫寒疾，阳活热疾，风淫末疾，雨淫腹疾，晦淫惑疾，明淫心疾。”医和从朴素的唯物论观点出发，提出了六气是导致疾病的基本原理。这一理论在当时十分流行。
被认为主要编撰于春秋战国时期的《周礼》也谈到了这个问题：“天有五星，故有五行，以为寒暑，以为阴、阳、风、雨、晦、明，分为四时，序为五节，淫则为灾，以生寒热少腹惑心之疾。”将四时、五节、六气等气候变化和人体的变化结合起来作为主要的致病因素，表明了人与自然相关的原理。根据六气病原理论，人体不能适应自然变化，就很容易发生疾病。这一理论奠定了机体与外界环境统一性的科学基础，这一病原理对以后中医解释疫病产生了深刻的影响。
大体也是编于这一时期的《内经》，对疾病的传染和预防开始有了较为全面的认识。在《素问·刺法论》中记录道：“余闻五疫之至皆相染易，无问大小，病状相似。”已充分认识到疫病流行时对人民生命的严重威胁。
《内经》也是从六气理论来认识疫病的病因病原。《热论篇》中把“寒”作为假定的病原，因为古人认识到气温变化可以影响人体。书中说：“凡病伤寒而成温者，先夏至日为病温，后夏至日为病暑。”以夏至日为界，所得疾病不相一致，人们已开始对伤寒、温病、暑病有了基本的认识。
《灵枢百篇始生篇》中探索了患病原因：“风雨寒热，不得虚，邪不能独伤人，卒然逢疾风暴雨而不病者，盖无虚，故邪不能独伤人。此必因虚邪之风，与其身形两虚相得，乃客其形。”从中可见，正常的气候变化如风雨寒暑并不能使人致病。疾风暴雨，虽非正常气候，也不会使人单独生病，而一定要人在其身体虚弱时，再加上“虚邪”之风的侵袭，才会使人生病。“虚邪”是什么？这是一个古人无法也无力去认识的致病病原。
《素问·六元正纪大论》说：“阳明司天，终之气，其病温。”伤寒有时称温，是天与气合作产生的一种疫病，所以如麻风病在《素问·风论》中称“大风”、“疠风”，认为其致病原是“风”，而暑风、暑痉类夏季传染病，其致病原是“暑”，《阴阳应象大论》中也谈到“科伤于寒，春必病温”，疫病是气候对人综合影响的结果。
按《内经》的说法，人类的传染病主要是伤于“寒”。为什么伤于“寒”，主要是为“风”所侵袭。“风”其实就是四时六气。因此人们得伤寒温热疫病的原因，主要是四时季节的紊乱所造成的。
二、张仲景的六经八纲
两汉时期名医辈出，张仲景是其中比较出色的一位。
他生活在东汉末年，这是一个极为动荡的时代，南阳地区在建安年间一再有疫病肆虐，许多人因此而丧命，仲景家族有二百余人，疫病后幸存下来的仅占三分之一。面对如此悲惨的景象，仲景内心十分悲痛，经数十年含辛茹苦的努力，终于写成了《伤寒杂病论》这部光辉的医学典籍。
《伤寒杂病论》共十六卷，内容包括《伤寒论》、《杂病论》两个部分。他认为伤寒是“冬时严寒，万类深藏，君子固密则不伤于寒，触冒之者，乃名伤寒耳。”实际上是霍乱、流行性感冒、肺炎等多种外感热病的统称。
他按症候群分为太阳、少阳、阳明、太阴、少阴、厥阴六大类型，包括了今天的中风、伤寒、湿温、热病，是热病的总称，作为辩证论治的纲领，强调治疗不当，会引起变证、坏证的严重性。他以八纲（阴、阳、表、里、寒、热、虚、实）来辨别疾病的属性、病位、邪正消长和病态表现。因此辩证论治不仅为诊疗一切外感热病提出了纲领性的原则，同时也给中医临床各科找出了诊疗的规律。
他创立了世界上较早的病因学说，认为病因共有三条：一为经络受邪入脏腑，为内因；二为四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中；三为房室、金刃、虫兽所伤。
