1948年1月14日，傅斯年派飞机去北平接取大学教授，当时的秘书长郑天挺觉得不大好办，决定公开此次计划，让离开北平的人去登记。15日傍晚6点半，胡适乘坐的飞机抵达南京明故宫机场，傅斯年与王世杰、朱家骅、蒋经国等一起到机场迎候，并把学人们安顿在位于赤峰路的一座招待所。
当晚傅斯年劝说情绪低沉的胡适，并与胡适、朱家骅等一起商量再次“抢救”空运北平同仁的名单。就在胡适与陈寅恪等人飞离北平后的第6天，1948年12月21日，傅斯年安排的飞机接回了清华大学校长梅贻琦率领的第二批被“抢救”的学人，同机到达南京的还有李书华、袁同礼、英千里等人。
当此大军压城城欲摧之时，咨询消息不再畅通，“抢救”也变了调子。傅斯年原来信心满满地以为还会有许多名教授“忠于党国”，大义凛然地飞回南京，结果竟让他大失所望，飞机上下来了许多不相干的人。因为飞机上有不少空位，连袁同礼的老妈子也下了飞机。原来“抢救”名单上有的人转向进步而不愿同国民党同流合污，有些讲师助教们却因有家属在南方要南行，抢得这次难得的机会。甚至有天派了五架飞机到机场，却应者寥寥，北平大多数学者都选择留了下来。傅斯年懊恼不已，不得不停止了飞机“抢救”。
“抢救”来的这些学者除了胡适去了美国，陈寅恪南下广州，其余的在傅斯年的安排下大多顺利转移到台湾。傅斯年内心企图把台湾作为反共基地，作为中华“正统”文化传承和发展的血脉。傅斯年日后在就任台湾大学校长时，所写《台湾大学与学术研究》道：“现在台湾不仅不是殖民地，而且是‘斟灌一旅一成’的根据地，将来‘祀夏配天，不失旧物’，正靠这一个宝岛，赤县已沉，瀛洲遂为正朔所在。”这里傅斯年荒谬而顽固地认为国民党为“正朔”，台湾乃中华文化的根据地。
正是这种政治正统观的误导，使得傅斯年对共产党一直存有偏见，导致双方向来格格不入。傅斯年与毛泽东在北大时就是旧识，两人曾做过一些私下的交流，但总归是道不同不相为谋。1945年7月傅斯年与毛泽东亲密接触过一次，他与黄炎培等5人被推选为代表飞赴延安，与共产党商谈国共合作事宜。傅斯年在延安停留了几日，他与毛泽东两人单独聊了一夜。
那一夜，傅斯年与毛泽东两人上天下地地谈开，谈到中国的小说，傅斯年发现毛泽东对坊间的各种小说都了如指掌。傅斯年认为毛泽东是从这些材料里研究民众心理，所以心底认为他不过宋江一流。二人在言及五四往事的时候，傅斯年不忘挖苦毛道：“我们不过是陈胜、吴广，你们才是项羽、刘邦。”毛泽东在赠傅斯年的字幅中，题了首诗回敬道：
竹帛烟销帝业虚，关河空锁祖龙居。
坑灰未烬山东乱，刘项原来不读书。
这首是唐人章碣的《焚书坑》，诗中毛泽东以“刘项原来不读书”来自比，自谦没有傅斯年书读的多，言下之意耐人寻味。
关于毛泽东与傅斯年的隔阂，斯诺《西行漫记》里有段毛泽东谈及的细节：“在那些来阅览的人当中，我认出了一些有名的新文化运动头面人物的名字，如傅斯年、罗家伦等等，我对他们极有兴趣。我打算去和他们攀谈政治和文化问题，可是他们都是些大忙人，没有时间听一个图书助理员说南方土话。”当时傅斯年为名噪一时的五四健将，而毛泽东则是一个相当于师范中专毕业的临时图书助理员，两者相形之下地位悬殊甚大。这些心理阴影可能造成了日后毛泽东对傅斯年没有好感，同时也正是傅斯年不可能对毛泽东产生佩服之情的一个根源。
傅斯年在延安访问时，看到会议室礼堂里密密麻麻地挂满了各地送来的锦旗，心直口快的“傅大炮”忍不住了，语带讥讽地说：“堂哉，皇哉。”毛泽东听出了其中的嘲讽意味，心里自然很是不爽，但碍于情面没有出声。当傅斯年遇见黄炎培等人时，发觉他们竟然把毛泽东送的土织毛毯，好像当作皇帝钦赐饰终大典的陀罗经被一样供奉收藏，让自诩清正的傅斯年极为鄙视和反感。
这次短暂的延安之旅，昭示了傅斯年同共产党之间形成政治信仰的鸿沟，这是一条无法逾越的天堑。■
