玛雅人起源于何地，至今仍是一个难解之谜。其起源众说纷纭，至今难以定论。有几种说法：某个国家的移民，或者是“失落的部族”后裔，甚至是外星人的后代等。这种说法令人费解，如国家的原体从何而来，外星移民的相貌问题等，都成为考古史上的谜团。
玛雅人在天文、数学达到极高成就。通过长期观测天象，已掌握日食周期和日、月、金星等运行规律，在前古典期之末已创制出太阳历和圣年历两种历法，前者一年13个月，每月20天，全年260天；后者一年18个月，每月20天，另加5天忌日，全年365天，每4年加闰1天。每天都记两历日月名称，每52年重复一周，其精确度超过同时代希腊、罗马历法。数学方面，玛雅人使用“0”的概念比欧洲人早800余年，计数使用二十进位制。玛雅人的独特创造是象形文字体系，其文字以复杂图形组成，一般刻在石建筑物如祭台、梯道、石柱等之上，刻、写需经长期训练。现已知字符800余，除年代符号及少数人名、器物名外，多未释读成功。当时用树皮纸和鹿皮写书，内容主要是历史、科学和仪典，至今尚无法释读。
据报道，研究人员又有了另一个涉及玛雅人的令人兴奋的发现：古代人类遗骸及历史遗物，还有更新世时代的熊、古代大象遗骸等等。根据墨西哥文化部的消息，这一发现是在一个水下洞穴中进行的。考古学家们在探测被淹的世界上最大的洞穴之一时有了这个发现。
这个水下洞穴位于墨西哥东部，潜水者最近发现两个水下洞穴连接在一起。两者相结合可能代表了整个世界上最大的一个淹没洞穴，其中一个藏有没有人预期会找到的宝藏。在这个洞穴内有近200个发现。
据报道，墨西哥国家人类学与历史研究所的潜水员在1月份发现了两个相连的水下洞穴。综合起来，它们跨越了约215英里;额外勘探更多的水下通道后，使最终发现文物及残骸总数至少198个。
超过2/3的被发现物品据说是玛雅人的遗物，其余的残骸及物品可以追溯到冰河时代。大玛雅含水层项目主管Guillermo de Anda认为，保存完好的骨架是最重要的发现之一。人类的遗骸中还包括一块头骨骨骼，增加了过去人类在类似洪水区域的遗留发现。
此外研究人员还发现了各种遗迹，包括神殿和祭坛，陶瓷和刻在墙上的标记等。考古学家表示，陶瓷至少可能涉及人类的牺牲和丧葬过程。现在水下的洞穴和通道有可能在数千年前成为玛雅人的贸易通道。