在《伤寒杂病论》中，张仲景谈到了当时流行的很多传染病。除了他认为的“太阳病或已发热，或未发热，必恶寒、体痛、呕逆、脉阴阳俱紧”的伤寒外，还有如“呕吐而利”的霍乱。可能由于当时疟疾为患较为严重的缘故，他对疟疾尤为重视。如谈及疟疾病因时说：“夏伤于暑，秋生痎疟”，“长疟疾皆生于风”等。他谈到了结核病：“劳之为病，其脉浮大，手足烦，秋冬瘥，阴寒精自出，酸削不能行。”在同时期的世界范围内，张仲景的认识是独一无二的。
三、葛洪的“毒疠之气”
葛洪对传染病的病因认识，大体上是基于《内经》的“风”和“气”说，并有所拓展。葛洪对传染病的认识，主要集中在他的《肘后备急方》中。在书中他对肺结核、天花、伤寒等传染疾病的症状、病因、治法等有许多详细的论述。
两晋以前，称疫病为“天行”，意思是天降的灾祸，有鬼神在作怪，所以流行得非常快，是急性病。但葛洪并不这样认为，他对急性传染病因进行了探索。认为“毒疠之气”能引起传染病流行，“有疠气兼挟鬼毒相注，名为温病”，具体描写了疫病的传染病因是“毒疠之气”。他认为这种“毒疠之气”能侵犯皮肤，能造成感染性休克，“毒入腹则杀人”，“毒疠之气忽逢触之，其衰竭”而“卒死”。他论述到具体传染病时，认为各病的致病“毒疠之气”有所不同，因而他的论述中有“寒毒”“温毒”“恶毒”“狂犬所咬毒”“蛊毒”“风毒”“溪毒”“射工水弩毒”“沙虱毒”，并且提出“毒有差别”，致病各异。
葛洪对结核病症状的多样性，描述得十分翔实。葛洪认为结核病会传染，并且在人体上发生各种变化。人要是染上了这种病，往往畏寒发热，浑身疲乏。这种病的病程很长，常常弄得人精神恍惚不宁，内心闷闷不乐，弄不清究竟哪儿不舒服。感染这病后，人就感到饮食乏味，四肢无力，身体消瘦干枯，长年累月，逐渐出现全身迟钝、衰弱，以致死亡。
葛洪是世界范围内最早记述天花的医家，较完整地记录了天花发疹的顺序、形态、预后、疹后的表现。
他谈到了伤寒病，认为伤寒有数种，用一种药去对付各种伤寒病已不能满足临床的需要。他认为霍乱是由饮食传染的，“凡所以得霍乱者，多起饮食”。
他也谈到了急性传染肝炎。也说这病开始时患者发觉四肢很沉，动起来不怎么灵活，没有几天眼白发黄，逐渐面部及全身都泛黄。他称这种病为“虏黄病”，今天医学上的认识实际上就是急性黄疸肝炎，传染性较强。
葛洪还记述了一种叫沙虱的寄生虫病，这是由一种比细菌还要小的微生物立克次体引起的急性传染病，是由寄生在啮齿类动物身上的恙虫叮咬后得的疫病。
四、巢元方的“乖戾之气”
隋炀帝大业年间，巢元方官为太医博士，奉隋炀帝的命令编辑《诸病源候论》。在书中他论述了各种疾病的病源、病机和症状，特别是对各种传染病的病因病理有较为深刻的认识和研究。
巢元方突破了前人的见解，提出了不少独特的论点，把当时的病因学提到一个崭新的水平。在巢元方以前，医学家论述流行性传染病时，通常把它列入伤寒、温病和时行病中，认为是天气不正常，气候突变，人触冒了寒毒而引起发病。巢元方经过仔细观察，发现气候异变的确能引起疾病，他说：“时行病者，是春时应暖而反寒，夏时应热而反冷，秋时应凉而反热，冬时应寒而反温，非其时而有其气。是以一岁之中，病无长少，率相似者，此则时行之气也。”
