现存青海省境内长度约360公里的明代长城遗址，由于年代久远和人为的破坏，部分遗址损毁现象颇为严重。尤其是西部牧区长城遗存更是经过常年风雨剥蚀、风沙淤漫，原貌已失，只有发掘地面痕迹才能辨认出来。
自2007年进行长城资源调查结果显示，青海省境内存在明长城遗址后，青海省因此被纳入中国长城保护工程，相关长城资源调查工作也随之展开。2009年，启动了青海省秦汉及其它时代长城资源调查工作，除了玉树、果洛两个藏族自治州，共涉及的地区共达24个县(市)。据统计，两年来共发现墙体1段，烽火台51座，关堡158座。最近，这项工作经专家组验收合格，青海省便成了全国第3个通过长城资源调查资料国家验收的省区。据考古人员介绍，新发现的长城遗址始建于秦汉时期，完成于清代晚期。
但是，眼下珍贵而稀少的青海长城遗址疏于地域辽阔，人烟稀少，加上高原地质自然灾害影响，损害严重。有关专家呼吁，青海长城遗址关乎中华民族文化融合与统一问题，保护工作迫在眉睫。