巢元方认为气候变异引起的有些病并不一定会传染，而有些病的传染性很强，会引起大流行，甚至导致整户、整村人染病而死，这是因为天地间另有一种“乖戾之气”，是造成传染病流行的原因。他认为：“夫时气者，此皆因岁时不和，温凉不节，人感乖戾之气而生，病者多染易。”可见巢元方所谓的乖戾之气，具有病原体的性质。
巢元方认为人们感染传染性流行病的原因与人的身体状况大有关系。当人体虚弱时，恶毒之气就能侵入人体。这种毒气进入经络后，可一直钻入人的心腹，人就得疫病了。有的人到停放着尸体的丧家去，身体虚弱者就会感染病菌，因为他经络腑脏活动缓慢。有的人因悲伤哭泣，情绪不稳，腑脏虚弱，凶邪之气也很轻易地钻入体内，使人四肢沉重。也就是说，抵抗力差，疫病就会乘虚而入。
他指出，疫病通常是经口传播的，“鬼毒之气”常经过饮食进入人的心腹内，停在里面不出来，因而人们称其为“毒注”。他认为因饮食而引起病菌经口传播，发生疫病，因而人们欲预防疫病，须讲究饮食卫生。
他认为疫病另一经常传播的途径是接触性传播。他认为人如果身体不适，阴阳不调和，血气虚弱，与患疫者的人共同居住在一起，或“看侍扶接，而注气流移染易”，就会得与病者相似的疾病。如果到因疫病而去世的人家中去，很有可能会得与死者相似的疫病。如果他也将死去，也很容易把这疫病再传给他人。
五、刘完素的火热说
刘完素生长于宋朝南迁的动乱时期，战火连绵，天灾人祸，疫疾流行。北方地气干燥，在战乱中风餐露宿，很容易患外感热性病。当时局方盛行，医生多喜用辛温香燥的药物，而刘完素用药偏于寒凉，已到了“左右逢源，百发百中”的程度。
刘完素的学术思想大部分是从《内经》中发展而来的。他推崇《内经》的运气学说，认为人体的内在条件和外界有着密切的关系，自然界的变化对人体的生理活动和病理现象，有着极为密切的影响，但同时他也反对那种认为人体疾病的发生和发展，完全受自然气候变化支配的片面观点。
在病机的阐发上，刘完素认为“五运六气有所更，世态居民有所变”，一味用辛燥之法治疗热性病难于收效。他认为火热为导致多种证候的原因。风、温、燥、寒诸气，在病理变化中，皆能化火生热，而火热也往往是产生风、温、燥的原因。他的这一观点被后人称为“六气都从火化”。
刘完素对治疗火热病，作出了很大的贡献。从“六气都从火化”的论点出发，他对火热病的治疗有着一整套的方法。他治疗外感热病常用寒凉药，提出了许多独创的见解，用药上都是以辨证论治作为基础的。他提倡的用寒凉之剂治外感热性病的方法，为当时许多人所接受。
刘完素的学说影响很大，他的“火热致病说”，是将温热从伤寒的范畴中分离出来自成为一种学说的开端，可以说他是温热学派的启蒙者。刘完素的弟子世世相承，不断丰实他的理论，著名的弟子有穆子昭、荆山浮屠、马宗素、董系。荆山浮屠一传罗知悌，再传于朱震亨，于是河间学说由北方而传播到了江南。朱震亨弟子赵道震、赵以德、戴思恭、王履等生活于明朝，医学上有较大成就，所以刘完素的“火热说”一直影响到明清时期，对温病学说的形成和发展有深远的影响。刘完素总结出治疗热性病的一整套方法，给后人治疗温热病及各种传染病以很大的启示。
六、张元素的灵活辨证
金元时期，朝廷常将太医局制订出来的方剂向外推广，时称“局方”。药铺里出售的药品，常常是照局方配制的丸、散、膏、丹等成药。一般的医生也按局方治病救人，但往往发现局方有许多缺陷的地方。于是一些医学家开始反对抱残守缺和因循守旧，探索新的医疗方法，提出不同的学术见解。张元素就是其中的一位。
张元素，是与刘完素同一时期的医学家，但比刘完素年轻。他主张古方不能治今病，认为：“古今气候不一样，形势已发生了变化。古方治古病，现代的病既然不完全与古病相同，当然古方治今病是不起什么效果的。”
张元素认真探讨了《内经》有关脏腑生理、病理的论述，创立了脏腑寒热虚实的辨证学说，尤其重视对脏腑虚损病机的探讨。他对药物的气味、归经、补泻诸理进行了深入的探索，因而遣方用药更加灵活，对药物归经的研究独具卓见。他认为只有正确理解药物的性味和归经的关系，临证处方时才能对症下药，取得满意疗效。
他不同意刘完素治疫全用寒凉药物的做法，认为如果得的是热病，应先服用些温热药让汗发出来，病好起来就快。如服用大寒药物，汗发不出来，体内无阳盛阴，会造成脉紧头痛。
张元素其实与刘完素在重视五运六气上是一致的，不同的是刘完素认为治疗热病用寒凉药物，而张元素主张要辨证施治，他们各自有别，互有影响。
七、张从正的攻邪法
张从正是一位比刘完素更为激进的医学家。他认为“治病重在驱邪，邪去则正安，不可畏攻而养病。”在疾病分类上，他根据刘氏的六气说，把各种疾病分为风、暑、湿、火、燥、寒六大门类，并加入内伤、外伤、内积、外积等以概其余。其治病方法宗《内经》和《伤寒论》的汗、吐、下三法。由于他在临床上常用泻下剂和催吐剂，尤其注意泻下法，故后人称他为“攻下派”。
张从正认为凡是风寒之邪所发的疾病，在皮肤之间和经络之内，可用汗法。凡是风痰宿食，在胸膈或上脘，可用吐法。凡寒湿痼冷，或热客下焦等在下的疾病，可用下法。
张从正生活时期，河南一带人口大增，社会经济出现繁荣的局面。在较为优越的生活条件下，发生的传染病也就比较多。但是在医生和病人中流行着一种好补的风气，医生不论病人病情，寒热虚实，滥用热药补药，常常致使病情恶化，耽误了治疗，以致死亡。他认识到滥用热药、补药是非常有害的，因此在医疗实践上他提出了“虚者补之，实者泻之”的治疗原则。
张从正认为凡病皆由邪，攻击其邪，病人能食，才是真正的补。补法只宜于养生，若论治病，唯有攻邪。补法不可轻用，“惟庸工之治病，纯补其虚，不敢治其实，举世皆曰平稳，误人不见其迹，渠也自不省其过，虽终老而不悔”。
八、李杲的内伤与温补
李杲曾跟随张元素学医，几年之后，“尽得其学，益加阐发”，医治技术超过了老师，尤其擅长治疗伤寒等传染病。
李杲生活的金代，社会秩序动荡不安，人民生活比较痛苦，他认为饥饱失常、营养缺乏、精神恐怖，是造成内伤疾病的主要原因。这些疾病单纯运用发表攻下的方法是不能全部解决问题的，应从增强胃肠机能着手，增加营养，增强人体对疾病的抵抗力。
当时一般的医生都因循守旧，不注意辨证施治，很多人被他们误治致死。而李杲在对张仲景《伤寒论》仔细研究后，觉得当时出现的许多疫疾，似乎并不能全部按照伤寒症状去处理和解释。
金哀宗时元兵大举南下，包围了金都汴梁。半月之后撤走，但城内出现了疫病。疫病流行高峰达三个多月，前后死人近一百万，而当时许多庸医抱残守缺，不根据疫病的实际情况，硬是照搬治伤寒外感的办法来医治，结果疗效甚微，所用药物不起作用，并不能救活病人。认为这么多人得的病，并非外感风寒，似乎是另外一种疫病。他推论道：“汴京被围的兵荒马乱之际，人民流离失所，饮食没有规律，起居没法定时，劳累困顿，这样子维持了两三个月，自然会引起胃气亏乏，抵抗能力减弱。一旦情况好转，饱食太过，马上就会伤人，如果调治失宜，必死无疑。这时死人的疫病菌再一流传，疾病马上就会传开，因而这样的疫病肯定不是伤寒。然众医们一般都把它作为伤寒治疗，有的发表症，有的让病人服用巴豆，有的服用陈气汤下泻，结果食物积在胸间，人浑身发黄，再以陷胸汤丸及茵陈汤下泻，这样的医治全把病人往死路上赶。不是伤寒病，而当作伤寒来治疗，用药发生错误，变成了像真伤寒症，这都是用药不当造成的。”他认为这些人致病因素是由于元气耗伤，成了内伤病的缘故，因而必须别创新法，才能救治患者。
李杲对《内经》深刻研究后，通过临证实践，积累了丰富的经验，提出了“内伤脾胃，百病由生”、“人以胃土为本”的论点，并形成一种独创的系统理论。
李杲认为气与人体病理变化有着非常密切的关系。内伤病的形成，是人体内部“气”不足的结果；气所以不足，又是脾胃受到损伤的结果；脾胃是决定人的元气虚实的关键，是健康之本。脾胃在精气的升降运动过程中，具有枢纽的作用。李杲指出内伤病的致病病因主要是饮食不节、劳役过度、精神刺激三因素综合造成的。他强调，内伤病病理变化的主要机制，就在于气火关系的失调。元气不足时，阴火就亢盛枭张，反之，元气充沛，阴火自然戢敛下降。阴气主要是由于饮食不节等原因损伤脾胃元气引起的，而劳役过度和情志不宁，也会直接引起阴火上冲。
李杲认为内伤病既然是由于脾胃气虚引起的，所以升降失常也就成为病理机制的关键。他说内伤病之恶寒，主要由于“脾胃不足，荣气下流，而乘肾肝”所致。内伤病与外感伤寒同有发热，但发热病理是不同的。内伤病的头痛、发热、烦渴等症状，外感伤寒也有，因此要仔细地从脉象、寒热、头痛等方面进行鉴别。
由于李杲在疫病研究上独树一帜，认为疾疫大都起源于消化系统机能衰弱，主张在治病中调整脾胃，以理脾健胃为主，采用“温补”疗法，所以后世称之为“补土派”或“温补派”。
九、朱震亨的滋阴降火说
朱震亨从学于名医罗知悌，曾对刘完素、张从正、李杲等名家的著作进行认真研究。他晚年讲学，从游甚众，弟子有戴思恭、王履等人，都是元末明初的医家。
江南地区气候湿润，因而湿热相火为病最多。朱震亨生于江南，看到当时《局方》盛行辛燥药，但治湿热相火并不见效果，因此他反对机械地用《局方》，提出了“阳常有余，阴常不足”的论点，提出应注重保存阴精。他认为阴阳是指气血，人体常居于阳动的状态之中，精血阴气，最易耗损，故七情五志不宜妄动，以保持阴精。在临床上，他提出要“滋阴降火”，因而被称为“滋阴派”的代表人物。
他学宗刘完素，对火热类疾病及其病变机制有深刻的领会。他明确提出了人身的火有“君火”和“相火”之分。其中“相火”在正常情况下是人体生命活动的原动力，是生理机能活动的反应。人体所有的功能都是由于“相火”推动作用的结果，因而十分重要。“相火”妄动为贼邪，如反常则可妄动，从而产生许多病变。而“相火”属阳，如果妄动，必然煎熬真阴。阴液受伤，就会出现各种病症，“阴虚则病，阴绝则死”。
在临床上，他总结出了许多有独创的见解，给后世启发很大。他对邪火亢盛而阴精不足之症惯用降火之剂，反对滥用辛燥药物，认为：“人虚火盛狂者，以生姜汤与之，若投冰水正治，立死。”“凡火盛者，不可骤用凉药，必兼温散。”
十、王好古的阴证论
王好古曾与李杲学医于张元素，后又从李杲学习，因而他的学术思想受张、李二人影响较大。
王好古认为无论是内伤或外感疾病，主要是由内因引起的，因此他非常重视内因的作用。人发病主要是由于人体本虚，体质不够强壮。若人体不虚，腠理固密，就是受到外邪侵袭，也是很容易抵抗的。他认为温病的产生，主要是“因房室劳伤与辛苦之人，腠理开泄，少阴不藏，肾水涸竭而得之”。“若腠理以闭拒之，虽有大可苛毒，莫之能害矣，何温病之有哉！”他认为人的阳气全部深藏于肾中，如果人不去骚扰肾，六阳就安静地驻在肾内，人也就不会生病，外邪不会侵入，“此伤寒之源，非天之伤人，乃人自伤也”。在他看来，伤寒得病的主要原因是在人的本身。
王好古认为内伤或外感病都可以按六经辨证施治。他的辨气血之体、辨阴阳二证、辨内外伤、辨伤寒六经的传变等辨证方法，都很有实用价值。
王好古认为：“伤寒，人之大疾也，其候最急，而阴毒尤为惨，阳证则易辨而易治，阴证则难辨而难治。”他对阴证的发病原因、证候、疹断和治疗等都作了深入的研究。他指出：传染病后期的病人，因证候的传变，身体机能减退，以致身体虚弱，转为阴证，在处方用药上，应用温养脾肾之药，不应使用寒凉或下泻之药。
十一、吴有性的戾气说
吴有性，擅长治疗传染病。其理论主要在《瘟疫论》一书中。
明朝自嘉靖以后，传染病大流行，遍及陕西、江苏、山东、四川、河北、山西、浙江等省。在吴有性写成《瘟疫论》的前一年，即崇祯十四年，发生了疫病大流行，最严重的是山东、浙江、河北、江苏等省。他目睹在这次疫疾流行期间，因治疗不当或迁延致死者比比皆是。当时医生大多用寒法来治疫病，但往往不见效果。如此惨状，吴氏十分悲痛，指出患者“不死于病，乃死于医，乃死于圣经之遗亡”。在这次疾病流行期间，吴有性获得了许多经验，《瘟疫论》便是在上述历史背景下产生的。
吴有性在《瘟疫论》中提出了传染病病因学的新观点戾气学说。他认为，传染病的发生，既不是由于四时不正之气，也不是由于外感伏邪，乃是感染了一种戾气。他认为戾气绝不是什么虚无、空洞的气，而是一种客观存在物质性的实体，“气即是物，物即是气”。他认为，戾气有许多种，所以又称之为杂气。戾气具有多样性，传染病的临床证候，并不是千篇一律的，每病都有各自的特点和规律。传染病是多种多样的，不能混而言之曰瘟疫，或分而言之曰瘟、曰疫，所谓瘟疫乃此类传染疾患的统称。如大头瘟、虾蟆瘟、瓜瓤瘟、疟疫等等，只能说是一类疾患，并不能说是一种疾患。传染病其所以有多种不同，正是由于感染了不同的戾气。
吴有性认为戾气有特适性，发生了什么样的传染病，或者某些脏器组织受到了侵害，并不取决于什么“五运六气”，而是依据感染了何种戾气为转移的。
他认为戾气有偏中性，并不是所有能使人致病的戾气，都能使动物致病；反之，能使动物致病的戾气未必就一定能使人致病。不仅如此，在各种不同种属的动物之间，对各种戾气也具有不同的感受性，所以有牛瘟、羊瘟、鸡瘟、鸭瘟。究其原因，其一为感染的戾气不同，其二为人或动物对某些特殊戾气具有一种制约因素。
他对流行病学的论述方面也有独特的见解。认为传染病的传染途径有二：一是空气传染，一是接触传染。
吴有性在提出戾气学说的同时，又批驳了传统的三种病因学说。
其一为时气说。他认为寒、热、温、凉乃是一年四季外在环境的自然现象，所谓非其时而有其气，实不过节气的赶前错后，寒热温凉到来的迟早不同而已，未必因气候略为增减损益便导致传染病的发生。他认为外界的气候对机体的不良刺激，是可以成为诱发疾病因素的，但并不等于就是传染病。其二为伏邪说。他认为，人体是一个统一的完整的有机体，致病因素（邪气）对人体的正常生活机能来说，是一个对抗性的矛盾，势不两立。不论是全身或局部，一旦遭受邪气的侵害，如若抵抗力不足便会引起人体的机能失常而发生疾病。根本不可能出现冬季受寒、春季发病的事情。其三为瘴气说。
他的学说对后世传染病学发展有着极为重大的意义。后人高度评价道：“又可先生，卓识伟论，真乃冠绝古今”，“其殆瘟疫科中之圣乎！”
十二、叶天士等人的温病学说
明初医学家王履，在传染病上的思想，受金元四大家学说影响，研究了伤寒温病热病，提出了新的见解。他认为伤寒、温病、热病“三者皆起于伤寒，或者通以伤寒称之”。他将伤寒和温病进行了区分，极力主张要分别治疗。他还分析了温病、热病的不同治疗方法。在他之前，学者论温病和伤寒往往相混。王履的观点，使温病从伤寒中另立出来，他可以说是“温病学说的奠基人”。
吴县医家叶桂字天士对温热病的研究极深，贡献最为突出，不论在阐述病机或探讨辩证，都有卓著成就。
他认为：“以前有许多医生认为温病是感受了寒邪才发病的，这种看法是不正确的。温病感受的是温邪。温邪侵犯人体的途径并不是通过皮肤，而是通过口鼻而进入体内。其中有的是由呼吸而犯于肺，有的是由饮食而犯于脾胃。所以有的表现为发热恶寒，鼻塞咳嗽，有的表现为发热身重，胃闷或恶心呕吐。温病的发展是有一定规律的，初起时往往有类似感冒的表现，此时病邪在表，称为卫分证；如病邪向里发展，热势进一步加重，就会出现大热、口大渴、出大汗等症状，此时称为气分证；若病情进一步加重，就可以出现发热，至夜间特别加重，心烦，甚至说胡话，口虽然干但饮水反而少，舌头呈深红色，这是邪热灼伤了营阴，称为营分证；如全身出现了斑症，或者有吐血、鼻中大出血、大小便出血等症状，那就称为血分证。”他明确指出了瘟病的病因是温热之邪，其感受途径是口鼻清窍。他把温病的整个病理过程，划分为卫、气、营、血四个不同阶段，以此作为辨证论治纲领。
叶桂还提出了温病的传变规律：由卫而气而营而血是为顺传，由肺直陷心包是为逆传，从而创立了“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”的理论。他认为在温病发病的过程中，经常会发生神志昏迷的事情，过去医家都认为是由于胃中热邪太盛，扰乱了心神的缘故，但这种看法是有缺陷的。因为热邪可以直接侵犯到心的外围，即心包，造成心神失常，其中如在卫分证阶段就出现神志昏糊的，称为“逆传心包”。因此治疗神志昏迷者不仅要清除胃中的热邪，还常要用清泄心热、开通心窍的方法。温病过程中的病理变化，古人比较强调保护和补助人体阳气，他们认为致病原因为寒邪，而寒邪容易损伤的是阴气。而实际上，发病过程中病人最易耗损的是阴液，这是因为温病的病邪属温热性质，病理变化又以邪热亢盛为特点，火热之气必然要煎熬阴津。人体的阴液主要由胃津和肾液组成，一般来说，肾液的损伤比胃津更为严重。
他的这些理论，主要载于他的著作《温热论》中。该书阐明了温病发生、发展的规律，提出了温病四个阶段辨证论治的纲领，为温病学说理论体系的形成奠定了基础。
与叶天士齐名的薛雪，在温病学说也有许多发挥，可补叶天士理论的不足。
薛雪特别善于治疗湿热病。湿热是时疫中的一种证型，很难治愈。他著有《湿热条辨》一书，论述了湿热病因、病机、证治，进一步丰富和完善了温病学说。他认为湿热病因是湿热之邪，感受途径多由口鼻而入，少部分从表侵入。他明确指出湿热病变中心在脾胃，主张既要判断湿热之邪孰轻孰重，又要观察人体正气盛衰情况。
十三、清代对温病学说的具体化
清初名医刘奎，著有《松峰说疫》、《瘟疫论类编》等研究传染病的著作。
他提出瘟疫、寒疫、杂疫三病不应相混，认为疫病千变万化，简而言之就是这三种。瘟疫，是热之始；热者，是瘟之终。瘟疫始终属热症。刚感染时就发热，其病机始终为热。瘟疫与伤寒有所不同，起初不是因感受寒气而得病。春夏秋冬天气忽然发热，毛细孔张开之时，或者突然暴寒，引起头疼、身热、脊强，这就是寒疫，系天作之孽。杂疫范围较广，除诸瘟、诸挣、诸痧瘴等暴怪之病外，凡疟、痢、泄泻、胀满、呕吐、喘嗽、厥痊、诸痛、诸见血、诸痛肿、淋浊、霍乱等疾，都包含其中，因此治疗方法有多种多样。根据现代医学科学知识来分析，所谓温疫，系指常见热性病；寒疫，可能指冬春常见的感冒伤风；杂疫，系泛指内、外等科感染性热病。
他认为治疗疫病时要区分天时中的亢旱而燥热烦灼与霖雨而寒湿郁蒸之间的不同；区分忽寒而忽暖与倏晴而倏阴之间的不同；区分七情之有偏注与六欲之有匿情之间的不同；区分老少强弱的不同体质；区分富贵贫贱的不同身体素质。通过仔细的分析和观察，再加以望、闻、问、切，一一对照参考。尤其要反对有些医家的瘟乃热病的看法，绝对不能恣意乱用大苦大寒之剂，使得表里凝滞，贻祸害人。
淮阴名医吴瑭的代表作是《瘟病条辨》，著于嘉庆三年（1798年）。书中他制定了一整套比较系统的瘟病治疗方剂，使温病学的理法、方药更臻于完备。
他认为伤寒和温热之间有水火之分，寒病原于水，温病原于火。伤寒病之寒邪，是水之气。温热病之温邪，是火之气。这便是伤寒、温热病机的最根本区别。他采用了以分辨阴阳水火的理论作为温病学说的主导思想，用三焦辨证纲领分别于伤寒六经分证，并认为温病的病机是从三焦而变化的。所谓三焦辨证，是以温热病传变情况，划分为上焦（心肺）、中焦（脾胃）、下焦（肝肾）自上而下的三个阶段，共统领11种温病。他提出的三焦辨证，是结合其所属脏腑来讨论温病的病位、病热，这就揭示了温病病程中脏腑互相影响的内在联系与传变的一般规律。他的三焦辨证，可与叶桂的卫气营血辨证相辅相成。
他还对叶桂医案中散存的温热治法加以总结，并系统地选择和组织了一整套适合于温病的治疗方剂，归纳出了清络、清营、育阴等治法，在温病危重阶段及时应用中药“三宝”（安宫牛黄丸、至宝丹、紫雪丹）等。
《温病条辨》在温热病的病机、辨证、论治、方药等方面均有精辟的论述。吴瑭把温病学说具体化了，使其成为系统的理论体系，至今对急性传染病的防治仍然起有一定的指导作用。
浙江名医王士雄，一生中无数次遭遇了温热、霍乱、疫疠诸病的大流行，所以他对疫病的研究极为深刻，成为清代温热学派的主要代表人物之一。
王士雄认为温热病有新感与伏气之分，用药反对骤下、温补，主张以凉润、清解为法。他选集各家学说，取长舍短，参己见写成了《温热经纬》一书。该书阐明了温热的病源、症状、诊断和治疗的原则，系统地把明清以来温热病作一总的概括，给人以温病区别于伤寒的总印象。
温病学说到了清代，已进入成熟时期，叶天士、薛雪、吴鞠通、王士雄是最负盛名的四家，而王士雄最为后起，他综合了各家之长，而又有个人创见。该书至今还被列为研究温病的必读书，对后世影响极大。
王士雄的另一重大贡献是对霍乱病的治疗。他以多年经验积累写成的《霍乱论》，对霍乱的病因、病机、辨证、方药，详为论述，对后世影响极大。他认为霍乱的病因与外因六淫之邪有关，但必须把非时疫霍乱与时疫霍乱区别开来。时疫霍乱是热霍乱，其病因主要是一种疫邪，这种疫邪是由于饮水恶浊所致，非时疫霍乱一般是六气为病，偶有所伤而致阴阳二气乱于肠胃胸中，这种霍乱不至沿门阖境为灾，多属于寒霍乱。时行霍乱多发生于夏热亢旱酷暑之年，一旦流传，常会阖户沿村，风行似疫。从证候看，多属湿热。
